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Reassessing genomic targeting of AID

机译：重新评估AID的基因组靶向

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To the Editor:The activation-induced cytidine deaminase AID (encoded by Aicda) is essential in triggering the somatic hypermutation, gene conversion and class-switch recombination of genes encoding immunoglobu-lins. In an article published in Nature Immunology, Yamane et al. addressed a central issue in AID biology. Applying chromatin immu-noprecipitation followed by deep sequencing (ChIP-Seq) to primary, switch-induced B cells, they set out to establish the chromatin-bind-ing 'preferences' of this DNA modifier. Using ChlP-Seq to identify genomic targets of AID is not trivial, given that AID is not a true chromatin-associated protein. Most AID is retained in the cytosol and only a small portion of the AID pool is actively shuttled between the cytoplasm and nucleus1. Of the nuclear fraction, only a small proportion is expected to interact with chromatin. Hence, extensive controls are needed for measurement of specific enrichment of the minor chromatin-bound AID fraction in Aicda~(+/+) B cells relative to its absence in Aicdar~(-/-) B cells. Here we argue that the ChlP-Seq data provided do not support the authors' conclusions.
机译：编辑：激活诱导的胞苷脱氨酶AID（由Aicda编码）对于触发编码免疫球蛋白的基因的体细胞超突变，基因转化和类开关重组至关重要。在《自然免疫学》上发表的一篇文章中，Yamane等人。解决了AID生物学中的一个核心问题。应用染色质免疫沉淀，然后对原代开关诱导的B细胞进行深度测序（ChIP-Seq），他们着手建立这种DNA修饰剂的染色质结合“偏好”。鉴于AID不是真正的染色质相关蛋白，使用ChlP-Seq识别AID的基因组靶标并非易事。大多数AID保留在细胞质中，只有一小部分AID池活跃地穿梭在细胞质和细胞核之间。在核部分中，预期只有小部分与染色质相互作用。因此，需要大量的对照来测量Aicda _（+ / +）B细胞中次要染色质结合的AID组分相对于Aicdar _（-/-）B细胞中不存在的特异性富集。在这里，我们认为所提供的ChlP-Seq数据不支持作者的结论。

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