ITS2序列

摘要： 弯管列当是危害我国向日葵最严重的寄生杂草。为了明确我国向日葵田弯管列当种群的遗传多样性,本试验利用rbcL、matK、ITS2条形码序列对采自我国向日葵主产区的58份弯管列当样品进行PCR扩增及测序,采用Vector NTI软件对测序结果进行剪切比对,利用MEGA 6.0软件计算种内遗传距离并构建系统发育树。利用扫描电镜观察其种子的显微形态特征。结果表明,3个DNA条形码序列中仅ITS2片段扩增测序结果理想并表现出较好的聚类结果。各样品ITS2序列剪切比对后长度为453 bp,种内遗传距离为0.002~0.007,通过比较各样品ITS2序列的碱基组成和差异位点,能将不同弯管列当种群区分开。ITS2聚类结果表明58份弯管列当样品聚为3类,分别为Ⅰ型、Ⅱ型和Ⅲ型。形态分类结果表明,不同类型弯管列当在植株形态、种子形状及微观形态结构等方面存在差别。由于不同弯管列当种群的生境、寄主(向日葵栽培品种)不同,其种群遗传进化差异显著。基于ITS2条形码和扫描电镜形态学观察相结合的方法可用于弯管列当种群遗传多样性研究。

摘要： 土生空团菌Cenococcum geophilum是生态系统中广泛分布的外生菌根真菌,具有丰富的遗传多样性和重要的生态功能.为揭示土生空团菌的种群遗传多样性和结构,本研究对采集自中国10个森林地点的桦木科Betulaceae、壳斗科Fagaceae和松科Pinaceae植物根系219份样品高通量测序的土生空团菌ITS2序列进行分析.结果表明4 380条土生空团菌ITS2序列共划分为137个单倍型(Hap_1-Hap_137),其中Hap_1是3科植物的优势单倍型并分布于所有地点,有48个单倍型分布于少数几个地点,但有88个单倍型仅分布于单个地点.非参数(Kruskal-Wallis)检验结果表明地点对土生空团菌单倍型的丰度和多样性具有显著影响,而宿主植物科对其无显著影响.分子方差分析(AMOVA)结果显示土生空团菌在10个地理种群间和3个植物科种群间的遗传分化均不明显,而遗传分化主要来自于种群内的个体差异.基于K-2P遗传距离的邻接法(NJ)树显示10个地理种群可以划分为3支,壳斗科土生空团菌种群的遗传距离比桦木科和松科远.土生空团菌单倍型组成在不同地点间和不同植物科间均有明显差异,有些土生空团菌单倍型具有地点和植物科的偏好性.研究结果为进一步揭示土生空团菌遗传多样性的生态功能提供科学依据.

摘要： 目的建立一种可快速检测中药巴戟天的环介导等温扩增(LAMP)检测方法。方法针对巴戟天二级内部转录空间(ITS2)序列设计LAMP特异引物组,提取DNA后建立基于LAMP技术鉴别巴戟天的目视和实时定量检测方法,同时评估该方法的特异性、灵敏度及其在实践中的应用情况。结果该检测方法具有良好的特异性,最适反应温度为63°C,灵敏度约为0.10μg/L,比常规聚合酶链式反应(PCR)方法约高10倍。经验证可成功从7种近缘物种中检测出巴戟天。结论巴戟天LAMP检测是一种简便、客观、灵敏、快速的方法,值得进一步推广应用。

摘要： 目的:对苦水玫瑰、平阴玫瑰、月季、金边玫瑰、法兰西玫瑰进行DNA条形码序列比对,对苦水玫瑰予以鉴别.方法:对样本的细胞核基因内转录间隔区(ITS)和ITS2片段进行聚合酶链式反应(PCR)扩增并双向测序,所得序列经Codon Code Aligner 3.7.1软件拼接后,用MEGA 5.0软件进行序列的分析比对,采用邻接法(NJ)构建系统聚类树.结果:ITS引物扩增产物中大部分样品的测序结果双峰严重,无法有效拼接,可用数据量低,含不确定性碱基比例高,因此未对该部分数据进行分析;平阴玫瑰与对照药材均可获得高质量的ITS2序列,且序列完全一致,苦水玫瑰的ITS2序列(序列6和8)与平阴玫瑰及玫瑰对照药材相比存在1～2个变异位点,月季、法兰西玫瑰与平阴玫瑰及玫瑰对照药材相比存在≥2个变异位点.结论:利用ITS2序列能够有效区分苦水玫瑰及其他同属物种样品.

摘要： 目的 建立一种可快速检测中药巴戟天的环介导等温扩增(LAMP)检测方法.方法 针对巴戟天二级内部转录空间(ITS2)序列设计LAMP特异引物组,提取DNA后建立基于LAMP技术鉴别巴戟天的目视和实时定量检测方法,同时评估该方法的特异性、灵敏度及其在实践中的应用情况.结果 该检测方法具有良好的特异性,最适反应温度为63°C,灵敏度约为0.10μg/L,比常规聚合酶链式反应(PCR)方法约高10倍.经验证可成功从7种近缘物种中检测出巴戟天.结论 巴戟天LAMP检测是一种简便、客观、灵敏、快速的方法,值得进一步推广应用.

摘要： [目的]栀子属植物是重要的观赏、药用、色素和油用资源植物,有着悠久的栽培历史.由于生长环境的不同,以及长期的人工栽培和选育,使其习性、叶的形状、花的形态、果实的形状及大小等发生诸多变异,使得栀子栽培群体的变异类型丰富,并形成了一些较为稳定的品种类型.开展栀子栽培品种和近缘种核糖体DNA内部转录间隔区2(nrDNA ITS2)序列变异程度、遗传距离和亲缘关系研究,为栀子属植物品种鉴定、遗传育种及多样性保护提供科学依据.[方法]以保存于江西省林业科学院中药资源圃内的栀子18个栽培品种和3个近缘种共38个样品为试验材料,进行聚合酶链式反应(PCR)直接测序法,对样品进行ITS2片段扩增和双向测序,所得序列用Codon Code Aligner v6.0.1软件拼接后,采用Lasergene Edit Seq 11.1软件进行平均碱基组成百分比统计,用MEGA7.0软件进行分析比对,获得序列长度、GC含量以及变异位点,基于K2P模型分析遗传距离,用UPGMA法构建系统聚类树.[结果]序列变异程度分析显示,狭叶栀子和栀子的ITS2序列长度均为347 bp,GC含量为66.86％,大黄栀子序列长度为355 bp,GC含量为67.61％,栀子栽培品种序列长度除'燃叶'、'金福水栀'为348 bp外,其他品种序列长度和栀子一致,均为347 bp,栀子栽培品种与近缘种间的平均GC含量相差不明显,GC含量为66.28％～67.15％,其中'白蟾'GC含量最低,'雀舌栀子'和'银边雀舌'GC含量最高.所有样本ITS2序列比对共产生12个变异位点,10个碱基插入,其中8个碱基插入是大黄栀子所独有的,且存在5个特异的变异位点,一部分表型特征有共性的品种之间有共同的变异位点,如植株矮小、叶片小而窄长的品种'雀舌栀子'和'银边雀舌'在50 bp处,果实相对较大的品种'分关1号'、'金福水栀'和'金元'在84 bp处等.一些品种具有特异的变异位点,如'白蟾'(133 bp处)、'小白蟾'(229 bp处)等.序列遗传距离分析显示,栀子属种间遗传距离普遍小于近缘种和品种间的遗传距离,大于栀子栽培品种之间的遗传距离,所有样本平均遗传距离为0.0055,大黄栀子和'白蟾'间遗传距离最大,为0.0206.聚类分析结果显示,栀子属乔木树种大黄栀子单独成一支,与栀子属其它种和栀子栽培品种亲缘关系最远,狭叶栀子和野生栀子所有个体总体表现出较近的亲缘关系.[结论]分析结果表明,3种栀子属植物在ITS2序列长度和GC含量上表现出较高的保守性,研究发现的部分品种共同变异位点以及部分品种特异变异位点将对栀子品种鉴定有较大的应用价值.部分聚类结果和以表型数据为基础的数量分类结果类似,但并没有像数量分类结果那样以花重瓣、大果、小果等性状形成明显的系统分枝,研究结果对栀子品种起源、资源保护和种质创新等方面有重要的指导价值.

摘要： 目的:本研究旨在对国家中药种质资源库收集的41份柴胡属植物种子进行分子鉴定,验证ITS2序列对柴胡属植物种子的鉴定能力,并分析柴胡属植物的遗传多样性。方法:应用ITS2序列测定样品种子的DNA序列,从分子角度鉴定柴胡属种子的物种,并构建系统聚类树,分析其遗传多样性。结果:鉴定出8种柴胡属植物的种子,2种非柴胡属植物的种子,测得的所有种子DNA序列的GC量在53.9%-57.0%,平均为55.7%,变异位点数202个,K2P遗传距离为0-1.460,构建出UPGMA聚类树。结论:基于ITS2序列的分子鉴定方法可成功鉴别柴胡属药用植物及其混淆品的种子,是一种操作方便,准确性高、鉴定效果好的鉴定方法。柴胡属植物物种内及物种间具有丰富的遗传多样性,相同物种间的遗传变异相对稳定,种质及生态环境对柴胡属药用植物的遗传变异有较大的影响。

摘要： 探讨DNA条形码技术在药用植物的鉴定中的应用研究进展。检索知网、维普等数据平台,对DNA条形码技术的应用文献进行分析、归纳和总结。近几年,DNA条形码技术被广泛应用于药用植物的鉴定中,该技术具有精准、高效、数据可视化的优点,可以直观、精准地区分鉴定中药材,在中药鉴别中广泛应用。本文从DNA条形码技术的原理、目的及意义入手,结合其在药用植物中的应用研究,综述其进展近况,为DNA条形码技术的继续开发研究提供依据。

摘要： 目的：运用DNA条形码技术准确快速鉴定中药材钩藤属植物及其近缘物种. 方法：利用DNA试剂盒快速提取钩藤属样品的DNA基因组,PCR扩增提取的DNA并进行双向测序,采用CodonCode AlignerV6.0.2对测序峰图进行校对拼接,并使用MEGA6.0进行序列比对,构建其NJ tree进行聚类分析,再与GenBank库中现有的相应钩藤属ITS2序列相比较,从而鉴定并归属样品. 结果：钩藤属植物的ITS2序列长度在220～224bp之间,其K2P遗传距离为0～0.020,并且各个钩藤属植物之间均有不同的变异位点.经与GenBank数据库进行比对并建其NJ Tree,结果表明ITS2序列可区分钩藤属及其近缘植物. 结论：ITS2序列作为DNA条形码可对茜草科钩藤属植物进行快速、有效地鉴定,为市场上钩藤品质提供可靠的科学依据.

摘要： 目的：运用DNA条形码技术准确快速鉴定中药材钩藤属植物及其近缘物种. 方法：利用DNA试剂盒快速提取钩藤属样品的DNA基因组,PCR扩增提取的DNA并进行双向测序,采用CodonCode AlignerV6.0.2对测序峰图进行校对拼接,并使用MEGA6.0进行序列比对,构建其NJ tree进行聚类分析,再与GenBank库中现有的相应钩藤属ITS2序列相比较,从而鉴定并归属样品. 结果：钩藤属植物的ITS2序列长度在220～224bp之间,其K2P遗传距离为0～0.020,并且各个钩藤属植物之间均有不同的变异位点.经与GenBank数据库进行比对并建其NJ Tree,结果表明ITS2序列可区分钩藤属及其近缘植物. 结论：ITS2序列作为DNA条形码可对茜草科钩藤属植物进行快速、有效地鉴定,为市场上钩藤品质提供可靠的科学依据.

摘要： 目的：运用DNA条形码技术准确快速鉴定中药材钩藤属植物及其近缘物种. 方法：利用DNA试剂盒快速提取钩藤属样品的DNA基因组,PCR扩增提取的DNA并进行双向测序,采用CodonCode AlignerV6.0.2对测序峰图进行校对拼接,并使用MEGA6.0进行序列比对,构建其NJ tree进行聚类分析,再与GenBank库中现有的相应钩藤属ITS2序列相比较,从而鉴定并归属样品. 结果：钩藤属植物的ITS2序列长度在220～224bp之间,其K2P遗传距离为0～0.020,并且各个钩藤属植物之间均有不同的变异位点.经与GenBank数据库进行比对并建其NJ Tree,结果表明ITS2序列可区分钩藤属及其近缘植物. 结论：ITS2序列作为DNA条形码可对茜草科钩藤属植物进行快速、有效地鉴定,为市场上钩藤品质提供可靠的科学依据.

摘要： 目的：运用DNA条形码技术准确快速鉴定中药材钩藤属植物及其近缘物种. 方法：利用DNA试剂盒快速提取钩藤属样品的DNA基因组,PCR扩增提取的DNA并进行双向测序,采用CodonCode AlignerV6.0.2对测序峰图进行校对拼接,并使用MEGA6.0进行序列比对,构建其NJ tree进行聚类分析,再与GenBank库中现有的相应钩藤属ITS2序列相比较,从而鉴定并归属样品. 结果：钩藤属植物的ITS2序列长度在220～224bp之间,其K2P遗传距离为0～0.020,并且各个钩藤属植物之间均有不同的变异位点.经与GenBank数据库进行比对并建其NJ Tree,结果表明ITS2序列可区分钩藤属及其近缘植物. 结论：ITS2序列作为DNA条形码可对茜草科钩藤属植物进行快速、有效地鉴定,为市场上钩藤品质提供可靠的科学依据.

摘要： 目的:应用ITS2序列鉴别禹州漏芦和漏芦药材的真伪,为临床准确用药提供可靠的基因识别方法.方法:收集多基原药材禹州漏芦基原物种蓝刺头和华东蓝刺头共14份样品和漏芦药材基原物种祁州漏芦8份样品,经实验获取ITS2序列,结合GenBank中20条相关近缘混伪品序列,建立以上物种和混伪品DNA条形码鉴定方法;将从市场上收集的11份禹州漏芦和20份漏芦药材的ITS2序列与以上序列进行比对分析和构建系统NJ树.结果:禹州漏芦两个基原物种的序列主导单倍型相同;禹州漏芦和漏芦药材基原物种最大K2P距离均小于其与混伪品的种间最小K2P距离;系统NJ树分析均能准确区分禹州漏芦和漏芦药材与各自混伪品.药材检测结果表明,11份禹州漏芦中10份为正品,1份为伪品;20份漏芦中2份为正品,18份为伪品.结论:本研究建立了基于ITS2序列的禹州漏芦和漏芦药材DNA条形码鉴定方法,可用于快速检测禹州漏芦和漏芦药材真伪.

摘要： 目的:应用ITS2序列鉴别禹州漏芦和漏芦药材的真伪,为临床准确用药提供可靠的基因识别方法.方法:收集多基原药材禹州漏芦基原物种蓝刺头和华东蓝刺头共14份样品和漏芦药材基原物种祁州漏芦8份样品,经实验获取ITS2序列,结合GenBank中20条相关近缘混伪品序列,建立以上物种和混伪品DNA条形码鉴定方法;将从市场上收集的11份禹州漏芦和20份漏芦药材的ITS2序列与以上序列进行比对分析和构建系统NJ树.结果:禹州漏芦两个基原物种的序列主导单倍型相同;禹州漏芦和漏芦药材基原物种最大K2P距离均小于其与混伪品的种间最小K2P距离;系统NJ树分析均能准确区分禹州漏芦和漏芦药材与各自混伪品.药材检测结果表明,11份禹州漏芦中10份为正品,1份为伪品;20份漏芦中2份为正品,18份为伪品.结论:本研究建立了基于ITS2序列的禹州漏芦和漏芦药材DNA条形码鉴定方法,可用于快速检测禹州漏芦和漏芦药材真伪.

摘要： 目的:应用ITS2序列鉴别禹州漏芦和漏芦药材的真伪,为临床准确用药提供可靠的基因识别方法.方法:收集多基原药材禹州漏芦基原物种蓝刺头和华东蓝刺头共14份样品和漏芦药材基原物种祁州漏芦8份样品,经实验获取ITS2序列,结合GenBank中20条相关近缘混伪品序列,建立以上物种和混伪品DNA条形码鉴定方法;将从市场上收集的11份禹州漏芦和20份漏芦药材的ITS2序列与以上序列进行比对分析和构建系统NJ树.结果:禹州漏芦两个基原物种的序列主导单倍型相同;禹州漏芦和漏芦药材基原物种最大K2P距离均小于其与混伪品的种间最小K2P距离;系统NJ树分析均能准确区分禹州漏芦和漏芦药材与各自混伪品.药材检测结果表明,11份禹州漏芦中10份为正品,1份为伪品;20份漏芦中2份为正品,18份为伪品.结论:本研究建立了基于ITS2序列的禹州漏芦和漏芦药材DNA条形码鉴定方法,可用于快速检测禹州漏芦和漏芦药材真伪.

摘要： 目的:应用ITS2序列鉴别禹州漏芦和漏芦药材的真伪,为临床准确用药提供可靠的基因识别方法.方法:收集多基原药材禹州漏芦基原物种蓝刺头和华东蓝刺头共14份样品和漏芦药材基原物种祁州漏芦8份样品,经实验获取ITS2序列,结合GenBank中20条相关近缘混伪品序列,建立以上物种和混伪品DNA条形码鉴定方法;将从市场上收集的11份禹州漏芦和20份漏芦药材的ITS2序列与以上序列进行比对分析和构建系统NJ树.结果:禹州漏芦两个基原物种的序列主导单倍型相同;禹州漏芦和漏芦药材基原物种最大K2P距离均小于其与混伪品的种间最小K2P距离;系统NJ树分析均能准确区分禹州漏芦和漏芦药材与各自混伪品.药材检测结果表明,11份禹州漏芦中10份为正品,1份为伪品;20份漏芦中2份为正品,18份为伪品.结论:本研究建立了基于ITS2序列的禹州漏芦和漏芦药材DNA条形码鉴定方法,可用于快速检测禹州漏芦和漏芦药材真伪.

摘要： 目的:应用ITS2序列鉴别禹州漏芦和漏芦药材的真伪,为临床准确用药提供可靠的基因识别方法.方法:收集多基原药材禹州漏芦基原物种蓝刺头和华东蓝刺头共14份样品和漏芦药材基原物种祁州漏芦8份样品,经实验获取ITS2序列,结合GenBank中20条相关近缘混伪品序列,建立以上物种和混伪品DNA条形码鉴定方法;将从市场上收集的11份禹州漏芦和20份漏芦药材的ITS2序列与以上序列进行比对分析和构建系统NJ树.结果:禹州漏芦两个基原物种的序列主导单倍型相同;禹州漏芦和漏芦药材基原物种最大K2P距离均小于其与混伪品的种间最小K2P距离;系统NJ树分析均能准确区分禹州漏芦和漏芦药材与各自混伪品.药材检测结果表明,11份禹州漏芦中10份为正品,1份为伪品;20份漏芦中2份为正品,18份为伪品.结论:本研究建立了基于ITS2序列的禹州漏芦和漏芦药材DNA条形码鉴定方法,可用于快速检测禹州漏芦和漏芦药材真伪.

摘要： 目的:应用ITS2序列鉴别禹州漏芦和漏芦药材的真伪,为临床准确用药提供可靠的基因识别方法.方法:收集多基原药材禹州漏芦基原物种蓝刺头和华东蓝刺头共14份样品和漏芦药材基原物种祁州漏芦8份样品,经实验获取ITS2序列,结合GenBank中20条相关近缘混伪品序列,建立以上物种和混伪品DNA条形码鉴定方法;将从市场上收集的11份禹州漏芦和20份漏芦药材的ITS2序列与以上序列进行比对分析和构建系统NJ树.结果:禹州漏芦两个基原物种的序列主导单倍型相同;禹州漏芦和漏芦药材基原物种最大K2P距离均小于其与混伪品的种间最小K2P距离;系统NJ树分析均能准确区分禹州漏芦和漏芦药材与各自混伪品.药材检测结果表明,11份禹州漏芦中10份为正品,1份为伪品;20份漏芦中2份为正品,18份为伪品.结论:本研究建立了基于ITS2序列的禹州漏芦和漏芦药材DNA条形码鉴定方法,可用于快速检测禹州漏芦和漏芦药材真伪.

摘要： 本发明公开了一种二代序列和三代单分子实时测序序列联合补洞方法和系统，该方法包括：基因组参考序列建库；将三代单分子实时测序序列比对到基因组参考序列；获得间隙序列支持；提取间隙序列支持；组装，建立一致的间隙填充序列；使用一致的间隙填充序列修补基因组参考序列的间隙；使用二代序列和修补后的基因组参考序列进行比对获得无效比对区域，并用无效序列对该区域进行替换，获得新基因组参考序列；用二代序列对新基因组参考序列进行补洞，获得最终基因组参考序列。本发明的方法采用二代序列与三代单分子实时测序序列相结合的方法进行分级补洞，提高了基因组完整性和准确性。

摘要： 本发明公开了一种二代序列和三代单分子实时测序序列联合组装方法和系统，该方法包括：二代序列组装获得一级二代基因组骨架序列；二代序列对一级二代基因组骨架序列进行补洞，获得二级二代基因组骨架序列；三代单分子实时测序序列对二代基因组骨架序列进行补洞，获得一级二三代骨架序列；自纠错后的三代单分子实时测序序列利用与一级二三代骨架序列相互重叠关系进行拼接，获得二级二三代骨架序列；二代序列与二级二三代骨架序列进行比对获得无效比对区域，并用无效序列对该区域进行替换，获得三级二三代骨架序列；用二代序列对三级二三代骨架序列进行补洞，获得最终基因组组装序列。本发明的方法能够提高基因组组装的指标和准确性。

摘要： 本发明公开了一种二代序列的短序列纠错的方法和装置，该方法包括：获取二代序列的K‑mer序列；对K‑mer序列进行分类；统计K‑mer序列的频数；筛选并获得低于预定频数的K‑mer序列；用预定频数的K‑mer序列对二代序列进行纠错；其中，纠错包括：将预定频数的K‑mer序列比对回二代序列，若比对上，则从该K‑mer头尾两端对应在二代序列上的位置将二代序列截断；保留截断后的长度大于预定长度的序列，舍弃截断后的长度小于预定长度的序列。本发明能够大大降低二代序列基于德布鲁因组装所需要的内存峰值，从而能够降低基因组组装的难度。

摘要： 本发明公开了基于球状鲁棒序列局部二值化模式的序列分类方法方法，主要解决现有技术对极光序列分类准确率不高和时间复杂度不够低的问题。其技术方案是：1.选取训练数据序列和测试数据序列；2.求出训练数据序列的球状鲁棒序列局部二值化编码值，统计得到训练数据的特征向量；3.将训练数据序列的特征向量和标签输入到SVM中进行训练得到训练模型；4.求出测试数据序列的球状鲁棒序列局部二值化编码值，统计得到测试数据的特征向量；5.将测试数据序列的特征向量输入到训练好的SVM模型中得到分类结果。本发明提高了极光序列的分类准确率，降低了时间复杂度，可用于计算机对极光序列的自动分类。

摘要： 本发明公开了一种基因字符序列快速编码为二进制序列的编码方法，步骤包括：1)从待编码基因字符序列中取出指定数量个字符作为当前处理字符串；2)将当前处理字符串的二进制编码右移1位；3)将右移1位后的当前处理字符串中的每一个字符与0x3进行数据与操作；4)分别将数据与操作后的结果中每一个字符中的最低两位提取组装得到当前处理字符串对应的紧致编码二进制序列；5)判断待编码基因字符序列是否处理完毕，如果尚未处理完毕，则跳转执行步骤1)；否则，结束并退出。本发明具有编码压缩效率高、编码速度快、编码效率高、不需要进行大小写转换、实现方式灵活、应用范围广的优点。

摘要： 本发明公开了一种二代序列和三代序列基因组联合的组装方法和系统，所述方法包括如下步骤：(1)提取样品基因组并超声打断；(2)将步骤(1)超声打断的片段凝胶纯化并切胶，以构建不同插入片段的文库；(3)将步骤(2)得到的文库进行二代双末端测序；(4)将各个文库的二代双末端测序的读1和读2进行拼接；(5)将拼接后的序列进行序列组装；(6)将步骤(5)得到的重叠群比对到三代序列数据中，进行联合组装；其中，所述二代双末端测序的读1和读2的序列有5bp以上的重叠区域。本方法和系统能够延长二代序列的平均长度。

摘要： 本发明提供一种二代序列和三代序列联合组装结果去冗余的方法和装置，所述方法包括如下步骤：(1)根据基因组组装结果，划分和获取短序列和长序列；(2)将所述短系列和长序列进行比对，获得比对结果；(3)整合短序列比对结果，获得冗余序列；(4)去除冗余序列，获得组装结果。本发明方法和装置用于克服现有技术冗余序列去除不完全，基因组组装结果不完整、不准确的缺点，能够很好的去除二代和三代联合组装结果中的冗余序列，并能通过去除长度比较小的Scaffold，从而大幅提升Scaffold N90和contig N50的组装指标，同时也能提高基因组组装指标和准确性。

摘要： 本发明公开了一种二代序列和三代单分子实时测序序列联合组装方法和系统，该方法包括：二代序列组装获得一级二代基因组骨架序列；二代序列对一级二代基因组骨架序列进行补洞，获得二级二代基因组骨架序列；三代单分子实时测序序列对二代基因组骨架序列进行补洞，获得一级二三代骨架序列；自纠错后的三代单分子实时测序序列利用与一级二三代骨架序列相互重叠关系进行拼接，获得二级二三代骨架序列；二代序列与二级二三代骨架序列进行比对获得无效比对区域，并用无效序列对该区域进行替换，获得三级二三代骨架序列；用二代序列对三级二三代骨架序列进行补洞，获得最终基因组组装序列。本发明的方法能够提高基因组组装的指标和准确性。

摘要： 本发明公开了一种二代序列和三代单分子实时测序序列联合补洞方法和系统，该方法包括：基因组参考序列建库；将三代单分子实时测序序列比对到基因组参考序列；获得间隙序列支持；提取间隙序列支持；组装，建立一致的间隙填充序列；使用一致的间隙填充序列修补基因组参考序列的间隙；使用二代序列和修补后的基因组参考序列进行比对获得无效比对区域，并用无效序列对该区域进行替换，获得新基因组参考序列；用二代序列对新基因组参考序列进行补洞，获得最终基因组参考序列。本发明的方法采用二代序列与三代单分子实时测序序列相结合的方法进行分级补洞，提高了基因组完整性和准确性。

摘要： 本发明公开了一种二代序列的短序列纠错的方法和装置，该方法包括：获取二代序列的K‑mer序列；对K‑mer序列进行分类；统计K‑mer序列的频数；筛选并获得低于预定频数的K‑mer序列；用预定频数的K‑mer序列对二代序列进行纠错；其中，纠错包括：将预定频数的K‑mer序列比对回二代序列，若比对上，则从该K‑mer头尾两端对应在二代序列上的位置将二代序列截断；保留截断后的长度大于预定长度的序列，舍弃截断后的长度小于预定长度的序列。本发明能够大大降低二代序列基于德布鲁因组装所需要的内存峰值，从而能够降低基因组组装的难度。