分子系统发育

摘要： 2018年4—5月期间,新疆阿拉尔地区部分荒漠果园中发现野生羊肚菌。该物种个体形态差异较大,菌盖呈卵圆形至近球形,顶端凸出或呈钝锥形,偶有近圆形;表面凹坑不规则,灰棕色至棕黄色;菌柄中空,基部膨大,表面分布白色至淡黄色颗粒;子囊圆柱形,透明,常见8个孢子;子囊孢子椭圆形,表面光滑,透明,无油滴。基于ITS、LSU、rpb1、rpb2和ef1-α序列,分别采用最大似然法和贝叶斯法的分子系统学分析,结果表明:采自荒漠果园的野生羊肚菌属黄色羊肚菌支系(EsculentaClade),与泛美羊肚菌(Morchellaamericana)聚为同一支,支持率为97%/1.00(BS/BPP)。该物种在荒漠生境中发现,表明其生态适应较广,可为实现羊肚菌本地资源开发和利用提供指导。

摘要： 基于形态、质体基因组、核基因组和群体遗传学证据描述了禾本科黍亚科一新种——巨菌草(Cenchrus fungigraminus Z.X.Lin&D.M.Lin&S.R.Lan sp.nov.)。巨菌草是蒺藜草属(Cenchrus L.)的一个成员,植株高5~10 m,茎上部的节具分支,叶宽1.8~4.8 cm;花序每厘米簇生伞房花序6~15个,具很多刚毛,刚毛密被长毛。这些特征可区别于蒺藜草属所有已知的其他物种。形态、基因组、质体基因组和群体遗传学证据强烈支持巨菌草是一个未被描述的新种。

摘要： 曲霉属真菌的利用及发现命名历史悠久,分类体系不断变化,2011年7月通过的《国际藻类、菌物、植物命名法规》(墨尔本法规),规定了“一种真菌一个名称”条款在2013年1月1日生效,改变了原先真菌物种可以多名称,有性型优先代表全型的规则,对曲霉分类命名影响巨大。目前,国际上对曲霉属及相关的属种进行了大规模系统分类修订,更注重分子系统发育结果,推荐的曲霉标准现代多相分类方法主要包括:一、分子生物学测定通用DNA分子条形码ITS序列及特定的第二条形码基因(钙调蛋白,β-微管蛋白及RNA聚合酶II第二大亚基等);二、形态学特征(基物、标准培养基、培养条件、菌落、分生孢子头、子囊孢子等);三、代谢物谱(extrolite)分析(毒素、酶、有机酸、抗生素及其他次级代谢产物等)。新分类系统形成的曲霉属现代分类保留Aspergillus 为代表曲霉属唯一合法的名称,灰绿曲霉Aspergillus glaucus为模式种,属下包含6个亚属,27个组,75个系/族,446个接受种,原有性型属种(名称)据系统发育关系被废除、组合或独立。本文总结了曲霉分类历史,重点阐述墨尔本法规影响下曲霉属的修订变化、现代的分类系统、全基因组分析技术在曲霉研究中的应用,及我国曲霉属的研究现状及建议等,旨在为规范曲霉的分类、命名、合法名称的使用及曲霉真菌和基因资源挖掘等提供参考。

摘要： 鸢尾属植物具有重要的观赏价值和经济价值,研究该属属内系统演化关系对该属种质保存、利用和遗传育种具有重要意义.目前,有关鸢尾属各分类单元的系统学关系长期处于争议状态.因此,该文以经典分类系统主要观点为基础,从不同分类单元的系统关系总结了鸢尾属分子系统发育学研究进展.结果表明:现有分子系统发育学研究结果大多支持鸢尾属为并系,且该属存在多个起源,属下的有髯鸢尾亚属、无髯鸢尾亚属均为多系,朱诺鸢尾亚属可分为5个分支,其中朱诺鸢尾组为多系.有髯鸢尾亚属和无髯鸢尾亚属下多个组的分类地位尚未确立.同时,该研究结果显示无髯鸢尾组下的加利福尼亚鸢尾系和金脉鸢尾亚系可能为复合种类群,从而导致近缘种种间形态特征界限模糊.此外,还确立了经典分类系统中部分存疑种的分类地位,如将射干和野鸢尾并入鸢尾属、将蛇头鸢尾和中甸鸢尾分别归入网脉鸢尾亚属和尼泊尔鸢尾亚属等.该文还对鸢尾属起源分布和进化历史等进行了展望,为今后鸢尾属的进一步研究提供了参考.

摘要： 在我国华南地区发现了两个引起蓝莓茎溃疡病的Bofryosphaeria新种,即B.dolichospermatii和B.fujianensis,本研究对这两个物种进行了详细的形态学描述,并制作了图版.基于/TS、LSU、tef1-α 和TUB等4个基因片段的综合系统学分析,B.dolichospermatii和B.fujianensis形成独立的分支,并与Botryosphaeria其他物种形成姐妹群;形态学特征也与系统发育关系较近的物种有明显区别.柯赫氏法则检验表明B.do/ichospermatii和B.fujianensis均为蓝莓枝干溃疡病的病原菌.

摘要： 为研究血耳(Tremella sanguinea Y.B.Peng)及其宿主菌的分类地位,利用担孢子弹射法和耳木组织培养法从椴木栽培的血耳中分离得到1株酵母状菌株XE01和1株丝状真菌菌株XE02,分别对这两株菌株进行了菌落形态和显微形态观察及基于rDNA-ITS序列的系统发育分析.结果显示,XE01在PDA培养基上形成湿润、光滑的白色菌落;细胞为椭圆形,可见芽体;其ITS序列与褐银耳属(Phaeotremella)聚为一支,与P.neofoliacea和P.eugeniae的遗传距离最小,亲缘关系最近,初步推测为血耳的酵母态型.菌株XE02在PDA培养基上形成白色绒毛状菌落;菌丝分枝少,有隔,可见单生的球状孢子和锁状联合;培养基中可见红褐色分泌物;其ITS序列与韧革菌属(Stereum)聚为一支,与皱韧革菌(S.rugosum)的遗传距离最小,亲缘关系最近,初步推测为血耳的宿主菌.研究为厘清血耳及其宿主菌的分类地位及种质资源鉴定提供了分子依据.

摘要： 本研究利用形态性状和2个分子标记(ITS和RPB2),对国产厚壳桂属(Cryptocarya)物种进行系统发育研究,并简要分析其物种多样化的成因.结果显示,形态和分子证据均支持将国产厚壳桂属物种划分为两个组:离基三出脉组和羽状脉组.云南、海南、广西和广东地区可能是国产厚壳桂属物种分化的"摇篮",这些地区分布着我国90％以上的厚壳桂属物种.大多数国产厚壳桂物种形态特征十分相似,分子序列也没有显著差异,推测可能是近期物种快速分化形成所致.

摘要： 苞藜属(Baolia Kung et G.L.Chu)根据1978年在甘肃和四川交界的迭部县发现的苞藜(Baolia bracteata Kung et G.L.Chu)而建立,但其系统学地位从未在分子水平上得到解决.该研究分析了包含苞藜属的苋科(Am-aranthaceae Juss.)32属48个物种的核基因片段(ITS)和叶绿体基因片段(rbcL、atpB-rbcL),构建了其分子系统发育树,探讨了苞藜属的生物系统学关系.结果 表明:(1)苞藜属位于藜亚科(Chenopodioideae Burnett).(2)苞藜属与虫实属(Corispermum L.)在约晚渐新世至中中新世出现分化.(3)虫实族(Corispermeae Moq.)与藜族(Che-nopodieae Dumort.)关系密切.

摘要： 本研究利用形态性状和2个分子标记(ITS和RPB2),对国产厚壳桂属(Cryptocarya)物种进行系统发育研究,并简要分析其物种多样化的成因。结果显示,形态和分子证据均支持将国产厚壳桂属物种划分为两个组:离基三出脉组和羽状脉组。云南、海南、广西和广东地区可能是国产厚壳桂属物种分化的“摇篮”,这些地区分布着我国90%以上的厚壳桂属物种。大多数国产厚壳桂物种形态特征十分相似,分子序列也没有显著差异,推测可能是近期物种快速分化形成所致。

摘要： 通过形态学和分子生物学的方法对1种寄生于大口黑鲈体表的鲺(Argulus sp.)进行鉴定,并根据SSU rDNA序列探究鲺属内物种的系统发育关系。结果显示:鲺体呈淡黄色;雌性体长1.93±0.46(1.42~2.54)mm,雄性体长2.18±0.49(1.57~2.87)mm;背甲马蹄形,侧叶末端伸达第三游泳足后缘;吸盘由多条(雌性:44~52;雄性:46~47)几丁质条组成,每条几丁质条含不等数量(雌性:5~6;雄性:7~8)的几丁质片。形态学与形态测量学结果与日本鲺(Argulus japonicus Thiele,1900)最为相似。比对该物种SSU rDNA序列发现与日本鲺JN558647的序列相似性高达99.77%(1274/1277),进一步支持鉴定为日本鲺。ML系统进化树显示:鲺属内物种主要分为3个进化支;其中,日本鲺株系多位于Clade I中且与A.foliaceus和A.rhipidiophorus呈并系类群;本次采集的日本鲺(MW866569)聚于Clade I的基部,与日本鲺KF747859和KF747860株系亲缘关系最近。

摘要： 基于rbel序列数据,分别采用邻接法和最大简约法对提灯藓科分子系统发育关系进行了初步研究。建议将Koponen(1981)和vitt(1984)所界定的科称为狭义提灯藓科,而最近三个苔藓植物分子系统中所界定的为广义提灯藓科。支持缺齿藓属除Miellchhoferia macrocarpa和丝瓜藓属并入提灯藓科的观点。建议拓展提灯藓属的范畴,包括疣灯藓亚属、提灯藓业属和匐灯藓亚属。Koponen关于匐灯藓属的分组得到分f证据的大体支持。建议将全缘匐灯藓移入Sect.Plagiomnium,将阔边匐灯藓移入Sect.Rostrata,同时将Sect.Plagiomnium拆分为两个组。

摘要： 侧耳是重要的经济和环境真菌,与人类生活关系密切,但是侧耳属的分类和系统发育关系一直不甚明确,给科学研究和学术交流带来困难。传统的形态学和生理生化的方法已不能完全澄清其复杂的关系。现代分子生物学技术给侧耳的系统发育研究提供了新的方法。rn 核糖体DNA(rDNA)的部分序列已成为国际公认的较为理想的系统发育标记。rDNA的转录间隔区(internal transcribed spacers,ITS)、大亚基(large subunite rDNA，LSU rDNA)片段(即28SRNA)等是在侧耳系统发育研究中使用最多的片段,为侧耳属的分类和系统发育研究提供了可靠的依据。近年来,诸多真菌专家正在探索侧耳属的分子系统发育,寻求更为合理的侧耳属分类方法,是值得深入思考的问题。

摘要： 本文综述了近十几年来利用不同的分子标记对中国鸟类分子系统发育的研究概况,进一步了解中国鸟类各目间与目内的系统发育关系,对一些有争议鸟类的系统发育位置也进行了研究。

摘要： 山椒蜗牛科(Assimineidae)广布于南极洲以外的各大陆,且为高度物种多样性的两栖性蜗牛,潮间带、河口、淡水和陆域环境均有不同山椒蜗牛种类栖息.目前的山椒蜗牛科的分类仍以形态与解剖构造为主,许多物种的分类近年来有大幅度变动且有许多新种发表,因此山椒蜗牛科的亲缘关系亟待进一步厘清.本研究以粒线体的COⅠ和16S片段重建山椒蜗牛科的亲缘关系,初步探讨科内和科间的亲缘关系.本研究发现，麂眼螺超科的粒线体COⅠ和16S基因片段，虽然变异未达到饱和程度，但是无法厘清科问的亲缘关系。删去16S高变异区的序列资料，可获得较明确的亲缘关系；合并COⅠ序列，提高亲缘关系的分辨率有限。由于山椒蜗牛科仍包括相当多种的陆栖和淡水栖种类，相当适于探讨演化上栖地转移(habitat shift)的议题，有待未来增加更多物种和DNA数据，以获得更明确的亲缘关系。目前Genbank现有的麂眼螺超科序列几乎都是栖息于淡水的类群，缺乏栖息于潮间带或海岸的类群，麂眼螺超科是单次或多次演化入侵淡水栖地，目前仍未解。

摘要： 本文用线粒体12S和16S基因序列对双团棘胸蛙Paa yunnanensis的8个种群和越南的Paa bourreti进行分子系统发育分析,结果表明,双团棘胸蛙景东种群与Paa bourreti聚为一支,而其他7个种群聚为一支;以上两支间的遗传分化水平已经达到种级.此外,形态比较结果表明景东地区标本与双团棘胸蛙形态特征不同而与P.bourreti基本一致.因此,支持P.bourreti为有效种,双团棘胸蛙景东种群应为P.bourreti,为中国新记录;推测其在云南南部其他区域也有分布.根据云南景东的标本,本文对P.bourreti进行了形态补充描述.

摘要： 茴鱼是一类具有重要渔业价值的珍稀名贵冷水性鱼类.该属鱼类主要包括分布于欧洲、北美洲、亚洲北部的欧洲茴鱼(Thymallus thymallus)、北美北极茴鱼(Thymallus arcticus)和东西伯利亚茴鱼(Thymallus pallasii)、贝加尔茴鱼(Thymallus baicalensis)、新疆北极茴鱼(Thymallus arcticus grubei)及黑龙江茴鱼(Thymallus grubii)等.本文综述了茴鱼属鱼类分类学地位研究现状、分类及命名的混乱、茴鱼属鱼类线粒体基因组研究现状及系统发育学等保护遗传学方面的研究进展.分析了当前茴鱼遗传学研究存在的问题并提出了解决途径,从而为该属鱼类的进一步研究提供参考依据,加大对其自然资源的保护.

摘要： 在过去的近三十年中,作者及所在团队在纤毛虫基础生物学领域内开展了多方向、多层次的探索,主要成果包括:完成了对中国温带、热带沿海纤毛虫区系多样性领域的系统研究,形成了完整的专业级本底资料;构建了近百种代表性类群的个体发育模式,揭示了众多皮层演化的新现象;主持开展了对纤毛门内近50个纲目级阶元系统关系的梳理和重构建;完成了全球最大的海洋类群DNA库的构建、对2000余条标记性基因的测序和基因条码技术的构建;以四膜虫为材料,揭示了甲基化相关的表观遗传学中若干新现象;初步完成了对急游虫等代表种的转录组/全基因组的测序和分析;研究发现了钩刺斜管虫大小核基因重组过程中选择性拼接现象并提出了新的基因进化假说.

摘要： 在过去的近三十年中,作者及所在团队在纤毛虫基础生物学领域内开展了多方向、多层次的探索,主要成果包括:完成了对中国温带、热带沿海纤毛虫区系多样性领域的系统研究,形成了完整的专业级本底资料;构建了近百种代表性类群的个体发育模式,揭示了众多皮层演化的新现象;主持开展了对纤毛门内近50个纲目级阶元系统关系的梳理和重构建;完成了全球最大的海洋类群DNA库的构建、对2000余条标记性基因的测序和基因条码技术的构建;以四膜虫为材料,揭示了甲基化相关的表观遗传学中若干新现象;初步完成了对急游虫等代表种的转录组/全基因组的测序和分析;研究发现了钩刺斜管虫大小核基因重组过程中选择性拼接现象并提出了新的基因进化假说.

摘要： 在过去的近三十年中,作者及所在团队在纤毛虫基础生物学领域内开展了多方向、多层次的探索,主要成果包括:完成了对中国温带、热带沿海纤毛虫区系多样性领域的系统研究,形成了完整的专业级本底资料;构建了近百种代表性类群的个体发育模式,揭示了众多皮层演化的新现象;主持开展了对纤毛门内近50个纲目级阶元系统关系的梳理和重构建;完成了全球最大的海洋类群DNA库的构建、对2000余条标记性基因的测序和基因条码技术的构建;以四膜虫为材料,揭示了甲基化相关的表观遗传学中若干新现象;初步完成了对急游虫等代表种的转录组/全基因组的测序和分析;研究发现了钩刺斜管虫大小核基因重组过程中选择性拼接现象并提出了新的基因进化假说.

摘要： 在过去的近三十年中,作者及所在团队在纤毛虫基础生物学领域内开展了多方向、多层次的探索,主要成果包括:完成了对中国温带、热带沿海纤毛虫区系多样性领域的系统研究,形成了完整的专业级本底资料;构建了近百种代表性类群的个体发育模式,揭示了众多皮层演化的新现象;主持开展了对纤毛门内近50个纲目级阶元系统关系的梳理和重构建;完成了全球最大的海洋类群DNA库的构建、对2000余条标记性基因的测序和基因条码技术的构建;以四膜虫为材料,揭示了甲基化相关的表观遗传学中若干新现象;初步完成了对急游虫等代表种的转录组/全基因组的测序和分析;研究发现了钩刺斜管虫大小核基因重组过程中选择性拼接现象并提出了新的基因进化假说.

摘要： 本发明涉及结合分子例如人单克隆抗体，其结合系统发育群1和群2的A型流感病毒以及B型流感病毒的血凝素茎区中的表位，并且具有针对此类流感病毒的广泛中和活性。公开内容提供了编码结合分子的核酸分子，其序列和包含结合分子的组合物。结合分子可以用于系统发育群1和2的A型流感病毒以及B型流感病毒的诊断、预防和/或治疗中。

摘要： 本发明公开了一种煤变质演化裂隙系统发育模拟测试系统，包括动力加载系统、煤岩裂隙生成模拟系统和数据显示系统；动力加载系统包括气压装置和水压装置；煤岩裂隙生成模拟系统包括内生裂隙生成模拟系统和外生裂隙生成模拟系统，所述内生裂隙生成模拟系统和外生裂隙生成模拟系统中均设有一套围压装置；数据显示系统用包括传感装置和数据显示装置。本发明结构简单，使用方便，能够模拟煤在不同温度、压力条件下变质演化过程中内生裂隙和外生裂隙的形成过程，并对不同变化程度、不同压力条件下的渗透率进行测试，对裂隙发育系统进行定量化，为煤层气经济评价体系、开发工艺的正确选择、选型提供指导。

摘要： 本发明属于生物信息分析技术领域，公开了一种生物数据管理及系统发育分析流程化方法，利用界面软件将生物数据处理以及系统发育分析流程的7个程序整合在一起，无需编程技巧，界面直观友好，配备文件拖拽、界面记忆、一键升级、插件管理和程序进度条功能；同时给MAFFT比对程序新增了密码子比对功能，以解决蛋白基因核苷酸序列的比对问题。本发明的批量操作功能可以节省大量的操作时间以及耗费的精力，结合多基因联合建树功能，可满足大数据分析和系统基因组学的需求；本发明首次提供全面的线粒体基因组生物信息学分析，相较于传统的分析方法，可节约99％的时间。

摘要： 本发明涉及结合分子例如人单克隆抗体，其结合系统发育群1和群2的A型流感病毒以及B型流感病毒的血凝素茎区中的表位，并且具有针对此类流感病毒的广泛中和活性。公开内容提供了编码结合分子的核酸分子，其序列和包含结合分子的组合物。结合分子可以用于系统发育群1和2的A型流感病毒以及B型流感病毒的诊断、预防和/或治疗中。

摘要： 本发明公开了一种用于石首鱼科鱼类系统发育分析的EPIC分子标记，包括，1)利用EPIC基因序列全长设计通用引物，对石首鱼科不同属代表种进行扩增，对扩增产物进行测序；2)利用线粒体COI基因对不同属代表种进行扩增，对扩增产物进行测序；3)对步骤1和步骤2的扩增产物进行比对，计算石首鱼科不同属代表种的序列变异、碱基组成及遗传距离，判断石首科鱼类的系统发育关系。有益效果为：本发明分子标记利用核基因DNA序列，同时结合线粒体COI基因，对我国常见石首科鱼类做进一步的系统发育关系的梳理和确定，操作简单、分辨率高、遗传标记丰富、引物通用性高、价格低廉、准确性高、技术重现性好。

摘要： 本发明公开了一种煤变质演化裂隙系统发育模拟测试系统，包括动力加载系统、煤岩裂隙生成模拟系统和数据显示系统；动力加载系统包括气压装置和水压装置；煤岩裂隙生成模拟系统包括内生裂隙生成模拟系统和外生裂隙生成模拟系统，所述内生裂隙生成模拟系统和外生裂隙生成模拟系统中均设有一套围压装置；数据显示系统用包括传感装置和数据显示装置。本发明结构简单，使用方便，能够模拟煤在不同温度、压力条件下变质演化过程中内生裂隙和外生裂隙的形成过程，并对不同变化程度、不同压力条件下的渗透率进行测试，对裂隙发育系统进行定量化，为煤层气经济评价体系、开发工艺的正确选择、选型提供指导。

摘要： 本发明属于地下水资源开发和油气资源勘探领域，公开了一种模拟地下岩溶系统发育的水槽实验装置及实验方法。该装置包括淋滤子单元、倾斜度控制子单元、配液子单元和监控子单元。该方法为用石膏与水按一定比例混合可形象地模拟地下岩溶系统，用第一循环泵和第二循环泵实现酸溶液淋滤与模拟地层遭受大气淡水和地下水的溶蚀。通过pH值调节器实现酸溶液浓度恒定，通过倾斜度控制子单元控制石膏模型的倾斜度，以及与酸溶液的相对位置。本发明提出的模拟地下岩溶系统发育的水槽实验装置及实验方法，由人工操作即可完成，具有很好的灵活性和机动性，易于推广。

摘要： 本发明公开了一种基于动态多目标优化的系统发育树构建方法，首先，通过在含有标准树的多组形态学数据上进行单目标优化建树，得到不同类型数据与优化目标之间的对应关系。进而在单目标建树无法处理树冲突的情况下根据数据类型动态选择多个最优单目标进行融合，采用多目标优化算法，结合非支配排序与遗传算法进行系统发育树构建，最终对含有缺失和不可适用的数据构建出在多个目标下最优的系统发育树集合。该方法为形态学数据提供了新方法，相比基于单个目标优化的谱系树构建方法，有效的解决了古生物形态学数据谱系树构建过程中存在的缺失和不可适用以及在多个评价指标下出现冲突的问题，提高了物种谱系分析的准确率和稳定性。

摘要： 本发明公开了一种基于氨基酸序列比对的蛋白家族系统发育分析方法，包括以下步骤：基于氨基酸序列比对融合方法，获得合并的多序列比对结果；对合并的多序列比对结果进行数字化，构建分数矩阵；对分数矩阵进行降维、聚类处理，获得输入序列；鉴定输入序列的特异位点及保守位点；对输入序列进行拟时间分析，获得输入序列的轨迹排序；基于轨迹排序，获得输入序列的发育轨迹。本发明通过序列位点特征进行分数矩阵构建及其降维分析，从而推断基因家族间的聚类和进化关系，在保证序列聚类稳定性的情况下，有效提高了序列基因聚类速度，为基因系统发育分析、发育轨迹分析提供了新的工具和方法。

摘要： 本实用新型公开了一种煤变质演化裂隙系统发育模拟测试系统，包括动力加载系统、煤岩裂隙生成模拟系统和数据显示系统；动力加载系统包括气压装置和水压装置；煤岩裂隙生成模拟系统包括内生裂隙生成模拟系统和外生裂隙生成模拟系统，所述内生裂隙生成模拟系统和外生裂隙生成模拟系统中均设有一套围压装置；数据显示系统用包括传感装置和数据显示装置。本实用新型结构简单，使用方便，能够模拟煤在不同温度、压力条件下变质演化过程中内生裂隙和外生裂隙的形成过程，并对不同变化程度、不同压力条件下的渗透率进行测试，对裂隙发育系统进行定量化，为煤层气经济评价体系、开发工艺的正确选择、选型提供指导。