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第一章 绪论
1.1生物信息学基础
1.1.1背景
1.1.2生物信息学的定义和研究目标
1.1.3生物信息学研究领域
1.1.4生物分子的相关概念
1.1.5生物网络
1.2论文的主要研究内容
1.3论文结构
1.4本章小节
第二章 生物网络数值研究理论和方法
2.1生物分子网络的研究方法
2.1.1生物分子网络比对
2.1.2生物分子网络的表示
2.2生物分子网络研究的相关数据库
2.3实验结果的统计学分析
2.3.1生物分子网络的相似度
2.3.2网络相似度的统计学意义
2.4实验结果的可视化
2.5小结
第三章 蛋白质相互作用网络相似子网研究
3.1引言
3.2蛋白质同源以及网络结点的相似性
3.2.1蛋白质序列
3.2.2蛋白质序列相似性比对工具Blast
3.2.3蛋白质同源系数
3.2.4 Heymans的网络结点的相似性计算
3.3直接邻居优先反馈搜索算法
3.3.1相似矩阵计算
3.3.2直接邻居优先反馈搜索算法描述
3.4算法实现
3.5计算结果分析
3.6小结
第四章 代谢网络相似子网研究
4.1引言
4.2代谢网络研究
4.3代谢网络相似子网搜索算法
4.3.1代谢网络结点的相似性计算
4.3.2代谢网络的相似矩阵计算
4.4算法实现
4.5大肠杆菌和酵母的代谢网络计算结果分析
4.6小结
第五章 算法应用
5.1引言
5.2实验设计
5.3应用数据的来源
5.4算法实际应用分析
5.5小结
第六章 总结与展望
6.1总结
6.2展望
参考文献
作者在攻读硕士学位期间公开发表的论文
致 谢
