富集分析

摘要： 目的基于基因表达谱芯片数据,综合采用生物信息学研究方法,挖掘与严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)感染相关的差异表达基因(DEGs)和信号通路,构建分子相互作用网络并分析关键基因的功能。方法在NCBI-GEO数据库中筛选SARS-CoV-2感染相关的表达谱数据集,使用GEO2R分析并筛选DEGs,采用DAVID富集并分析相关的信号通路,通过STRING数据库构建、分析分子相互作用网络信息及功能,筛选其关键子网络,对关键基因进行功能注释。使用GEPIA2数据库评估相关基因在易感染SARS-CoV-2的癌症患者中的潜在临床价值。结果对GSE156544数据集进行分析,筛选并获得59个与SARS-CoV-2感染显著相关的DEGs,对其进行功能富集和信号通路分析,成功构建分子互作网络模型,获得1个关键互作子网络和21个hub基因(NOP58、NOL6、CIRH1A、HEATR1、PDCD11、BMS1、NOP56、NHP2L1、WDR36、TBL3、BOP1、DCAF13、DKC1、UTP18、BYSL、IMP4、NOP14、FBL、KRR1、RRP9、MPHOSPH10)。结论细胞外基质受体相互作用以及核糖体的生物合成与SARS-CoV-2感染显著相关。此外,对于易感染SARS-CoV-2的癌症患者,NOP56、NHP2L1、FBL可能是具有良好应用前景的基因靶点。

摘要： 目的:运用网络药理学方法研究黄芪-水蛭药对治疗肺纤维化(pulmonaryfibrosis,PF)的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、SwissADME、SwissTargetPrediction预测和筛选出黄芪和水蛭的活性成分及作用靶点。通过TTD、GeneCards、OMIM和DrugBank等数据库获取PF相关靶基因。采用Venny平台对药物靶基因和疾病靶基因映射筛选,得到黄芪-水蛭药对治疗PF的潜在靶标,进而用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-靶点网络。通过STRING 10.0数据库和Cytoscape 3.7.2软件筛选并构建疾病靶点相互作用网络。采用DAVID数据库对黄芪-水蛭的作用靶点进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果:筛选出黄芪-水蛭药对潜在活性成分共60个,治疗PF的活性成分44个,作用靶点95个,关键靶点18个,涉及血管内皮生长因子受体、表皮生长因子受体、肿瘤坏死因子、白细胞介素-6、白细胞介素-1、基质金属蛋白酶等;潜在调控通路包括磷酯酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路、肾素-血管紧张素(RAS)通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、血管内皮生长因子(VEGF)信号通路、微小RNA信号通路、缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路等;参与炎性反应、氧化应激、细胞凋亡和血管新生等多种生物过程。结论:黄芪-水蛭药对通过多成分、多靶点、多通路协调整合地发挥抗PF的作用,为后续细胞和动物实验提供参考。

摘要： 目的采用网络药理学方法研究银杏叶治疗心绞痛(angina pectoris,AP)的生物机制。方法从中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选银杏叶的化学活性成分,收集作用靶标;采用CTD、TTD、Drugbank、OMIM和Gene Cards数据库检索AP相关靶点。采用Cytoscape软件构建成分-靶点-疾病网络图,利用STRING数据库构建靶蛋白相互作用网络图,并对相关靶点进行GO功能富集分析、KEGG信号通路分析。结果筛选后获得银杏叶有效成分30个,治疗AP的潜在靶点基因111个。有效成分槲皮素、山柰素、阿魏酸等,主要作用于PIK3CG、MAPK14、NOS3、AKT1等关键靶点,通过流体剪切应力动脉粥样硬化、PI3K-Akt、MAPK、钙信号通路等通路,发挥抗炎、抗氧化、抗凋亡、调节离子通道等功能治疗AP。结论利用中药"多成分-多靶点-多通路"的特点,探究银杏叶治疗AP的潜在作用机制,为银杏叶治疗AP以至扩大适应证的后续科学研究及临床应用提供了一定参考。

摘要： 目的基于高通量测序技术检测健康产妇与妊娠期高血压产妇子代胎盘组织中长非编码RNA(lncRNA)的差异表达情况,以探讨妊娠期高血压早期潜在生物学标志物及发病机制。方法选取在武警特色医学中心妇产科2018年1—6月收治的健康产妇(C组)及妊娠期高血压产妇(M组)。提取2组胎盘组织总RNA行高通量测序,数据评估与质控后,以差异倍数|Fold Change|>2且Q值40个的通路共有41条,包括12条代谢相关通路、10条有机体系统相关通路、8条人类疾病相关通路、4条细胞过程相关通路、4条遗传信息通路、3条环境信息相关通路。处于网络核心位置的基因主要包括PSMF1、DDX6、RPS27A、PSMB10、CASP10、GNB2L1、RELA、EIF4G1等。临床验证结果显示,妊娠期高血压产妇子代胎盘组织中ENST00000492363表达水平显著高于正常妊娠产妇子代胎盘组织(P<0.05)。结论胎盘组织中lncRNA的差异表达与妊娠期高血压相关,其中ENST00000492363表达上调且差异倍数最大;lncRNA靶基因可能主要通过调节物质代谢通路发挥作用,同时PSMF1、DDX6、RPS27A、PSMB10、CASP10、GNB2L1、RELA、EIF4G1等基因处于网络调控中心,可能与妊娠期高血压发生发展具有相关性。

摘要： 目的基于网络药理学方法探究鬼针草治疗干眼的作用靶点及机制。方法通过TCMSP数据库收集鬼针草的化学成分,筛选出活性成分,并使用Uniprot进行基因名称转化;运用OMIM、DrugBank、TTD、Genecards数据库获得干眼相关靶基因,通过Venny图获得“鬼针草-干眼”共有靶点作为关键基因,随后对关键基因开展蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)构建,依据Degree算法获取核心基因;再进行基因本体学(GO)和Kyoto基因与基因组百科全书(KEGG)分析,并依据GO富集结果,使用Cytoscape软件构建“鬼针草-干眼-通路”网络图。结果鬼针草筛选出6个活性化合物,218个靶点;干眼筛选出1,313条靶基因,取交集后得到123个交集基因。对关键基因开展PPI网络构建得到排名前10的核心基因为:AKT1、IL-6、TP53、VEGFA、TNF、JUN、CASP3、EGF、EGFR、PTGS2。GO富集结果共870条,主要与调控细胞炎症因子、细胞凋亡、免疫反应、衰老等有关;KEGG结果共241条,主要与TLR信号通路,NF-κB信号通路、MAPK信号通路等有关。结论鬼针草可能是通过对EGF、TNF、VEGFA、IL-6等基因的影响,以及对TLR信号通路、NF-κB信号通路、MARK信号通路的调控,达到减轻干眼患者眼表炎症反应的效果,改善干眼主观症状及临床指标。本研究可为干眼的药物选择及特异性治疗方案提供新思路。

摘要： 采用网络药理学,探讨痰热清注射液治疗新型冠状病毒肺炎作用中的靶点及信号通路,阐述其潜在的作用机制.借助GeneCards, DrugBank等数据库获取新冠肺炎潜在靶点,应用文献研究、Swiss Target Prediction、Sea、及Stitch数据库筛选痰热清注射液的成分作用靶点.利用String平台构建蛋白相互作用网络,DAVID数据库进行GO功能分析和KEGG富集分析,Cytoscape软件构建痰热清注射液主要活性成分作用于COVID-19疾病靶点的核心靶点.采用SYBYL-X软件将痰热清注射液中的血中活性成分与血管紧张素转化酶Ⅱ(PDB ID∶1R42)、 SARS-CoV-2 3CL水解酶(PDB ID:6LU7)和SARS-PLpro抑制剂(PDB ID∶3e9s)、抗病毒化药物进行分子对接实验.痰热清中药物的活性成分作用靶点149个.得到COVID-19的疾病相关靶点为439个,两者PPI后取交集并进行筛选得到80个关键靶点.对这80个关键靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析,GO生物过程166条;KEGG信号通路105条.分子对接结果显示异绿原酸A、新绿原酸、异绿原酸C均能较好的与ACE2、SARS-CoV-2 3CL水解酶、SARS-PL pro结合并形成氢键.痰热清中的活性化合物可能通过抗病毒、抗炎、免疫调节、调控凋亡等作用,对COVID-19导致的感染、炎症以及肺损伤疾病产生治疗作用,研究结果可为中医药治疗COVID-19提供一定的理论基础与科学依据.

摘要： 目的:基于药物干扰疾病网络稳健性的方法来预测和血明目片潜在的适应证。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医药综合数据库(TCMID)等数据库搜集和血明目片中的活性成分,利用BATMAN-TCM预测成分的潜在靶点;通过DisGeNET和HPO数据库获取相应的疾病蛋白靶标,基于靶点移除前后整体网络拓扑特征的变化评价药物靶点对于网络稳定性的影响,实现和血明目片干预不同疾病药效的预测。通过建立“中药成分-药物靶点-疾病蛋白”关联网络,从中筛选出潜在药物作用靶点并对其进行富集分析,考察和血明目片干预疾病可能的生物学过程和信号通路,最终从体外细胞实验的角度初步对药效进行验证。结果:搜集整理后得到和血明目片所含化学成分946个,预测高可信度靶点761个。通过考察药物扰动疾病网络稳健性,发现和血明目片对翼状胬肉、角膜炎、高眼压症、角膜新生血管化的疾病网络有较强的扰动作用。通过构建和血明目片干预不同疾病的“中药成分-药物靶点-疾病蛋白”异质网络,获得相应的潜在药物作用靶点,多项富集分析结果显示和血明目片可能通过干预血管新生、白细胞迁移、脂多糖(LPS)应答、核因子κB转录调控、凋亡通路、氧化应激通路等过程来发挥作用。以上4种疾病潜在作用通路与和血明目片的潜在作用通路具有一致性,且体外细胞实验很好地证明了和血明目片对于治疗视网膜损伤具有一定的药效。结论:和血明目片具有“多组成、多靶标、多通路”的特点,对翼状胬肉、角膜炎、高眼压症、角膜新生血管化等4种适应证存在潜在的治疗作用。

摘要： 目的:运用网络药理学的方法探讨固本止崩汤对功能失调性子宫出血的可能性机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台筛选固本止崩汤的活性成分并预测其潜在作用靶点,将获得靶点导入UNIPROT数据库进行基因的标准化处理;在GeneCards和OMIM数据库查找功能失调性子宫出血的相关靶点。运用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病”网络图,将二者交集靶点运用STRING平台分析蛋白间的相互作用关系。用DAVID数据库对交集靶点进行基因本体(GO)生物功能和富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并以图表形式展示。结果:以口服生物利用度(OB)和类药性(DL)2个筛选标准得到固本止崩汤中有效活性成分58个,得到靶点135个;在GeneCards和OMIM查找功能失调性子宫出血靶点共2164个,韦恩图获得药物与疾病的交集靶点共85个,关键靶点涉及IL6、VEGFA、TP53、TNF、EGF等。以P富集分析得到GO条目135条,其中生物过程38条、分子功能36条、细胞组分61条,主要涉及对缺氧的反应、一氧化氮生物过程的正向调节、细胞外空间、细胞外区域、酶结合、类固醇结合等;KEGG富集分析得到25条通路(P<0.05,FDR<0,05),靶基因主要富集在癌症信号通路等信号通路中。结论:固本止崩汤治疗功能失调性子宫出血具有多成分、多靶点、多通路的特点,其作用机制较为复杂,为后续的实验验证提供物质基础和理论依据。

摘要： 目的:基于网络药理学从靶基因层面研究康艾注射液治疗胃癌的潜在机制。方法:系统检索Pubmed、CNKI等数据库,筛选康艾注射液有效成分;通过PubChem数据库获得所有药物成分的SMILES结构,分别在STITCH、SuperPred及Swiss Target Prediction数据库检索获取药物成分靶基因;通过Disgenet和GeneBank数据库筛选胃癌靶基因;通过R软件取康艾注射液成分及胃癌靶点的交集,根据共同靶点进行GO及KEGG分析,构建药物-疾病-靶点网络药理图;通过分子对接实验验证。结果:共检索到康艾注射液成分相关文献8篇,共筛选到康艾注射液有效成分21种;最终共获得康艾注射液成分靶点155个,胃癌相关靶基因3720个,共同靶点84个;通过Cytoscape 3.6对STRING数据分析发现Top10-Hub基因分别是TP53、VEGFA、EGFR、TNF、STAT3、ESR1、HSP90AA1、AR、CYP3A4和HDAC1;主要涉及的通路分别是:“Wnt signaling pathway”、“p53 pathway”和“Apoptosis signaling pathway”等;分子对接实验发现VEGFA、EGFR、TNF和STAT3能够与成分稳定结合。结论:康艾注射液通过多基因、多通路发挥治疗胃癌的作用,为中成药临床有效治疗癌症提供客观依据。

摘要： 目的对家族性偏瘫性偏头痛1型(FHM1)小鼠诱发CSD后皮质转录本中发现的差异表达基因(DEGs)进行生物信息学分析和治疗药物预测。方法利用R软件中的Deseq2包从基因芯片公共数据库(GEO)发表的FHM1小鼠诱发CSD后皮质转录本中筛选出DEGs和基因本体论(GO)功能富集分析,并利用clusterProfiler包进行信号通路功能富集分析(GSEA)以及STRING 11.0、CMap等分析平台构建蛋白质相互作用网络和化合物预测,同时利用Cytoscape中的cytohubba插件筛选出核心DEGs并对其进行功能注释。结果FHM1型小鼠CSD发作后共筛选出155个上调基因和35个下调基因。DEGs主要富集于细胞通讯、小分子GTP酶介导的信号转导、轴突的发育以及细胞内转运的调节等生物学过程和一些免疫炎症反应相关通路以及microRNA、细胞因子信号通路上,并筛选出芹菜素、1,4-屈烯醌、非诺特罗等可逆转DEGs的小分子化合物。结论FHM1型小鼠CSD发作后与健康对照组小鼠相比DEGs存在明显差异。多个信号通路、多个蛋白质相互作用方式为理解偏头痛CSD发作后皮质的病理过程提供了帮助。

摘要： 奶牛繁殖力低的最常见原因之一，是能量供给不能满足它的需求或是能量处于负平衡状态(NEB)。长时间营养不良或者急性限饲，容易导致能量负平衡的发生。在泌乳早期，大多数奶牛由于不能摄入足够的能量而总是处于能量负平稳状态。目前研究集中在NEB对首次排卵的影响、对繁殖性能的改变、高蛋白日粮对繁殖的影响以及减少NEB改善繁殖性能等方面，但对于由NEB引起的牛基因表达的变化，仅见个别基因的研究。应用Affymetrix芯片进行NEB影响奶牛基因表达变化的研究已有报道，原作者进行了差异表达基因筛选，并对筛选的基因进行了通路分析。但差异表达基因的筛选，通常是得到一个差异表达的基因列表，只有那些差异表达显著的基因才受到关注，然而，在基因组转录水平的表达谱数据中，差异表达显著的基因只占很少的部分，大部分的基因对于不同类型的样本只表现出细微的表达变化。基因集富集分析检测基因集合而不是单个基因的表达变化，因此可以包含这些细微的表达变化，得到更为理想的结果。

摘要： 东濮凹陷南北古沉积环境、有机质丰度差别巨大,运用有机地化和微量元素等多种方法对东濮凹陷古沉积环境及其对有机质丰度的影响进行了研究,结果表明:东濮北部为典型的咸水、还原环境;南部为淡水-微咸水、弱氧化环境.古沉积环境对有机质丰度起决定性作用:古盐度越高,还原性越强,有机质丰度越高.在此基础上,对北部有机质富集的原因进行了分析.

摘要： 东濮凹陷南北古沉积环境、有机质丰度差别巨大,运用有机地化和微量元素等多种方法对东濮凹陷古沉积环境及其对有机质丰度的影响进行了研究,结果表明:东濮北部为典型的咸水、还原环境;南部为淡水-微咸水、弱氧化环境.古沉积环境对有机质丰度起决定性作用:古盐度越高,还原性越强,有机质丰度越高.在此基础上,对北部有机质富集的原因进行了分析.

摘要： 东濮凹陷南北古沉积环境、有机质丰度差别巨大,运用有机地化和微量元素等多种方法对东濮凹陷古沉积环境及其对有机质丰度的影响进行了研究,结果表明:东濮北部为典型的咸水、还原环境;南部为淡水-微咸水、弱氧化环境.古沉积环境对有机质丰度起决定性作用:古盐度越高,还原性越强,有机质丰度越高.在此基础上,对北部有机质富集的原因进行了分析.

摘要： 东濮凹陷南北古沉积环境、有机质丰度差别巨大,运用有机地化和微量元素等多种方法对东濮凹陷古沉积环境及其对有机质丰度的影响进行了研究,结果表明:东濮北部为典型的咸水、还原环境;南部为淡水-微咸水、弱氧化环境.古沉积环境对有机质丰度起决定性作用:古盐度越高,还原性越强,有机质丰度越高.在此基础上,对北部有机质富集的原因进行了分析.

摘要： 本发明属于环境监测技术领域，具体涉及一种基于湿法富集烟气汞在线分析仪及分析方法。该分析仪包括富集系统、检测系统以及控制系统；分析方法包括如下步骤：导入富集试剂→空白检测→富集样气→样品检测→溶液排出或保存。本发明的分析仪优点在于，结合高效率富集装置以及在线的X射线荧光技术，通过化学试剂的灵活选择，能够实现不同价态汞(Hg2+，Hg0，总汞)的在线分析，甚至不同重金属元素的分析，还可为离线的实验室检测保存样品。

摘要： 本发明涉及用于从包括蛋白质和/或肽的样品混合物中检测和/或富集大量不同的分析物蛋白质和/或分析物肽的方法。该方法包括下列步骤：a)提供所述样品混合物，并且，当合适时，将其中包含的蛋白质断裂为限定的肽；b)提供第一结合分子，所述第一结合分子特异于不同分析物蛋白质和/或分析物肽中至少一种的肽表位，由此所述肽表位包括至多最多5，优选地2-3个氨基酸；c)与样品混合物一起温育第一结合分子，和d)检测和/或富集与第一结合分子结合的分析物蛋白质和/或分析物肽。本发明还涉及特异于不同肽分析物的末端肽表位的结合分子，由此所述末端肽表位包括游离的NH2基团或游离的COOH基团，一个或多于一个由蛋白酶特异性确定的氨基酸和在每种情形中至多最多3个另外的末端氨基酸。

摘要： 本发明公开了首先利用电泳驱动分析物通过滤网基质去除大分子物质的分离低丰度物质的方法和装置，然后保留的低丰度物质与捕获膜上的小的捕获位点结合，电泳富集到捕获膜上。捕获膜被风干，并被置于导电的MALDI样品板上。

摘要： 本公开涉及一种微生物集富集的分析方法、分析装置和计算机介质。所述分析方法包括接收用户输入的待分析的微生物集。该分析方法还包括由第一处理器，利用第二微生物集知识库确定所述待分析的微生物集的富集信息，所述富集信息包括相关联的人类基因及显著性参数。其中，所述第二微生物集知识库基于微生物分类的第一微生物集知识库并结合显著的微生物与人类基因之间的关联信息来生成。所述分析方法还包括由所述第一处理器，根据所述显著性参数对所述相关联的人类基因进行排序。能够高效且系统性地利用微生物的研究成果的相关公开信息，精确地进行各种疾病经由特异性微生物群落作用于基因的机制分析。

摘要： 本发明涉及一种富集器、气相色谱分析装置及油中溶解气体的气相色谱分析方法。该富集器包括富集主体、液氮冷却池、丙烷冷却池及加热器。采用液氮、丙烷双级低温冷凝，能够有效的富集待测样品中的气体，提升待测气体含量；通过加热器能够加热在富集主体内被冷却的气体，从而实现富集气体的释放。采用该富集器的气相色谱分析装置能够提升待测气体的含量，提升装置的检测灵敏度，适用于油中气体的分析检测。采用该气相色谱分析装置的油中溶解气体的气相色谱分析方法能够有效富集样品中待测气体，方法检出限低。

摘要： 本发明公开了一种全自动固相萃取富集的分析装置和分析方法，包括自动进样模块、多位选择模块、反应器模块、萃取模块、自动收集模块和电源及控制模块；所述多位选择模块包括多位选择阀，所述多位选择阀包括一个公共接口和若干支路接口，所述支路接口分别与各试剂瓶、吹扫气源以及自动进样器和萃取模块连接；所述反应器模块包括注射泵，所述注射泵配备有注射器，所述注射器的腔体作为溶液混合和反应容器，注射器的接口与多位选择阀的公共接口连接；所述萃取模块包括六通切换阀和固相萃取柱；所述电源及控制模块用于提供工作电压和电流，发送控制命令并接收反馈信号。本发明可以实现水样分析的全自动净化、分离、富集和检测。

摘要： 本发明属于环境监测技术领域，具体涉及一种基于湿法富集烟气汞在线分析仪及分析方法。该分析仪包括富集系统、检测系统以及控制系统；分析方法包括如下步骤：导入富集试剂→空白检测→富集样气→样品检测→溶液排出或保存。本发明的分析仪优点在于，结合高效率富集装置以及在线的X射线荧光技术，通过化学试剂的灵活选择，能够实现不同价态汞(Hg2+，Hg0，总汞)的在线分析，甚至不同重金属元素的分析，还可为离线的实验室检测保存样品。

摘要： 一种基于干法富集烟气中总汞的在线分析仪及分析方法，属于环境监测技术领域，包括吸附剂填装系统、样品富集系统、检测系统、滤膜传动系统以及控制采集系统；吸附剂填装系统实现粉末吸附剂在滤膜表面的填装，样品富集系统对样气中的总汞进行富集，检测系统对采集的样品进行在线无损检测，滤膜传动系统是将滤膜在各分系统之间的传送，控制采集系统实现上述各系统的协调运转以及各种数据的采集、处理和存储。分析方法包括如下步骤：吸附剂填装→样品富集→样品检测。优点在于，通过高效粉末吸附剂的引入，结合滤膜富集技术，能够同时实现烟气或者环境大气中气态汞和颗粒汞的全富集，再通过在线的X射线荧光技术检测，最终实现烟气或者环境大气中总汞的在线分析。

摘要： 本发明涉及用于从包括蛋白质和/或肽的样品混合物中检测和/或富集大量不同的分析物蛋白质和/或分析物肽的方法。该方法包括下列步骤：a)提供所述样品混合物，并且，当合适时，将其中包含的蛋白质断裂为限定的肽，b)提供第一结合分子，所述第一结合分子特异于不同分析物蛋白质和/或分析物肽中至少一种的肽表位，由此所述肽表位包括至多最多5，优选地2－3个氨基酸，c)与样品混合物一起温育第一结合分子，和d)检测和/或富集与第一结合分子结合的分析物蛋白质和/或分析物肽。本发明还涉及特异于不同肽分析物的末端肽表位的结合分子，由此所述末端肽表位包括游离的NH2基团或游离的COOH基团，一个或多于一个由蛋白酶特异性确定的氨基酸和在每种情形中至多最多3个另外的末端氨基酸。

摘要： 本发明提供一种基于多组学数据进行功能富集分析的分析方法，至少包括如下步骤：步骤S1‑1，获取输入数据和待分析对象的富集目标集合数据；所述输入数据包括待分析对象的物种名称及注释信息；步骤S1‑2，根据输入数据构建待分析对象的物种OrgDb数据库；步骤S2，根据待分析对象的富集目标集合数据及所述的物种OrgDb数据库，利用至少一个富集分析算法对待分析对象进行富集分析；步骤S3，对富集分析的结果进行整理及可视化展示。应用本发明的技术方案，建成一整套自动化富集分析流程，从而方便快捷的完成对不同物种的差异基因进行富集分析，解决了现有技术中对富集分析在物种的支持、分析方法的选择中存在的局限性，并且丰富了分析结果数据与可视化展示，提高了分析结果准确性与分析流程的高效性。