微生物组

摘要： 人类肠道中定殖了庞大而复杂的微生物群落,是最多样化的宿主相关微生物组(microbiome)之一,由数百种微生物物种(species)和菌株(strains)组成。这些肠道微生物对人类的健康有着重要影响。同一微生物物种的菌株往往包括明显不同的基因组成或调控元件,这使得菌株具有不同的功能,包括在某些生态位的适应性、运动能力、毒力和抗生素抗性。同一物种的菌株变体可能在宿主健康和疾病中发挥不同的作用。

摘要： 植物内生菌能够帮助植物生长,增强其抗逆性与抗病性,研究植物内生菌对了解植物入侵机制、保护生态环境与农业的健康发展具有重要意义。通过阅读相关文献,总结归纳了降低植物内生菌16S rRNA基因扩增子高通量测序(16S-seq)中宿主基因污染的4种方法,即:①寻找特异性错配引物用来扩增细菌16S rRNA基因;②添加特异性阻断物用来抑制宿主16S rRNA基因扩增,如PNA-PCR和LNA-RCR钳位技术;③在文库构建过程中剪切宿主细胞器的16S rRNA基因,如Cas-16S-seq方法;④改变PCR扩增流程,如巢式PCR技术。了解上述各种方法的特点,有助于在植物内生菌16S-seq中选择合适的方法,避免或者减少宿主基因的污染,更准确地进行植物内生细菌群落的研究。

摘要： 饲粮-微生物互作在肉鸡精准营养中的作用:现实、差距和新概念阮栋译/校摘要:在肠道中,宿主衍生因素在遗传上是固定的而且难以调节。然而,肠道微生物组却更具可塑性,可轻易地通过饲粮因素调节。此外,微生物组通过参与营养物质消化、吸收、黏膜免疫反应的形成、能量稳态以及一些生物活性代谢物的合成或调控而潜在地影响家禽生理也越来越明显。

摘要： 虽然肠道微生物群已被确立为与肿瘤发展和治疗疗效相关的重要生物标志物和调节剂,但微生物群对不同器官肿瘤的影响鲜为人知。新的证据表明,局部微生物群是肿瘤微环境的重要组成部分,特别是在黏膜病变引起的肿瘤中,例如食管、肺、胃肠道等。研究发现,肿瘤内细菌群体具有肿瘤类型特异性,肿瘤相关微生物群可以直接调节肿瘤的发生、发展及其对化学或免疫疗法的反应。本文旨在对肿瘤组织中微生物群及其在肿瘤发展和治疗中的功能和作用机制研究的重要文献进行综述。

摘要： 豆豉和淡豆豉作为中国传统大豆发酵食品,其中含有丰富的微生物资源,同时微生物组也可能对其中功能成分如异黄酮、γ-氨基丁酸等物质的含量产生影响。该文综述了组学技术在分析豆豉和淡豆豉发酵过程微生物变化研究中的应用,并对豆豉和淡豆豉中功能成分形成、转化和健康机制研究进行总结,同时根据临床药理学研究,两者中的部分功能成分对包括高血压、抑郁症等慢性病都显示出治疗潜力,通过收集有关其活性物质临床价值的信息,关注相关工艺改革进展,以期为进一步研究和开发豆豉和淡豆豉提供参考。

摘要： 微生物组在植物的养分获取、健康生长过程中发挥重要作用。植物驯化对微生物组的结构和功能产生了不可忽视的影响,但是其机制仍缺少系统性梳理总结。为此,综述了驯化过程中,植物的类型和基因型、根外代谢产物、土壤生境的改变对微生物组的影响。通过多向比较归纳发现,在驯化过程中:(1)对微生物多样性影响显著。大多数植物微生物多样性随驯化过程下降;野生植物可招募更多有益于抵抗病原菌的微生物群落;植物种类和基因型的改变影响了根际微生物组成及其与植物的共生关系。(2)根外代谢产物的改变影响了微生物的养分吸收,驯化降低了植物的化学防御功能。(3)相对于农田等栽培土壤,原生土壤生境具有更多样和独特的微生物组成。综上所述,植物根际微生物组的改变是驯化过程多因素综合作用的结果。揭示驯化对微生物组功能的影响,恢复驯化过程中可能丢失的植物-微生物的有益联系和性状,可为基于微生物组的植物育种策略提供理论基础。

摘要： 目的采用高通量测序技术比较牙龈健康大学生和牙龈炎大学生龈上菌斑微生物差异。方法按照纳入、排除标准,在昆明医科大学招募18~25岁牙龈健康大学生30名、牙龈炎大学生33名,采用MiSeq系统对16S rDNA基因扩增子进行测序,比较2组受试者龈上菌斑的多样性、结构和组成。结果共检测到87,595个序列,其中包含14个门216个属。与牙龈健康组相比,牙龈炎组受试者的龈上菌斑中α多样性指标较高,差异具有统计学意义(P<0.001)。相似性分析(Anosim)和主成分分析(PCA)显示牙龈健康组和牙龈炎组受试者的龈上菌斑微生物群落结构、组成存在差异,且差异具有统计学意义(P<0.001)。2组受试者龈上菌斑群落的相对丰度存在差异,牙龈炎组中普氏菌属、卟啉单胞菌属、杆菌属的相对丰度较高,而牙龈健康组中放线菌属的相对丰度较高。结论牙龈炎组和牙龈健康组大学生受试者龈上菌斑的微生物群落组成和结构存在差异,牙龈炎组龈上菌斑的多样性较高。

摘要： 马肠道非常发达,其中定居着丰富又复杂的微生物菌群,这些微生物在宿主的生理、代谢、营养和免疫功能等方面有着重要作用。基于高通量测序的宏基因组学技术和分析手段的改进,对复杂环境中微生物的研究更加方便、透彻。本文就基于高通量测序的宏基因组技术在马肠道核心菌群、不同肠道段菌群结构、不同因素对肠道菌群结构的影响,以及马肠道微生物与疾病的关系等几个方面的研究进行了梳理和综述,以期了解马肠道微生物的结构和组成模式,为今后马肠道微生物相关研究提供参考。

摘要： 肠道微生物组在人体健康中起着至关重要的作用。炎症性肠病(inflammatory bowel disease,IBD)是一种由多种环境因素(包括肠道微生物组)在遗传易感个体中引起的免疫疾病。尽管大多数研究表明肠道微生物组及其代谢物通过诱导炎症和免疫紊乱在肠道疾病的发生和发展中发挥作用,但仍无法确定微生物组与IBD发病机制之间的因果关系。该文总结了IBD发病过程中细菌、真菌和病毒微生物组的改变以及潜在的功能途径,探讨当前针对微生物组的治疗方法和前景。

摘要： 测序技术使研究不可培养微生物成为可能,该方法不仅可以获得研究对象的物种组成信息,还可以进一步研究功能基因层面的信息;常用的测序方法包括扩增子测序和宏基因组测序。采后水果和蔬菜中掩藏了大量微生物,但大多数与农产品相关的微生物研究都集中在少数几种病原菌或者单一的拮抗菌上,因而对果蔬中发现的微生物群落的多样性及其结构、影响因素知之甚少。由此,本文将对通过测序来评估果蔬上微生物群落结构的一些研究进行总结,并介绍了微生物组相关定义和主要测序方法;分析了微生物组测序技术在采后果蔬中的应用及相关研究进展;且在此基础上进一步总结目前微生物组技术在采后果蔬领域应用的限制因素,提出一些可能的研究方向,为采后果蔬微生物组的研究提供一定的理论依据。

摘要： 本研究探讨了长江流域三峡库区沉积物中微生物组与生态毒理学测试指标的联系。热点区域沉积物微生物群落结构与AhR介导活性的高度相关，验证了PAHs为该地区受污沉积物中的主要有机污染物质。研究结果表明了原位微生物生态群落在受污场地环境质量评估中的重要指示意义和价值。

摘要： @@随着生命科学研究的深入，人类迈入后基因组时代，研究证实人体的健康决定于基因与环境的相互作用。在人体内发挥作用、影响我们生老病死的不仅有人的基因，还包括大量的人体内常住微生物(resident microflora)的基因，他们的遗传信息的总和叫微生物组(microbiome)。人基因组与微生物组的“和谐一致，协调行动”是保证机体健康的重要机制。2007年12月美国《science》杂志预测：人体共生微生物的研究将可能是国际科学研究在未来取得突破的7个重要领域之一，本文将简要介绍人类微生物组、人类口腔微生物组以及微生物基因研究的新进展。

摘要： 微生物是人体密不可分的组成部分,和人体共存的微生物比人体细胞数还多,其编码的基因及携带的遗传信息是宿主体细胞和生殖细胞的10倍,故人类微生物基因组又被称为"第二基因组".微生物组的研究有助于揭示人体遗传和代谢方面的机制,了解疾病的发生进展,在新药研发和个体化的治疗方面存在巨大的潜力,因此微生物组研究是当今的热门领域.肠道菌群与肿瘤、自身免疫疾病等研究已取得了卓越的成就.一个多世纪以前人们就知道阴道是一个有菌环境,阴道作为人体器官中重要的有菌环境之一,其微生物组构成与女性生殖系统的健康和疾病都息息相关,阴道局部的菌群稳定对女性的健康有重要意义.2007年,美国启动的人类微生物组计划包括阴道微生物的研究,旨在分析正常人群的微生物环境构成.虽然阴道微生物组的研究尚处于起步阶段,现有研究已展现出阴道微生物在炎症、肿瘤等疾病方面的重要作用.

摘要： 本发明目的在于从检查对象有效地收集微生物，另外对收集了的微生物进行正确检测、计量。本发明的微生物收集芯片基本构成为除去异物的过滤器和捕集微生物的过滤器。微生物收集试剂盒由上述那样的微生物收集芯片和抽滤手段构成。抽滤手段，例如可以是在口部设置橡皮塞的负压管。还有，微生物收集芯片含有注入液体检体的液体检体注入容器和可使在负压管的口部设置的橡皮塞贯通的中空针。注入到液体检体注入容器的液体检体通过负压管的压力抽滤。异物通过异物除去过滤器除去，微生物被捕集在微生物收集用过滤器上。然后，使用含有微生物收集用过滤器的单元，对捕集到微生物收集用过滤器上的微生物进行检测计量。

摘要： 根据受试者的微生物丛的微生物分类剖析预测其表型年龄的方法可包括：从该受试者的微生物群系样本中分离出多个微生物核酸；分析该多个微生物核酸，以根据该多个微生物核酸鉴定出微生物群系的微生物数量。根据每种微生物的数量生成受试者微生物群系的分类学剖析；以配置有机器学习平台的计算机处理微生物群系的分类学剖析，以预测受试者的表型年龄；生成带有受试者预测表型年龄的报告；以及向受试者提供该报告。

摘要： 本发明的目的在于提供一种可抑制侵入的异物的存在且装入大量试样的微生物培养器、微生物检验试剂盒、透析液的检验方法、微生物的培养方法、微生物的检验方法、及微生物培养器的制造方法。本发明提供一种微生物培养器，其包含将片状培养基装入内部并进行密封的附注入口的培养袋。

摘要： 本发明目的在于从检查对象有效地收集微生物，另外对收集了的微生物进行正确检测、计量。本发明的微生物收集芯片基本构成为除去异物的过滤器和捕集微生物的过滤器。微生物收集试剂盒由上述那样的微生物收集芯片和抽滤手段构成。抽滤手段，例如可以是在口部设置橡皮塞的负压管。还有，微生物收集芯片含有注入液体检体的液体检体注入容器和可使在负压管的口部设置的橡皮塞贯通的中空针。注入到液体检体注入容器的液体检体通过负压管的压力抽滤。异物通过异物除去过滤器除去，微生物被捕集在微生物收集用过滤器上。然后，使用含有微生物收集用过滤器的单元，对捕集到微生物收集用过滤器上的微生物进行检测计量。

摘要： 本发明提供了一种细菌数据库的构建方法以及利用其对混合菌的鉴定方法。

摘要： 一种用于至少一个受试者中的微生物组功能特征相关的状况的表征、诊断和治疗中的至少一种的方法，该方法包括：接收来自受试者群体的生物样品的聚合集；生成受试者群体的微生物组组成数据集和微生物组功能多样性数据集中的至少一种；基于从微生物组组成数据集和微生物组功能多样性数据集中的至少一种提取的特征生成状况的表征；基于该表征生成被配置为矫正状况的疗法模型；以及在与受试者相关联的输出设备，基于表征和疗法模型为受试者安排疗法。

摘要： 一种用于至少一个受试者中的微生物组分类学特征相关的状况的表征、诊断和治疗中的至少一种的方法，该方法包括：接收来自受试者群体的生物样品的聚合集；生成受试者群体的微生物组组成数据集和微生物组功能多样性数据集中的至少一种；基于从微生物组组成数据集和微生物组功能多样性数据集中的至少一种提取的特征生成状况的表征；基于该表征生成被配置为矫正状况的疗法模型；以及在与受试者相关联的输出设备，基于表征和疗法模型为受试者安排疗法。

摘要： 本发明包括用于原位修饰细菌(优选天然存在的细菌)的组合物、试剂盒和方法。这些可用于通过以特异性方式调节微生物组的细菌群体所表达和/或分泌的分子来治疗、预防或治愈微生物组相关疾病或障碍。基因组修饰可以以下方式改变这些群体的部分或全部与宿主之间的相互作用，所述方式减少它们对宿主健康的有害潜力。本发明的组合物、试剂盒和方法不会导致这些群体的直接死亡或对其生长的直接显著抑制。本发明进一步包括筛选细菌中的基因修饰的方法，确定载体诱导这些基因突变的效率的方法，以及确定这些突变对细菌生长的影响的方法。

摘要： 本发明提供了一种分离培养番茄根系微生物组的方法，其为I、取番茄根系研磨获得根系浆状物，梯度稀释培养得到培养细菌；II、培养细菌16S rRNA基因的V5‑V7区域序列测序；III、细菌OTU的鉴定并得到不同门和/或高丰度属的包含的培养细菌数的比例；IV、依据上述比例构建番茄根系微生物组。本发明还提供所得的番茄根系微生物组，以及分离培养番茄根系微生物组的方法和番茄根系微生物组的应用。本发明的方法能够快速高效的分离培养番茄根系微生物组，为利用原位根系微生物制成菌肥提供了良好的资源。

摘要： 一种用于至少一个受试者中的微生物组功能特征相关的状况的表征、诊断和治疗中的至少一种的方法，该方法包括：接收来自受试者群体的生物样品的聚合集；生成受试者群体的微生物组组成数据集和微生物组功能多样性数据集中的至少一种；基于从微生物组组成数据集和微生物组功能多样性数据集中的至少一种提取的特征生成状况的表征；基于该表征生成被配置为矫正状况的疗法模型；以及在与受试者相关联的输出设备，基于表征和疗法模型为受试者安排疗法。