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蛋白质鉴定

蛋白质鉴定的相关文献在1998年到2022年内共计127篇,主要集中在生物化学、自动化技术、计算机技术、化学 等领域,其中期刊论文75篇、会议论文5篇、专利文献129729篇;相关期刊57种,包括菌物学报、生物工程学报、生物化学与生物物理进展等; 相关会议4种,包括中国质谱学会第32届年会、2005第一届中国分类技术与应用研讨会(CSCA)、华东六省一市生物化学与分子生物学2005年交流会等;蛋白质鉴定的相关文献由298位作者贡献,包括贺思敏、孙瑞祥、迟浩等。

蛋白质鉴定—发文量

期刊论文>

论文:75 占比:0.06%

会议论文>

论文:5 占比:0.00%

专利文献>

论文:129729 占比:99.94%

总计:129809篇

蛋白质鉴定—发文趋势图

蛋白质鉴定

-研究学者

  • 贺思敏
  • 孙瑞祥
  • 迟浩
  • 王乐珩
  • 付岩
  • 周郴
  • 王文平
  • 刘超
  • 吴妍洁
  • 朱云平
  • 期刊论文
  • 会议论文
  • 专利文献

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排序:

年份

    • 越安琪; 罗卉卉; 黄卫平; 陈登权; 金素钰; 黄林; 郑玉才
    • 摘要: 为鉴定猪乳中的蛋白质组分,研究采集了8头大白猪的全乳,经离心脱脂后,采用SDS-PAGE对脱脂乳中的蛋白质进行分离,然后切取凝胶上的3条蛋白质条带,经还原烷基化和胰蛋白酶解处理后,采用液相色谱-串联质谱分析产生的水解肽,以鉴定这3种低分子量蛋白质.结果表明,获得鉴定的2种蛋白质包括β-乳球蛋白(β-LG)和乳清酸蛋白(WAP),其中WAP可能对猪乳的生物学功能有重要价值.
    • 王伟; 陈渊戈; 迟海; 陶乐仁
    • 摘要: 以不同革兰氏阳性菌(金黄色葡萄球菌、蜡样芽孢杆菌、植物乳杆菌)和革兰氏阴性菌(弗氏柠檬酸杆菌、副溶血性弧菌、大肠杆菌、肠道沙门氏菌、福氏志贺氏菌)为指示菌,利用从福建霞浦海域牡蛎中分离的细菌为指标菌,筛选具有产广谱细菌素的细菌。其中,14株具有广谱抑制作用的细菌经形态特征和16s rDNA分析,初步鉴定均为芽孢杆菌属。这些芽孢杆菌产的细菌素具有热稳定性强,易被蛋白酶分解等细菌素基本特征。通过抑菌谱的范围和重复片段基因指纹分析(rep-PCR),结果显示:这14株芽孢杆菌可进一步分为4株基因型的芽孢杆菌,做后续试验。通过质粒提取结果判断这4株芽孢杆菌细菌素是由染色体编码合成。经硫酸铵盐析法及凝胶过滤层析得到的细菌素粗提物质仍具有较强的抑菌作用。将细菌素的粗提物通过Tricine-SDS-PAGE电泳试验,结果显示:这4株具有广谱细菌素的芽孢杆菌分子质量均小于20 ku,应归属于Class Ⅱ类细菌素。结合LC-MS/MS比对鉴定,新发现的细菌素未列入现有蛋白质数据库中,这说明新发现的4株芽孢杆菌可能产生新型广谱细菌素。
    • 曾祥利; 马洁; 朱云平; 舒坤贤
    • 摘要: 利用计算机技术在海量质谱数据中鉴定蛋白质序列是蛋白质组学研究最基本且重要的任务之一,诱饵序列库构建的好坏是蛋白质鉴定质量控制成功的关键之一.发展了基于注意力机制-双向长短期记忆神经网络(At-tention Bi-LSTM)的诱饵序列构建方法,整体研究基于编码-解码框架,采用双向长短期记忆神经网络在解决传统循环神经网络梯度消失问题的同时,可以捕获前向后向更多依赖信息对处理序列数据更加有优势;引入注意力机制提高模型对目标序列库和诱饵序列库相关程度的关注度;并与目前常用的随机和反转算法进行比较.结果显示,基于Attention Bi-LSTM模型构建的诱饵序列库能满足理想诱饵序列库的各项特征要求;在不同大小实验数据集以及谱图、肽段、蛋白3个层面对比分析,显示构建的诱饵序列库与其他方法比具有更好的灵敏性.因此,Attention Bi-LSTM是一种很有潜力的诱饵序列库构建方法.
    • 姜岩; 王菁华
    • 摘要: 神经元膜蛋白在神经细胞的生长发育和神经相关疾病的发展中发挥着关键作用,同时也是一些疾病治疗的潜在靶点.进一步了解神经元膜蛋白有助于加深对神经元功能的理解和寻找相关疾病的新的解决方法.文章总结了近几年发现的几种神经元膜蛋白及其功能,以及一些新兴的研究技术.
    • 姜晓丽; 旦正才旦
    • 摘要: "检测生物组织中的糖类和蛋白质"为一节实验课,还原糖用的是梨汁,现象明显但是缺少探究性,蛋白质鉴定是耗时不到一分钟的鉴定实验,趣味性不强。为了调动学生的兴趣性和探究性,充分利用课堂时间,指导教师巧妙应用了生成资源,将蛋白质鉴定实验构建为蛋白质定性鉴定和定量检测,将还原糖鉴定实验构建为探究实验,利用学生的质疑心理,及时调整实验预设步骤,优化实验进行方案,使实验操作处于动态和不断的优化中,以实现"学理论、用理论、通过实验探究理论知识"的教学理念。
    • 蔚德睿; 马洁; 解增言; 白明泽; 朱云平; 舒坤贤
    • 摘要: Exponential growth of the mass spectrometry (MS) data is exhibited when the mass spectrometry-based proteomics has been developing rapidly. It is a great challenge to develop some quick, accurate and repeatable methods to identify peptides and proteins. Nowadays, the spectral library searching has become a mature strategy for tandem mass spectra based proteins identification in proteomics, which searches the experiment spectra against a collection of confidently identified MS/MS spectra that have been observed previously, and fully utilizes the abundance in the spectrum, peaks from non-canonical fragment ions, and other features. This review provides an overview of the implement of spectral library search strategy, and two key steps, spectral library construction and spectral library searching comprehensively, and discusses the progress and challenge of the library search strategy.%基于质谱的蛋白质组学快速发展,蛋白质质谱数据也呈指数式增长.寻找速度快、准确度高以及重复性好的鉴定方法是该领域的一项重要任务.谱图库搜索策略直接比较实验谱图与谱图库中的真实谱图,充分利用了谱图中的丰度、非常规碎裂模式和其他的一些特征,使得搜索更加快速和准确,成为蛋白质组学的主流鉴定方法之一.文中介绍基于谱图库的蛋白质组质谱数据鉴定策略,并针对其中两个关键步骤——谱图库构建方法和谱图库搜索方法进行深入介绍,探讨了谱图库策略的进展和挑战.
    • 黄海峰; 李亚颖; 王凤阳; 杜丽; 张振兴; 杨小健; 曹瑞勇; 李宝宝; 聂鑫; 朱姝; 李国华; 彭冬梅
    • 摘要: This study was aimed to clone and express groEL gene of Burkholderia pseudomallei,and perform the bioinformatics analysis of groEL protein.The genome DNA of the bacteria was extracted as the template,a pair of primers were designed with reference to the groEL gene sequence of Burkholderia pseudomallei in GenBank.The groEL gene fragment of 1 641 bp was amplified by PCR,and ligated into pMD19-T vector to construct pMD19-T-groEL recombinant plasmid.The recombinant plasmid pET-28a (+)-groEL was constructed by digestion with BamH Ⅰ and Hind Ⅲ.The correct pET-28a(+-)-groEL was transformed into E.coli BL21 (DE3) competent cells and induced by IPTG.Protein was identified by SDS-PAGE and Western blotting.DNAMAN and BioEdit softwares were used to perform the bioinformatics analysis.The results showed that groEL gene of Burkholderia pseudomallei was successfully cloned and expressed.The fusion protein was about 64 ku.The formular of GroEL protein was C4510H7381N1641O1840S521,the molecular mass was 15 893,the extinction coefficient was 32 500,the instability index was 40.31,and the average hydrophilicity was 0.901.The alpha helix (Hh),extended chain (Ee) and random coil (Cc) accounted for 48.71%,13.19% and 38.10%,respectively.This results laid a foundation for the further study of molecular mechanism of Burkholderia pseudomallei groEL gene.%试验旨在对类鼻疽伯克霍尔德菌groEL基因进行克隆与原核表达,并对其表达蛋白进行生物信息学分析.提取该菌基因组DNA作为模板,参考GenBank中类鼻疽伯克霍尔德菌groEL基因序列,设计1对引物.通过PCR扩增得到大小为1 641 bp的groEL基因片段,将其连接至pMD19-T载体,构建pMD19-T-groEL重组质粒,经BamH Ⅰ和HindⅢ双酶切鉴定正确后,构建重组质粒pET-28a(+)-groEL.将鉴定正确的pET-28a(+)groEL质粒转化至E.coli BL21(DE3)感受态细胞中,经IPTG诱导表达,运用SDS-PAGE和Western blotting方法进行蛋白质鉴定,利用DNAMAN和BioEdit等软件进行生物信息学分析.结果发现,试验成功克隆了类鼻疽伯克霍尔德菌groEL基因并进行了蛋白表达,表达的融合蛋白大小约为64 ku,GroEL蛋白的分子式为C4510H7381N1641O1840S521,原子总个数为15 893,消光系数为32 500,不稳定指数为40.31,亲水性平均值为0.901.GroEL蛋白二级结构中α-螺旋(Hh)、延伸链(Ee)、无规则卷曲(Cc)分别占48.71%、13.19%和38.10%.本试验结果为深入探究类鼻疽杆菌groEL基因的分子作用机理奠定了基础.
    • 段琼; 田博; 陈征; 王洁; 何增有
    • 摘要: 蛋白质及蛋白质翻译后修饰(post-translational modifications,PTMs)的鉴定是蛋白质组学研究的基础,对整个领域的进一步发展有着十分重要的意义.近年来,质谱设备的快速发展使得获取“自顶向下”(top-down,TD)的高精度完整蛋白质质谱数据成为可能.目前基于TD质谱数据的完整蛋白质鉴定算法虽然在匹配精度、PTM位点的推断上取得了一些成效,但它们运行时间还有很大的不足和提升空间.利用图形处理器(graphics processing unit,GPU)可以将大规模的重复计算并行化,提高串行程序的执行速度.CUDA-TP算法基于通用并行计算架构(compute unified device architecture,CUDA)来计算蛋白质与TD质谱数据的匹配分数.首先,对每一个质谱数据,CUDA-TP利用优化的MS-Filter 算法在蛋白质数据库中过滤出其对应的少数候选蛋白质集合,然后通过AVL (adelson-velskii and landis)树加速质谱匹配过程.GPU中的多线程技术被用来并行化谱图网格及最终数组中所有元素的前驱结点的求解.同时,该算法还使用target-decoy策略来控制蛋白质与质谱图匹配结果的错误发现率(false discovery rate,FDR).实验结果表明:CUDA-TP算法能够有效地加速完整蛋白质的鉴定,速度分别比MS-TopDown和MS-Align+快10倍与2倍.到目前为止,这是唯一能够利用CUDA架构来加速完整蛋白质鉴定的研究工作.CUDA-TP源代码公布在https://github.com/dqiong/CUDA-TP.
    • 刘伟; 刘书广; 韩留福
    • 摘要: 蛋白质组学以蛋白质组为研究对象,从整体水平上阐明蛋白质的总和及其作用方式.随着人类基因组计划的完成,蛋白质组学及其相关技术研究得到了快速发展.本文概述蛋白质组学研究涉及的样品制备、蛋白质分离及蛋白质鉴定技术及其研究进展.
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