PCR-DGGE

摘要： 为研究黄河三角洲贝壳堤岛滨海湿地沉积物微生物遗传多样性水平和群落结构特征,应用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(Polymerase Chain Reaction-Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,PCR-DGGE)技术检测该区域不同样线沉积物的细菌群落结构,对所得DGGE指纹图谱进行样品相似性聚类分析和环境因素主成分分析;对DGGE回收条带进行克隆测序和BLAST系统发育分析,并分类、鉴别优势微生物.结果显示:贝壳堤岛滨海湿地单个样线上,低潮带样品的多样性指数(H′)相对较高;同一样线沉积物的微生物群落结构相似性较高,倾向聚类在一起;优势微生物多数属于变形菌门(Proteobacteria)、鞘脂杆菌门(Sphingobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)和海杆菌属(Marinobacter)等与解磷、降解纤维素、光合产能或石油烃类降解相关的菌类,也有一定的病原菌分布,绝大部分能够鉴别到属,且属于未培养微生物.

摘要： 现如今,随着科学技术水平的不断提高,微生物标志物已经被广泛地应用于土壤污染生态毒理学诊断、土壤污染预防和土壤污染的修复效果评价等领域。为了深入研究微生物标志物在土壤污染生态学中的应用,本文阐述了微生物标志物的概念,详细介绍常用的土壤酶活性测定方法,并重点研究PCR-DGGE、PLFA等多种新兴技术的应用情况和优缺点。在实际工作中,人们应该联合应用多种方法,将不同方法与不同技术的优势融合,以提高评价的准确性与科学性。

摘要： 现如今,随着科学技术水平的不断提高,微生物标志物已经被广泛地应用于土壤污染生态毒理学诊断、土壤污染预防和土壤污染的修复效果评价等领域.为了深入研究微生物标志物在土壤污染生态学中的应用,本文阐述了微生物标志物的概念,详细介绍常用的土壤酶活性测定方法,并重点研究PCR-DGGE、PLFA等多种新兴技术的应用情况和优缺点.在实际工作中,人们应该联合应用多种方法,将不同方法与不同技术的优势融合,以提高评价的准确性与科学性.

摘要： 采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术对贵州糍粑辣椒贮藏0～7 d过程中腐败细菌多样性变化进行动态监控分析,对样品的理化指标pH、Aw、总酸、菌落总数进行测定和感官评定综合分析.结果表明:在0～7 d贮藏过程中,各理化指标表现为pH和Aw值呈下降趋势,菌落总数和总酸值则显著升高,感官评定呈逐渐降低趋势,在第6天达到肉眼可见的腐败终点.对DGGE图谱中优势条带进行鉴定,确定葱属菌(Allium monanthum)、未培养的球菌属(Uncultured Chroococcidiopsis sp.)、葱属洋葱菌(Allium cepa)、关节杆菌属(Arthrobacter sp.)、阿里谷氨酸杆菌(Glutamicibacter arilaitensis)为糍粑辣椒腐败过程中主要腐败菌群,其中,潘氏泛酸菌株(Pantoea cypripedii)、节杆菌(Paenarthrobacter nitroguajacolicus)为糍粑辣椒贮藏过程中的优势腐败菌.

摘要： 作为影响全球变化的主要因子之一,氮沉降对生态系统生物地球化学循环有重要的影响.细菌作为土壤生态系统物质循环的关键参与者,是土壤生态系统变化的敏感指标,在氮沉降对生态系统影响过程中发挥不可忽视的作用.模拟2种施氮方式(SAN:土表施氮,LAN:叶面施氮)和3种施氮量(5.6、15.6、20.6gN m-2a-1),运用PCR-DGGE技术,分析不同施氮方式和施氮量对两种盆栽植物马尾松(Pinus massoniana Lamb.)和木荷(Schima superba Gardn.et Champ.)幼苗土壤细菌多样性和群落组成的影响.结果表明:不同氮添加方式下,土壤细菌多样性和群落组成对氮添加的响应不同,并受到季节的影响.在雨季,LAN处理木荷土壤细菌多样性高于SAN处理;而旱季,LAN处理两种幼苗根系土壤细菌多样性均高于SAN处理.LAN处理条件下,马尾松土壤Acidobacteria_Gp1相对丰度在旱季和雨季均显著高于SAN处理(P＜0.05).在雨季,马尾松LAN处理土壤Alphaproteobacteria相对丰度显著低于SAN处理(P＜0.05),旱季没有显著差异(P＞0.05).氮添加能够提高木荷土壤细菌多样性,提高马尾松土壤变形菌门的相对丰度.旱季施氮还能够提高马尾松土壤Actinobacteria相对丰度,降低木荷土壤酸杆菌门的相对丰度.土壤细菌群落变化与土壤pH显著相关(P＜0.05),木荷土壤细菌群落还受到土壤NH4+-N含量的显著影响(P＜0.05).

摘要： 以草本泥炭为原料进行厌氧发酵,利用多聚酶链式反应(PCR)-变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术对泥炭发酵产甲烷过程中古菌群落结构特征进行分析.结果表明,泥炭发酵产甲烷过程中古菌菌群均属于广古菌门(Euryarchae-ota),包括甲烷鬃菌属(Methanosaeta)、甲烷绳菌属(Methanolinea)、甲烷杆菌属(Methanobacterium)和甲烷短杆菌属(Methanobrev ibacter),其中甲烷鬃菌属为优势菌属;随着泥炭发酵产甲烷的进行,甲烷鬃菌属的相对丰度最高,维持在36.37％ ～50.00％ 之间,甲烷绳菌属和甲烷杆菌属的相对丰度分别升至30.00％ 和20.00％,而甲烷短杆菌属的相对丰度逐渐降低,发酵末期仅为10.00％;泥炭发酵产甲烷途径主要为乙酸营养代谢类型,同时伴随氢营养代谢类型,不同于以秸秆、牛粪、鸡粪、褐煤为原料的产甲烷途径.该研究表明泥炭发酵产甲烷过程中存在丰富的古菌菌群,不同发酵时期的古菌群落结构发生演替,为促进泥炭生物转化提供了新思路.

摘要： 将城镇脱水污泥制成5 mm粒径颗粒分别在15、20、25°C条件下进行蚯蚓堆肥,利用三维荧光(EEM)考察了温度对蚯蚓堆肥处理城镇污泥过程腐熟程度的影响,并采用PCR-DGGE技术探究了不同温度条件下蚯蚓堆肥微生物种群结构的变化,旨在分析蚯蚓堆肥中的微生物种群结构的变化,进而验证污泥中腐殖酸类有机物熟化降解机理,并为蚯蚓堆肥处理城镇污泥实现工业化生产提供理论依据.EEM分析结果表明:在堆肥30 d时,堆肥系统中腐殖酸类物质已基本降解完全,且随着堆肥时间的延长,芳香类蛋白质一直在被蚯蚓和微生物所利用;同一时期随温度升高,蚯蚓吞食和系统内的微生物的协同增效作用能加快系统中DOM的降解效率、提高系统的矿化程度.依据PCR-DGGE技术测序结果可知:蚯蚓堆肥系统中微生物种群对于温度变化存在缓冲区间,当温度在15—20°C范围内变化时,细菌和真核微生物的种群多样性差异均较小;温度为25°C时,系统中细菌种群多样性降低,真核微生物种群多样性升高;堆肥结束时,3个温度组系统中共有细菌种群类别占系统中总细菌种群类别79％以上,共有真核微生物种群类别占系统总真核微生物种群类别75％以上,表明随着温度升高系统中主要微生物种群类别并未发生变化,仅共有微生物种群的相对数量发生了改变,且3个温度组系统中均以拟杆菌门(Bacteroidetes)和子囊菌门(Ascomycota)为优势种群,温度越高,相对数量越多,系统中易利用有机质所占比重小,系统更加稳定.

摘要： [目的]了解不同竹子内生固氮菌及其定殖土壤根区固氮菌的特征和生物多样性.[方法]以毛竹Phylloslachys edulis、狭叶青苦竹Pleioblastus chino、孝顺竹Bambusa multiplex叶部、根部及定植土壤为对象,设计nifH固氮基因引物,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)和随机克隆技术,通过聚类分析、Shannon多样性指数分析构建系统发育树.[结果]不同竹子根区土壤之间、同一竹种根部与叶部之间、不同竹种同一器官之间、根区土壤与植物之间的固氮菌群落结构差异明显,同一竹种叶部或根部的重复样品相似度均不高;根部内生固氮菌种类总体多于叶部,土壤固氮菌与根部内生固氮菌相似度高于叶部.不同竹种不同器官间固氮菌Shannon多样性指数差异显著,孝顺竹叶部(2.73)与土壤(2.70)大于根部(2.53)(P<0.05),狭叶青苦竹根部和毛竹根部大于叶部和土壤(P<0.05).植物样品随机克隆测序对比得到83株固氮菌,仅12株为可培养固氮菌株,分别属于慢生根瘤菌属Bradyrhizobium、Dechlorosoma、固氮螺菌属Azospirillum、肠杆菌属Enterobacter、Kosakonia、变形杆菌属Gammaproteobacteria、红长菌属Rubrivivax和Azohydromonas.系统发育树结果表明:3种竹子内生固氮菌明显不同于其他植物.[结论]土壤环境、竹子种类及组织器官均能影响竹子内生固氮菌的结构特征和多样性,定殖于根部的内生固氮菌多样性显著高于叶部.3种竹子内生固氮菌种类与已报道的禾本科Gramineae植物差异显著.

摘要： 为揭示真空包装盐水鹅在4°C、25°C和30°C贮藏温度下的微生物菌群变化及优势腐败菌。采用平板计数法和PCR-DGGE（聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳）技术对各温度下不同贮藏期样品菌落总数和菌相变化进行分析，并对主要条带进行割胶测序及同源性比对。结果表明：菌落总数在贮藏期逐渐上升，贮藏后期菌落总数呈下降趋势；产品贮藏期间的优势腐败菌主要为耐受极端环境的芽孢杆菌和类芽孢杆菌、组织菌属和假单胞菌属。30°C下主要优势腐败菌为：Tissierllasp.、Virgibacillus pantothenticus 和Paenibacillus larvae；25°C下主要优势腐败菌为：Brevibacillus sp.、Bacillus sp.、Tissierllasp.、Paenibacillussp.和Bacilluslicheniformis。4°C下主要优势腐败菌为：Paenibacillussp.Pseudomonasaeruginosa, 它们可导致产品肉质变软、发粘、变色并产生异味.

摘要： 为揭示真空包装盐水鹅在4°C、25°C和30°C贮藏温度下的微生物菌群变化及优势腐败菌。采用平板计数法和PCR-DGGE（聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳）技术对各温度下不同贮藏期样品菌落总数和菌相变化进行分析，并对主要条带进行割胶测序及同源性比对。结果表明：菌落总数在贮藏期逐渐上升，贮藏后期菌落总数呈下降趋势；产品贮藏期间的优势腐败菌主要为耐受极端环境的芽孢杆菌和类芽孢杆菌、组织菌属和假单胞菌属。30°C下主要优势腐败菌为：Tissierllasp.、Virgibacillus pantothenticus 和Paenibacillus larvae；25°C下主要优势腐败菌为：Brevibacillus sp.、Bacillus sp.、Tissierllasp.、Paenibacillussp.和Bacilluslicheniformis。4°C下主要优势腐败菌为：Paenibacillussp.Pseudomonasaeruginosa, 它们可导致产品肉质变软、发粘、变色并产生异味.

摘要： 为揭示真空包装盐水鹅在4°C、25°C和30°C贮藏温度下的微生物菌群变化及优势腐败菌。采用平板计数法和PCR-DGGE（聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳）技术对各温度下不同贮藏期样品菌落总数和菌相变化进行分析，并对主要条带进行割胶测序及同源性比对。结果表明：菌落总数在贮藏期逐渐上升，贮藏后期菌落总数呈下降趋势；产品贮藏期间的优势腐败菌主要为耐受极端环境的芽孢杆菌和类芽孢杆菌、组织菌属和假单胞菌属。30°C下主要优势腐败菌为：Tissierllasp.、Virgibacillus pantothenticus 和Paenibacillus larvae；25°C下主要优势腐败菌为：Brevibacillus sp.、Bacillus sp.、Tissierllasp.、Paenibacillussp.和Bacilluslicheniformis。4°C下主要优势腐败菌为：Paenibacillussp.Pseudomonasaeruginosa, 它们可导致产品肉质变软、发粘、变色并产生异味.

摘要： 为揭示真空包装盐水鹅在4°C、25°C和30°C贮藏温度下的微生物菌群变化及优势腐败菌。采用平板计数法和PCR-DGGE（聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳）技术对各温度下不同贮藏期样品菌落总数和菌相变化进行分析，并对主要条带进行割胶测序及同源性比对。结果表明：菌落总数在贮藏期逐渐上升，贮藏后期菌落总数呈下降趋势；产品贮藏期间的优势腐败菌主要为耐受极端环境的芽孢杆菌和类芽孢杆菌、组织菌属和假单胞菌属。30°C下主要优势腐败菌为：Tissierllasp.、Virgibacillus pantothenticus 和Paenibacillus larvae；25°C下主要优势腐败菌为：Brevibacillus sp.、Bacillus sp.、Tissierllasp.、Paenibacillussp.和Bacilluslicheniformis。4°C下主要优势腐败菌为：Paenibacillussp.Pseudomonasaeruginosa, 它们可导致产品肉质变软、发粘、变色并产生异味.

摘要： 为揭示真空包装盐水鹅在4°C、25°C和30°C贮藏温度下的微生物菌群变化及优势腐败菌。采用平板计数法和PCR-DGGE（聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳）技术对各温度下不同贮藏期样品菌落总数和菌相变化进行分析，并对主要条带进行割胶测序及同源性比对。结果表明：菌落总数在贮藏期逐渐上升，贮藏后期菌落总数呈下降趋势；产品贮藏期间的优势腐败菌主要为耐受极端环境的芽孢杆菌和类芽孢杆菌、组织菌属和假单胞菌属。30°C下主要优势腐败菌为：Tissierllasp.、Virgibacillus pantothenticus 和Paenibacillus larvae；25°C下主要优势腐败菌为：Brevibacillus sp.、Bacillus sp.、Tissierllasp.、Paenibacillussp.和Bacilluslicheniformis。4°C下主要优势腐败菌为：Paenibacillussp.Pseudomonasaeruginosa, 它们可导致产品肉质变软、发粘、变色并产生异味.

摘要： 利用PCR-DGGE方法分析了含水量和添加有机物料腐熟剂对土壤细菌群落变化的影响。结果表明,土壤细菌的种类和数量受到含水量和有机物料腐熟剂的明显影响。0-30天,土壤中菌群数量和种类呈上升趋势;30-50天,土壤菌群基本保持稳定,60天开始下降。土壤含水量为80％,腐熟剂添加量为0.2g/kg时对土壤菌群数量和种类影响最为明显。