拷贝数变异

摘要： 目的对1例具有先天性心脏病合并特殊面容和发育迟缓的患儿进行基因诊断。方法对患儿进行外周血全基因组拷贝数变异(CNV)检测和全外显子测序检测。结果患儿外周血全外显子测序显示,KMT2D基因存在c.7168_c.7169 del CC杂合突变且患儿母亲和父亲均未检测到此突变,该突变符合由KMT2D基因突变导致的常染色体显性遗传病——歌舞伎综合征(KS)的发病机制;根据美国遗传学和基因组学学会指南并结合突变影响和患儿临床症状的综合分析判定该变异符合“致病突变”且与患儿临床症状相符;经ClinVar和HGMD等数据库搜索未发现此突变的记载,此突变为未曾报道过的新致病突变。患儿外周血全基因组CNV检测显示,未发现临床明确致病或可疑致病的CNV变异。结论患儿为KMT2D基因新发突变导致的KSⅠ型。

摘要： 目的:探讨染色体微阵列分析(CMA)技术在偶发自然流产(SA)遗传学诊断中的应用价值。方法:选取2011年8月至2021年3月在南京医科大学附属妇产医院就诊的3070例自然流产病例,包括1854例SA和1216例复发性自然流产(RM),行CMA检测。结果:排除74例(2.4%,74/3070)重度母体细胞污染样本,共2996例病例(1815例SA和1181例RM)纳入最终研究。SA组和RM组的总体致病性染色体异常率比较,差异无统计学意义(61.0%vs 59.4%,P=0.380)。SA病例中检出异倍体876例(48.3%),多倍体148例(8.2%),大片段结构异常60例(3.3%),致病性微缺失/微重复17例(0.9%),单亲二倍体7例(0.4%)。SA病例中,孕妇年龄≥35岁组的异倍体发生率显著高于<35岁组(64.3%vs 45.2%,P<0.01);孕周<13周组中异倍体发生率显著高于≥13周组(49.3%vs 36.4%,P<0.01)。结论:CMA具有检测成功率高、分辨率高、检测周期短等优势,在SA病因学研究中具有重要临床价值,能为再次生育提供精准的遗传学信息。

摘要： 目的探讨染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis,CMA)在高危妊娠人群中临床应用的可行性,以期促进临床对产前诊断指征的准确把控,为产前诊断提供更准确的遗传咨询。方法回顾性分析潍坊市妇幼保健院2018~2020年共582例高危妊娠产前羊水的CMA检测结果,从多个角度分析临床指征与CMA阳性诊断率的相关性。结果582例高危妊娠产前羊水共检出86例致病性变异,占比14.78%。其中50例常染色体非整倍体异常和大片段(≥10 Mb)异常病例与传统核型分析(≥10Mb)检出一致;此外,相较于核型分析,CMA诊断阳性率提升3.26%(19/582)。高危妊娠孕妇的CMA诊断率最高的临床指征为高龄和无创产前检测(non-invasive prenatal testing,NIPT)高风险,共占52.63%;其次为血清学筛查高风险(15.38%)和B超异常(15%)。NIPT检出的173例异常病例中,CMA共确诊40例,其中真阳性率最高的异常类型为性染色体异常。B超异常的300例样本中胸腹部异常(40%)、胎儿生长受限(37.5%)、肠管异常(27.27%)、脉络丛囊肿(22.22%)和胎儿颈项透明层厚度(nuchal translucency,NT)异常(21.28%)的CMA检出率较高。435例随访病例中,非整倍体异常43例,占比9.89%;致病拷贝数变异(pathogenic copy number variation,pCNV)27例,占比6.21%;临床意义未明变异(variants of uncertain significance,VOUS)42例,占比9.66%。结论与传统核型分析相比,CMA进一步提高了染色体异常的检出率;结合高危妊娠孕妇的临床结局,应慎重把握行侵入性产前诊断的临床指征,并充分做好遗传咨询,通过产前诊断达到优生优育的目的。

摘要： 目的探讨无创产前检测技术(NIPT)对胎儿染色体拷贝数变异(CNV)的临床意义。方法选择2018年1月至2020年8月在该院行NIPT筛查的22998例单胎妊娠且筛查结果提示为CNV的90例孕妇为研究对象,经介入性产前诊断行胎儿染色体核型分析、拷贝数变异测序(CNV-Seq),随访妊娠结局,评估NIPT对胎儿CNV的检测效能,探讨其临床意义。结果90例NIPT提示CNV的孕妇中60例接受介入性产前诊断,其中31例(51.67%)未发现致病性CNV或其他染色体异常,28例(46.67%)发现CNV(27例与NIPT检测结果一致,1例不一致),1例仅行胎儿染色体核型分析未见异常,但未进行CNV-Seq。NIPT检测CNV的灵敏度、特异度、阳性预测值、阴性预测值分别为77.14%、99.85%、49.23%、99.90%。28例介入性产前诊断结果异常的孕妇17例引产,11例顺产;31例介入性产前诊断未见异常的孕妇1例引产,1例顺产多趾,其余新生儿出生时表型未见异常。30例未行介入性产前诊断的孕妇4例引产,1例出生表型U型嘴,1例失访,余24例新生儿表型正常。结论NIPT对胎儿CNV检测具有一定的临床意义,NIPT阳性结果需行介入性产前诊断,阴性结果仍需加强超声检查及随访,做好遗传咨询。

摘要： 目的研究一家系先天性手指屈曲畸形的致病基因突变。方法对先天性手指屈曲先证者进行家族遗传咨询,收集先证者及其父亲、母亲、爷爷的外周血,通过高通量测序技术进行全外显子测序,并进行拷贝数变异分析。结果该家系3代共4人参与测序,其中先天性手指屈曲畸形3例,分别为先证者及其父亲和爷爷;先天性手指屈曲畸形在该家系表现为常染色体显性遗传特征。全外显子测序结果显示:先证者携带FBN2 c.3398A>G(p.N1133S)的错义突变,该突变来源于先证者父亲,先证者爷爷也携带该基因。生物信息学分析显示,FBN2基因变异会引起蛋白功能或结构异常。结论筛选出先证者及其家系成员FBN2基因新型突变,FBN2 c.3398A>G可能是导致该家系出现先天性手指屈曲畸形的分子基础。

摘要： 旨在分析不同因素和SMG9基因拷贝数变异对奶牛繁殖性能的影响,以期为提升奶牛繁殖性能和探究SMG9基因拷贝数功能提供参考。收集河南某牛场200头已孕奶牛的配种次数、产犊后首次配种天数和空怀天数等繁殖性状数据,统计父亲、年龄、胎次、配种员和配种季节等因素,并通过荧光定量PCR法鉴定每头牛SMG9基因的拷贝数类型。通过一般线性模型将SMG9基因的拷贝数类型与繁殖性状进行关联分析,并分析不同因素对繁殖性能的影响。结果:父亲、年龄、胎次、配种季节和SMG9拷贝数变异会显著影响该奶牛群体的繁殖性状(P<0.05)。其中:1胎牛配种次数显著高于2胎牛,秋季配种次数显著高于春季和冬季(P<0.05),冬季产犊后首次配种天数高于秋季(P=0.064),1胎的空怀天数显著高于2胎(P<0.05)。SMG9基因的拷贝数变异与配种次数和空怀天数显著相关(P<0.05),多拷贝型个体繁殖性能优于正常型和缺失型。研究结果可为牛繁殖性能提升提供参考,并提示SMG9基因的拷贝数可作为奶牛繁殖性能选育的分子标记。

摘要： 目的本研究旨在评估染色体微阵列分析在检测高龄孕妇(有无合并其他高危因素)胎儿染色体异常方面的价值。方法收集498例接受染色体微阵列分析的单胎高龄孕妇,根据孕期是否合并其他高危因素,将患者分为单纯高龄组和非单纯高龄组。采集患者的一般资料与染色体结果进行分析。结果非单纯高龄孕妇的总体胎儿染色体异常率与染色体数目异常率均明显高于单纯高龄组,非单纯高龄孕妇组中进一步发现合并NIPT异常、超声结构异常、不良接触史及不良孕育史的孕妇胎儿染色体异常率较高。结论针对合并其他高危因素的高龄孕妇,医生应强烈建议其行侵入性产前诊断,明确胎儿染色体状态。

摘要： 目的:探讨妊娠中晚期胎儿肾脏异常的遗传学原因及妊娠结局。方法:对产前超声显示胎儿肾脏异常的121例孕妇行羊水穿刺进行染色体核型分析、拷贝数变异(CNVs)检测。结果:33.1%胎儿存在染色体异常或基因异常,其中2例胎儿有35Mb以上的基因重复,1例胎儿存在8号染色体三体嵌合,10例胎儿有1Mb~5Mb的基因微缺失。17q12微缺失、7q31.33微缺失和Xp22.31微重复在肾脏异常胎儿中发生概率较高(8/40),染色体异常或基因异常组胎儿妊娠终止率(32.5%)显著高于染色体正常组(3.7%)(P<0.05)。结论:孕妇产前超声显示胎儿肾脏异常时,应行遗传学分析,以利于对胎儿行精准医疗及采取优生优育的保护策略。

摘要： 目的:探讨人16号染色体长臂(16q)缺失相关差异表达基因(DEGs)和miRNAs(DEmiRs)对肝癌细胞增殖、迁移和凋亡及肝细胞癌(HCC)患者预后的影响及其机制。方法:从肿瘤与癌症基因组图谱(TCGA)数据库的HCC数据集中获取全转录组数据和拷贝数变异(CNV)数据,就16q缺失对数据集进行DEGs和DEmiRs筛选;从Kaplan-Meier Plotter数据库中获取DEGs对患者生存影响图谱;通过miRWalk网站预测DEGs表达调节相关的miRNAs。构建miRNA mimic慢病毒载体转染Huh7细胞,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)和Western blotting法检测DEmiRs(miR-3145-5p)、DEGs(CYP2E1)的表达,分别采用CCK-8、细胞克隆形成实验、Transwell侵袭实验、细胞划痕实验和流式细胞术检测细胞增殖、侵袭、迁移、细胞周期和凋亡。结果:从数据集中筛选出与16q缺失相关的8个miRNAs和12个关键DEGs;根据miRWalk网站预测和分析结果,选择miR-3145-5p与CYP2E1进行后续实验验证。与NC-con294组比较,miR-3145-5p mimic组miR-3145-5p表达和细胞凋亡率升高,CYP2E1蛋白表达水平降低,细胞增殖和侵袭能力增强(均P0.05)。结论:16q缺失可能通过上调miR-3145-5p靶向下调CYP2E1表达来促进HCC细胞的增殖和侵袭而进一步增加细胞的恶性表型,其将来可作为16q缺失亚型HCC的潜在治疗靶标,为HCC的诊断与治疗提供新的依据。

摘要： 目的:基于TCGA数据库确定m6A调节因子在低级别胶质瘤中的基因特征和预后价值。方法:从TCGA数据库中下载m6A调节因子的表达数据、拷贝数变异数据和临床信息。分析研究m6A调节因子在低级别胶质瘤组和正常对照组表达量之间的差异,m6A调节因子拷贝数变异比率,m6A调节因子的拷贝数3个水平间表达量差异和m6A调节因子的拷贝数变异水平与生存之间的关系。结果:16个m6A调节因子在肿瘤组和正常对照组表达量存在差异;9个m6A调节因子表达量存在水平间的显著差异;生存分析显示METTL3拷贝数变异两水平(缺失与正常)之间存在差异;单因素、多因素Cox生存回归分析显示METTL3的拷贝数缺失是独立的影响生存的风险因素。结论:m6A调节因子METTL3在肿瘤组中表达量上调,METTL3拷贝数缺失预示着LGG患者生存时间缩短。这一发现为进一步了解低级别胶质瘤中m6A甲基化修饰提供了线索。

摘要： LAMA2相关肌营养不良(LAMA2-related muscular dystrophy,LAMA2-MD)由LAMA2基因突变所致,表型最重者又称先天性肌营养不良1A型(merosin-deficient congenital muscular dystrophy type1A,MDC1A),是我国最常见的CMD亚型.该病发病率低,目前国内缺乏对该病的大样本量研究.在既往研究中,在基因水平确诊了来自79个家系的92例MDC1A患者.其中,有来自29个家系的31例患者经MLPA技术(multiplex ligation-dependent probe amplification,MLPA)检测出携带大于或等于1个基因外显子的缺失或重复.然而,MLPA技术并不能反映断点的确切位置和CNV的长度.本研究通过对LAMA2CNV的断点分析,确定CNV的发生位置,探讨发生拷贝数变异致病的可能的机理.

摘要： 目的：本研究旨在分析Y染色体雄性特异性区域的基因拷贝数变异(CNV)与犏牛雄性不育. 方法：采用荧光定量PCR技术分析雄性牦牛(n=63)、F1(n=22)和F2(n=2)犏牛、普通黄牛(n=10)间TSPY和HSFY基因的CNV. 结果：牦牛TSPY基因拷贝数仅为4个,表现为限制性扩增.以普通黄牛为父本生产的杂交F1和F2代公犏牛中,TSPY基因平均拷贝数分别高达385(351-421)和356,极显著高于普通黄牛平均含有142个TSPY基因拷贝(95-211)(P＜0.001).HSFY基因拷贝数在牦牛和普通黄牛中存在显著扩增,牦牛平均含有123个HSFY基因拷贝(114-132),普通黄牛平均含有71个HSFY基因拷贝(61-82).与TSPY相似,杂种F1和F2代公犏牛HSFY基因拷贝数高于父本普通黄牛(P＜0.01). 结论：本研究首次揭示牦牛、普通黄牛和犏牛在Y染色体结构上的本质差异.基于犏牛具有雄性不育的生物学特性,TSPY基因拷贝数的过高扩增可能是犏牛雄性不育的一个风险因子.

摘要： 拷贝数变异(CNV)是指与参考序列相比，基因组中≥1 kb的DNA片段插入、缺失和重复以及互相组合衍生出的复杂染色体微结构变异。由于CNV长度跨度比较大，它可以是一个基因或基因的一部分，也可以是多个基因，在基因组中覆盖的核苷酸总数远远超过SNP的总数，因此CNV对表型变异的影响要比SNP的影响更大。CNV很快受到研究者的重视，成为遗传变异研究的新热点。近年来，随着基因芯片应用和第二代DNA测序技术的成熟与完善，CNV研究规模也从局部少数位点扩展至整个基因组水平。已有学者发现CNV现象广泛存在于人、鼠、牛、狗、鸡等生物基因组中，且与某些生物学性状和复杂疾病有关。最近研究表明，CNV现象在猪基因组中同样存在，且可能与猪的免疫和生产性能相关。本研究利用猪全基因组SNP芯片对通城猪、大白猪、杜洛克以及杂交后代进行扫描，以发掘存在于通城猪基因组中的CNV，为进一步研究猪全基因组中的遗传变异及其与性状的关联莫定基础。

摘要： 2004年，美国冷泉港实验室的Iafrate和瑞士洛桑大学的sebat两个研究小组，分别在《Nature》和《Science》上几乎同时报道了人类基因组中拷贝数变异的存在。拷贝数变异(CNVs)，又可称为拷贝数多态性(CNPs)，是指相较于参考基因组，DAN片段存在kb到Mb范围内的重复或者缺失等亚微观突变。这些突变包括缺失、插入、重复、倒位和复合多位点变异。研究表明，CNVs与人类遗传疾病密切相关。严重影响许多复杂疾病的抗性和易感性。截止目前，人类、小鼠、大鼠、黑猩猩、猕猴和果蝇都已建立了全基因组CNVs目录，但是畜禽基因组CNVs的研究仍处于起步阶段。鸡既是一种重要的农业动物，又是生物和生物医学研究的模式动物，对其基因组CNVs进行研究意义重大。

摘要： 拷贝数变异(CNVs)是指与参照基因组比较，DNA片段发生从几Kb到Mb的突变，是一类可能具有致病性或对疾病易感性有意义的基因组改变。这种变异首先在人类基因组中被发现，随后在小鼠、大鼠、猪等其他多种哺乳动物中也发现此类变异。很多拷贝数变异区域包含与疾病相关的重要基因，或者位于距离基因较远的调控区，导致基因表达差异，从而对正常表型的变异和疾病的发生发挥一定作用。研究拷贝数变异的方法有很多种，使用比较广泛的是比较基因组杂交芯片(ArrayCGH)和基于高密度SNP芯片的推断。由于CNVs的片段大小和作用机制比SNP标记更广泛。它已经成为当前研究的热点问题。

摘要： 目的:分析76例法洛四联症儿童的拷贝数变异(CNVs). 方法:选取2016年—2017年于本院行法洛四联症矫治术的76例患儿,术前及术后均行超声心动图明确诊断;采集患儿静脉血,应用低深度全基因组测序(WGS)检测染色体异常(100kb以上的CNVs),对结果进行综合分析,将结果分为已知致病、疑似致病、临床意义不明、疑似良性、良性5类. 结果:76例法洛四联症儿童中，9例检测到CNVs，其中5例22qll.2微缺失综合征，2例22qll.2重复，1例MID1基因部分重复，l例1号和7号染色体微缺失。 结论:WGS可检测法洛四联症儿童的CNVs，有助于法洛四联症的遗传咨询，为寻找先天性心脏病的病因提供信息。

摘要： 拷贝数变异是个体间基因组序列差异及生物体遗传变异的重要来源,对表型变异的影响至关重要.本研究以杏花鸡与隐性白洛克鸡全同胞家系F2代资源群(554个个体)为研究材料,探究了GGA2上一个CNV(片段缺失)的多样性与鸡生长性状的关系.统计发现,该CNV的多样性和鸡28、49、56、63、77、84日龄体重显著相关(P＜0.05),和鸡70天龄体重极显著相关(P＜0.01).表明GGA2上该DNA片段的缺失是影响鸡生长速度的一个重要的遗传标记,在实际育种工作中可能有重要意义.

摘要： 脊髓性肌萎缩症(SMA)是一种脊髓的前角运动神经元渐进性退化,造成肌肉逐渐软弱无力、萎缩的一种疾病,一类儿科常见的常染色体隐性遗传病。该病例第一次基因诊断过程中应用MLPA技术诊断出患儿第7、8外显子杂合性缺失，且未指出是7外显子或8外显子，仅仅找到一种突变类型，显然不符合常染色体隐性遗传特征，属于典型的漏诊。此外，应用DHPLC技术进一步核实家系SMNI基因外显子7、8的缺失情况，发现患儿SMNI拷贝数为1，少了一个拷贝，但不清楚该缺失的拷贝是来源于父亲还是母亲，为此，进一步对SMN1基因全外显子进行测序，发现患儿和母亲发生同样的移码突变，且父亲未发生该突变，结果提示：1）患儿为移码突变+SMNI基因7外显子拷贝数缺失的杂合突变，其中缺失的SMNI拷贝遗传自父亲，移码突变遗传自母亲，符合常染色体隐性遗传规律；2）父亲为少见的“2+0”型携带者。明确了临床诊断，也进一步丰富了SMN基因突变数据库，即SMN基因少见的点突变及SMN拷贝数转换突变。

摘要： 通过外显子组测序技术证实了所涉及2例多发骨肉瘤患者均为同源性肿瘤，而非多中心起源的，而且通过分析得知他们的SNV以及CNV均存在这差异，而且以CNV的差异最为突出。经过对2例患者4处癌灶的CNV进行深入分析后可以证实多发骨肉瘤恶性程度较高的原因为抑癌基凶以及耐药基因的CNV变异。通过本研究以及阅读大量多发肿瘤文献，提出一个假说：多发骨肉瘤，甚至多发肿瘤的临床生物学行为与CNV具有直接的关系。本课题组可期望通过收集更多癌种、更多病例来探讨研究多发肿瘤以前所谓研究过的内容。通过本研究可以看出外显子组测序在疾病基因的识别和分子诊断中表现出极大的优越性，尤其是在肿瘤研究方面的研究方面具有其他检测手段所不能比拟的先进性，今后在遇到类似多发肿瘤的研究中可以尝试通过此方法解决。但其也存在一些亟待解决的问题。由于外显子组测序集中于对外显子区域的测序，而外显子组仅占全基因组二代很小一部分，从基因组水平上来看，得到的信息是不完整的，尤其是目前研究比较热门的microRNAs编码区等区域的信息会被遗漏。还有外显子组测序应用所应用的研究策略导致该技术对大插缺等的DNA结构变异无能为力，而且对位干高度同源区的变异体难以检出只能借助其他方法。而且，外显子组测序后得到的数据十分巨大，对这些大数据进行深入而精准的分析是全球基因研究者们的巨大挑战。

摘要： 基因拷贝数变异在多基因疾病病因中起着重要作用，常呈现因果关系。强迫症的发病原因复杂，目前普遍认为是多基因传递模式，即由多个微效基因协同并与环境因素共同作用导致的疾病。虽然有一些报道候选区域的拷贝数变异与强迫症相关，但足强迫症的全基因组关联研究(GWAS)[包括单核苷酸多态(SNP)和CNV全基因组关联]至今未见报道，本研究对汉族早发性强迫症进行CNV和SNP的全基因组关联研究，探索拷贝数变异在强迫症病因中的作用。

摘要： 本发明FRS2基因的拷贝数扩增及其应用、检测拷贝数扩增的特异性引物对，属于生物技术领域。所述拷贝数扩增的倍数为3倍以上。在拷贝数扩增的膀胱癌样本中新生血管密度大。在体外培养的膀胱癌细胞系中利用特异性siRNA干扰FRS2的表达从而抑制了膀胱癌细胞招募血管内皮细胞的能力和膀胱癌细胞诱导血管内皮细胞成小管的能力。所述的FRS2基因的拷贝数扩增在制备检测膀胱癌试剂盒中的应用。本发明具有以下优点：本发明的拷贝数扩增可以作为分子探针或靶向引物的生物检测指标之一，用来开发膀胱癌筛查试剂盒。

摘要： 本发明提供了一种检测拷贝数扩增的方法和装置及建立检测拷贝数扩增的动态基线的方法和装置。建立动态基线的方法包括：利用同一批次多个样本各自的测序数据检测得到各样本对应的拷贝数V0；根据各样本对应的拷贝数V0，确定阳性样本和极值样本；从同一批次多个样本中去除阳性样本和极值样本，得到阴性样本；利用阴性样本的测序数据建立同一批次多个样本的批次参考基线，记为动态基线。该动态基线因采用同批次样本构建所得，故能去除上游实验、操作误差对于基线的影响，进而避免了测序批次、实验操作、实验试剂改变造成的基线误差问题，从而准确确定样本的拷贝数，进而利于准确检测其扩增状态，避免了对样本错检或漏检的现象。

摘要： 本发明FRS2基因的拷贝数扩增及其应用、检测拷贝数扩增的特异性引物对，属于生物技术领域。所述拷贝数扩增的倍数为3倍以上。在拷贝数扩增的膀胱癌样本中新生血管密度大。在体外培养的膀胱癌细胞系中利用特异性siRNA干扰FRS2的表达从而抑制了膀胱癌细胞招募血管内皮细胞的能力和膀胱癌细胞诱导血管内皮细胞成小管的能力。所述的FRS2基因的拷贝数扩增在制备检测膀胱癌试剂盒中的应用。本发明具有以下优点：本发明的拷贝数扩增可以作为分子探针或靶向引物的生物检测指标之一，用来开发膀胱癌筛查试剂盒。

摘要： 一种荧光定量检测核基因组拷贝数及人线粒体基因组拷贝数的方法，通过分别选取人核基因组DNA和线粒体基因组中的一个单拷贝基因，设计引物和探针，然后将序列片段转入PMD‑18T载体中，经转化后提取质粒得到其拷贝数并作为参考标准品；在实际检测时，以参考标准品的Cq值制作标准曲线比较得到待测样品中的核基因组DNA的拷贝数和线粒体基因组DNA的拷贝数。本发明为定量分析人不同组织细胞中线粒体基因组拷贝数提供了方法，特异性高，操作简单，只需荧光定量PCR仪就能完成线粒体基因组拷贝数的快速检测。

摘要： 公开了一种用于验证胚胎中基因组变异区域的方法。胚胎测序数据由一个或多个处理器接收。接收的胚胎测序数据由一个或多个处理器与参考基因组比对。一个或多个处理器在比对的胚胎测序数据中识别基因组变异区域。由一个或多个处理器在已识别的基因组变异区域中对许多单核苷酸变异(SNV)进行计数。通过一个或多个处理器，将所识别的基因组变异区域中SNV的计数数量对应于已识别的基因组变异区域的参考区域的SNV基线计数进行归一化，以生成基因组变异区域的归一化SNV密度。如果所识别的基因组变异区域中的归一化SNV密度满足公差标准，则由一个或多个处理器验证所识别的基因组变异区域。

摘要： 对细胞群体的单细胞分析揭示单个细胞的细胞基因型。因此，描述了用于对多个细胞进行单细胞分析以确定单个细胞的细胞基因型的方法。总体上，还描述了单细胞分析方法，其涉及靶向DNA‑seq以产生源自基因组DNA的序列读段，所述序列读段用于确定细胞基因型。所述方法还包括通过分析不同类型的细胞突变，例如短序列突变(例如SNV)与结构变体(例如CNV)的组合，确定细胞基因型，特别是区分异源细胞群体中的基因型。还描述了用于进行所述方法的试剂、材料和试剂盒。细胞亚群的鉴定为改善特别是在疾病诸如癌症的情况下对细胞生物学的理解提供信息，并且进一步为更好地设计诊断剂和治疗剂提供信息。

摘要： 细胞群体的单细胞分析揭示了单个细胞的细胞基因型(例如，单核苷酸变体和拷贝数变异)和表型(例如，蛋白质表达)。在一种情况下，可以根据单个细胞的相应基因型和表型对它们进行分类。在一种情况下，群体中所有细胞的基因型和表型为鉴定细胞亚群提供信息，从而揭示群体内异质性。细胞亚群的鉴定为改善特别是在疾病诸如癌症的情况下对细胞生物学的理解提供信息，并且进一步为更好地设计诊断剂和治疗剂提供信息。

摘要： 本发明公开了一种考虑拷贝数变异因素的基因组结构变异分型方法，输入序列比对文件和突变识别文件并统计记录各变异位点的特征值；根据输入文件提取特征值，从突变识别文件VCF中提取基因型作为分类监督，通过Python提取VCF文件中第八列type后的基因型信息，一行对应一个变异依次将特征值以空格分隔，基因型以分隔符存储到txt文件中；确定核函数和核函数参数；将数据分为M‑RVM模型的训练集和测试集；采用快速二类极大似然估计求解先验参数，采用最大期望估计算法求解核参数；输出分型结果、估计概率和总体精度。本方法全面理清了考虑拷贝数变异因素的基因组结构变异分型问题，利用多分类相关向量机设计了一种高准确率、高效率的解法。

摘要： 本申请公开了一种单细胞拷贝数变异探测方法、装置、设备及介质，所述方法包括根据基底细胞癌的单细胞ATAC测序数据，将染色体划分为互不相交的预设长度的窗口，统计每个细胞在每个窗口内的测序数量，得到读数矩阵；根据没有拷贝数变异的非肿瘤细胞计算每个窗口的读数基准，得到非肿瘤细胞在每个窗口内的读数基准值；根据所述读数矩阵以及非肿瘤细胞在每个窗口内的读数基准值，采用BIC准则将染色体进行分割，合并连续的拷贝数变异窗口，得到存在拷贝数变异的染色体片段和不同片段之间的断点。根据该方法，可以提高肿瘤单细胞拷贝数变异检测的精确度，尤其在数据集中存在多个细胞类型或数据稀疏、噪音大的情况下具有较高的应用前景。

摘要： 本发明公开了一种用于等位基因拷贝数变异检测的探针组，该探针组覆盖的基因组区域包括表1中的15个同源重组修复相关基因的305个外显子区域。本发明还公开了包含所述探针组的试剂盒以及应用所述探针组进行单样本特定基因组区域等位基因拷贝数变异检测的方法，该方法将待测样本目标基因序列的测序数据比对到参考基因上，以线性回归聚类的样本数据为背景集，利用训练集优化的软件参数，检测同源重组修复通路上关键基因的DNA外显子水平以上的拷贝数变化，并综合等位基因频率和肿瘤纯度信息，预测拷贝数变异类型。该方法不仅可以一次检查多个基因的外显子水平的拷贝数变异，而且灵敏度、准确性和特异性高，成本低。