病毒基因组

摘要： 【目的】研究苹果锈果类病毒内蒙古金红分离物的基因组序列,为苹果锈果类病毒的有效防控提供参考。【方法】鉴定内蒙古自治区园艺研究院实验农场果实表现花脸的金红苹果叶片是否被苹果锈果类病毒(apple scar skin viroid,ASSVd)侵染。提取植物总RNA并以获得的总RNA为模板合成cDNA第一链,通过RT-PCR技术检测样品中的ASSVd,并经克隆测序获得ASSVd内蒙古金红分离物全基因组序列。采用MEGA 6.0、DNAMAN软件对不同寄主和不同地区来源的ASSVd分离物核苷酸序列进行分析,利用线上工具RNA Folding Form预测ASSVd内蒙古金红分离物的RNA二级结构。【结果】在疑似感病内蒙古金红苹果叶片样品中检测到ASSVd。ASSVd内蒙古金红分离物的序列长度为330 nt(GenBank登录号MZ476527),与ASSVd新疆梨分离物(JX861258)的亲缘关系最近,核苷酸序列一致性也最高,为97.9%;其次与ASSVd内蒙古塞外红苹果分离物(MN598205)的亲缘关系较近,序列一致性为97.0%;与ASSVd内蒙古塞外红苹果分离物(MN598204)的核苷酸一致性最低,为87.5%。系统发育分析显示,ASSVd的遗传关系与寄主和地理来源相关性不大。多重对比分析结果表明,ASSVd的变异主要集中在左末端区、致病区和中央保守区。RNA Folding Form预测ASSVd内蒙古金红分离物RNA基因组具有杆状二级结构,自由能为-499.49 kJ/mol。【结论】内蒙古金红苹果样品被ASSVd侵染,获取了其基因组序列相关信息。

摘要： 研究发现双生病毒逃逸植物防御反应机制日前,中国农业科学院联合其他科研单位,首次发现植物病毒可以激活植物的DNA主动去甲基化机制来逃逸植物DNA甲基化介导的防御反应。据介绍,双生病毒是一类单链环状的DNA病毒,和寄主植物存在着复杂的“进攻-防御-反防御”关系,植物可通过对双生病毒基因组进行DNA甲基化修饰抑制其转录活性,从而抵御病毒侵染,而双生病毒也通过其编码的蛋白干扰DNA甲基化的建立和维持、抑制植物的防御反应。

摘要： 猪圆环病毒(Porcine circovirus,PCV)属圆环病毒科、圆环病毒属,病毒基因组为单股负链环状DNA,病毒呈二十面体对称,无囊膜结构,是迄今为止发现的一种最小的动物病毒。猪圆环病毒依据其致病性和基因组差异分为无致病性的猪圆环病毒1型(Porcine Circovirus 1,PCV1)和有致病性的猪圆环病毒2型(Porcine Circovirus 2,PCV2)。

摘要： 非洲猪瘟是严重危害全球养猪业的一种烈性传染病,是养猪业的“头号杀手”。非洲猪瘟的病原是非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV),其是非洲猪瘟病毒相关病毒科非洲猪瘟病毒属的唯一成员,也是唯一的虫媒DNA病毒。该病毒是一种大型、复杂的核质双链DNA病毒。病毒基因组长170 kb~194 kb,编码160多种蛋白。病毒粒子直径为260 nm~300 nm。

摘要： 禽白血病是最先被人们关注并研究的鸡肿瘤性疾病之一.禽白血病病毒是目前已知的唯一拥有外源性和内源性重复活性的逆转录病毒.文章对禽白血病的相关研究情况进行总结概括,系统阐述了禽白血病的病原特征,包括目前发现的基因组、亚群及同源性的差异,以及常见临床症状、传播途径、流行情况、常用实验室诊断方法、疫苗情况、防制措施,为该病的深入研究和防控提供参考.

摘要： 黄热病病原学及流行特征黄热病病毒属黄病毒属,病毒颗粒呈球形,直径37~50纳米,外有脂蛋白包膜,包膜表面有刺突。病毒基因组为单股正链RNA病毒。黄热病是一种蚊媒性自然疫源性疾病,流行模式可分为城市型和丛林型。城市型:以人—埃及伊蚊—人形成循环,无贮存宿主。丛林型:以蚊—灵长类—蚊形成循环,构成该病的自然疫源地。城市型的主要传播媒介为埃及伊蚊,丛林型的传播媒介主要是趋血蚊属、煞蚊属。黄热病多在非洲及南美洲流行,流行季节为每年的3~4月,此时雨水充沛、湿度大、温度高,适宜蚊虫滋生及病毒在蚊体内的繁殖。

摘要： 寨卡病毒相关性吉兰-巴雷综合征(Zika virus-associated Guillain-Barré syndrome,ZIKV-GBS)是一种自身免疫性周围神经疾病,是寨卡病毒(Zika virus,ZIKV)感染并发的神经后遗症之一.虽然ZIKV-GBS的临床表现多遵循GBS的经典表现,但由于病原体不同导致其致病机制、病情严重程度及结局与经典型GBS存在较大差异.随着ZIKV在世界范围内的暴发流行,ZIKV-GBS的发病率也急剧增加.目前仍缺乏针对ZIKV的治疗性(抗病毒药)或预防性(疫苗)干预措施.因此,进一步了解ZIKV及ZIKV-GBS对于预防和治疗ZIKV-GBS至关重要.本文就ZIKV结构特点、ZIKV-GBS临床特点、动物模型研究及致病机制研究等方面进行综述,以期为疾病的发生和进展提供新的见解和认知,同时为ZIKV-GBS的治疗和干预提供新的策略.

摘要： 近日,中国农业科学院兰州兽医研究所口蹄疫与新发病流行病学创新团队通过利用遗传密码子扩展技术构建携带提前终止密码子的重组口蹄疫病毒(PTC-FMDV),揭示了病毒基因组中琥珀终止密码子具有遗传不稳定性。相关内容在《RNA生物学杂志(RNA Biology)》上发表。

摘要： 【目的】探究侵染掌叶半夏(Pinellia pedatisecta)的大豆花叶病毒(Soybean mosaicvirus,SMV)衍生的干扰小RNA(virus-derivedsmallinterferingRNA,vsiRNA)序列特征,为掌叶半夏抵御病毒的作用机制研究提供参考。【方法】以一株来自广西的具有典型病毒病症状的掌叶半夏为材料,取其褪绿斑驳的叶片采用TRIzol法提取总RNA,并进行小RNA深度测序(Small RNADeepSequencing);利用快速扩增cDNA末端(Rapid AmplificationofcDNAEnds,RACE)和分段克隆技术获得病毒的全长基因组序列,利用MEGA 7.0将其与有代表性的病毒序列构建系统发育进化树并分析亲缘关系;以克隆测序获得的基因组序列作为参考进行vsiRNA特征分析。【结果】小RNA深度测序共获得4851249条高质量的读段(reads),长度为21、22和24 nt的reads具有较高的丰度,占比分别为33.4%、13.7%和11.3%。该病毒分离物的基因组全长为9735 nt,编码3105个氨基酸,其基因组全序列与SMV HZ1分离物核苷酸序列相似性为86.93%,暂命名为SMV NN;系统发育进化树显示,SMV NN与分离自半夏的SMV HZ1分离物的亲缘关系最近。将vsiRNA定位到克隆测序后获得的SMV NN的基因组上,分析该病毒的vsiRNA特征,结果发现长度为21和22 nt的vsiRNA具有较高的丰度,病毒全基因组的正链和负链均能被vsiRNA覆盖,且分别在HC-Pro和P3蛋白编码区具有最强热点。【结论】掌叶半夏主要通过dicer样核糖核酸酶4(dicer-likeribonuclease 4,DCL4)和Argonaute蛋白1(Argonaute1,AGO1)对SMV的HC-Pro和P3蛋白编码区进行剪切,主要产生长度为21和22 nt的vsiRNA,从而抑制SMV在植株体内的复制。

摘要： 许多单股正链RNA病毒的基因组末端含有一段poly(A)尾,这对病毒基因组RNA的感染性起着非常重要的作用。本研究以猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染性克隆pCBC2为平台进行反向遗传操作,通过突变PCR获得poly(A)尾长度分别为0、5、8、9、10、22、35的全长突变体克隆,经体外转录转染MARC-145细胞,观察细胞病变(CPE),对于能产生CPE的,抽提细胞上清中的病毒RNA,通过G-Tailing法鉴定子代病毒基因组的poly(A)尾长度。结果表明:1.poly(A)尾影响PRRSV基因组的感染性,且最小长度为10；2.PRRSV基因组poly(A)尾在感染细胞过程中能被修复。

摘要： 松毛虫T4病毒(Dendrolimus punctatus tetravirus，DpTV)是我们实验室从罹病的马尾松毛虫体内发现的一种新的球形二十面体病毒粒子。目前这个病毒被确定为T4病毒科松天蛾ω类似病毒属的一个新成员。DpTV基因组由两条单链RNA分子组成(RNA1和RNA2)，大小分别为5.5 kb和2.5 kb。序列分析表明DpTV的基因组主要含有三个大的开放阅读框(open reading rame，ORF)。其中，RNA1有一个大的开放阅读框，即ORFp180; RNA2有两个有意义的开放阅读框，即ORFp17和ORFp70，两者有部分重叠。

摘要： 西瓜花叶病毒(WMV)是马铃薯Y病毒属成员,由蚜虫以非持久性方式传播,广泛分布于世界各地,主要危害西瓜和甜瓜,引起花叶病。rn 近几年该病害发生严重,已经成为制约西瓜和甜瓜高产稳产最主要的因素之一。本文完成了我国西瓜花叶病毒的基因组全序列的测定,在此基础上,克隆和体外表达了蚜传因子HC-Pro和CP蛋白,制备了相应抗体,利用Far western blot技术鉴定了其蚜虫体内的受体蛋白,并对三者互作关系进行研究,进一步阐明了非持久性传毒的分子机制。

摘要： 在猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)北美株感染性克隆pCBC2的基础上,利用突变PCR技术成功构建了在病毒基因组5'端非编码区(5'UTR)和ORF1起始密码子之间插入NdeⅠ的全长克隆pTLNd4,并在此基础上将北美株病毒的5'UTR替换为欧洲株的5'UTR,成功构建了全长克隆pTLV8。以体外转录的RNA转染MARC-145细胞,pTLNd4产生了细胞病变(CPE),pTLV8未产生.对这两株突变病毒进行RT-PCR和Northem Blot试验,分别对病毒基因组PNA复制和亚基因组mRNA转录水平进行分析；同时,还对产生CPE的pTLNd4进行了病毒学试验,结果表明它与亲本病毒无论从分子生物学水平或病毒学水平都无明显差异,而pTLV8虽表产生CPE,但用RTPCR在病毒传代细胞中检测到了基因组RNA,说明替换欧洲型5'UTR的突变病毒丧失了复制能力与感染性,但目前仍然能够提供病毒RNA合成所需要的顺式调控因子。本研究为进一步解析5'UTR的调控机制奠定了基础。

摘要： 单股负联不分节段负链RNA病毒(Nonsegments negative strand RNA virus,NSNSV)主要包括副粘病毒、弹状病毒、波纳病毒和丝状病毒,是引起动物和人类传染性疾病的一群重要疫病原.NSNSV的反向遗传操作(Reverse genetic)是通过病毒基因组cDNA操作获得病毒的过程,是90年代后期发展成熟的新型病毒学技术,是病毒学基础和应用研究极为重要的技术手段和工具平台.本研究通过反向遗传操作系统(reverse genetic system)对病毒基因组cDNA进行突变、缺失或外源基因插入修饰,可获得相应的突变、重组病毒或疫苗株.

摘要： 韭葱黄条病毒(Leekyellowstripevirus,LYSV)为马铃薯Y病毒组(Potyviridae)的典型成员,是危害葱属作物的主要病毒之一.该病毒最早由Bos等在1978年鉴定并命名,目前在全世界范围内均有广泛分布.LYSV在电镜下呈11～12nm×820nm长的线状颗粒,为正义单链RNA病毒,基因组全长10142bp,5'端具有病毒基因组结合蛋白VPg,3'端具有Poly(A),基因组含一个开放阅读框(ORF),翻译先产生一个具有蛋白酶功能的多聚蛋白,再自身酶解成包括外壳蛋白在内的十个多肽。

摘要： 将猪源JEV SH0601株基因组RNA分五段进行RT-PCR并克隆入pCRII-Blunt-TOPO和pBluescript载体中,测定了全长cDNA序列,并根据E蛋白基因序列对SH0601株进行了遗传分型.cDNA序列分析结果表明:SH0601株基因组全长10977nt,与GenBank中的Beijing-1、P3,SA14和SA14-14-2株基因组全长相比,在3NTR的1070Int处多一碱基"G",与上述四株病毒的全长核苷酸的同源率都达97.2%以上,而与国外猪源分离株KV1899和EV/sw/Mie/41/2002全长核苷酸的同源率仅迭88.7%,但SH0601株与六株病毒的全长氨基酸同源率均达97.0%以上.以E蛋白基因序列对SH0601作进化分析,该分离株属基因型Ⅲ型.

摘要： 将猪源JEV SH0601株基因组RNA分五段进行RT-PCR并克隆入pCRII-Blunt-TOPO和pBluescript载体中,测定了全长cDNA序列,并根据E蛋白基因序列对SH0601株进行了遗传分型.cDNA序列分析结果表明:SH0601株基因组全长10977nt,与GenBank中的Beijing-1、P3,SA14和SA14-14-2株基因组全长相比,在3NTR的1070Int处多一碱基"G",与上述四株病毒的全长核苷酸的同源率都达97.2%以上,而与国外猪源分离株KV1899和EV/sw/Mie/41/2002全长核苷酸的同源率仅迭88.7%,但SH0601株与六株病毒的全长氨基酸同源率均达97.0%以上.以E蛋白基因序列对SH0601作进化分析,该分离株属基因型Ⅲ型.

摘要： 将猪源JEV SH0601株基因组RNA分五段进行RT-PCR并克隆入pCRII-Blunt-TOPO和pBluescript载体中,测定了全长cDNA序列,并根据E蛋白基因序列对SH0601株进行了遗传分型.cDNA序列分析结果表明:SH0601株基因组全长10977nt,与GenBank中的Beijing-1、P3,SA14和SA14-14-2株基因组全长相比,在3NTR的1070Int处多一碱基"G",与上述四株病毒的全长核苷酸的同源率都达97.2%以上,而与国外猪源分离株KV1899和EV/sw/Mie/41/2002全长核苷酸的同源率仅迭88.7%,但SH0601株与六株病毒的全长氨基酸同源率均达97.0%以上.以E蛋白基因序列对SH0601作进化分析,该分离株属基因型Ⅲ型.

摘要： 将猪源JEV SH0601株基因组RNA分5段进行RT-PCR并克隆入pCRⅡ-Blunt-TOPO和pBluescript载体中，测定了全长cDNA序列，并根据E蛋白基因序列对SH0601株进行了遗传分型。cDNA序列分析结果表明：SH0601株基因组全长10977nt，与GenBank中的Beijing-1、P3、SA14和SA14-14-2株基因组全长相比，在3’NTR的10701 nt处多一碱基“G”，与上述四株病毒的全长核苷酸的同源率都达97.2％以上，而与国外猪源分离株—KV1899和JEV/sw/Mie/41/2002全长核苷酸的同源率仅达88.7％，但SH0601株与6株病毒的全长氨基酸同源率均达97.0％以上。以E蛋白基因序列对SH0601作进化分析，该分离株属基因型Ⅲ型。

摘要： 本发明提供有效复制含全长HCV基因组序列的RNA的方法和使用细胞培养系统生产含全长HCV复制子RNA或全长HCV基因组RNA的HCV病毒颗粒的方法。此外，本发明涉及生产丙型肝炎病毒颗粒的方法，其包括培养其中导入复制子RNA的细胞，并在培养基中产生病毒颗粒，其中所述复制子RNA包含的核苷酸序列含有基因型2a丙型肝炎病毒的全长基因组RNA序列、至少一种选择标记基因和/或至少一种报告基因以及至少一种IRES序列，或含有基因型2a丙型肝炎病毒的全长基因组RNA。再进一步，本发明还涉及丙型肝炎疫苗和抗丙型肝炎病毒颗粒的抗体。

摘要： 本发明涉及能够表达两个或多个同源外源序列的重组痘病毒载体，其中外源序列来源于微生物的不同变种，之间具有50％或更高的同源性。本发明进一步涉及制备这种重组痘病毒的方法以及这种重组痘病毒作为药物或疫苗的应用。此外，本发明还提供一种影响优选为诱导活体动物包括人的免疫反应的方法。

摘要： 提供来自新型的基因型1b的HCV的、自主复制能力优异的亚基因组复制子RNA(核酸)、以及自主复制能力和感染性HCV颗粒产生能力优异的全基因组复制子RNA(核酸)。特别是，提供来自从急性重症丙型肝炎患者体内分离的新型的基因型1b的HCV即NC1株的HCV基因组的亚基因组复制子RNA(核酸)和全基因组复制子RNA(核酸)。

摘要： 本发明提供有效复制含全长HCV基因组序列的RNA的方法和使用细胞培养系统生产含全长HCV复制子RNA或全长HCV基因组RNA的HCV病毒颗粒的方法。此外，本发明涉及生产丙型肝炎病毒颗粒的方法，其包括培养其中导入复制子RNA的细胞，并在培养基中产生病毒颗粒，其中所述复制子RNA包含的核苷酸序列含有基因型2a丙型肝炎病毒的全长基因组RNA序列、至少一种选择标记基因和/或至少一种报告基因以及至少一种IRES序列，或含有基因型2a丙型肝炎病毒的全长基因组RNA。再进一步，本发明还涉及丙型肝炎疫苗和抗丙型肝炎病毒颗粒的抗体。

摘要： 本发明涉及能够表达两个或多个同源外源序列的重组痘病毒载体，其中外源序列来源于微生物的不同变种，之间具有50%或更高的同源性。本发明进一步涉及制备这种重组痘病毒的方法以及这种重组痘病毒作为药物或疫苗的应用。此外，本发明还提供一种影响优选为诱导活体动物包括人的免疫反应的方法。

摘要： 本发明涉及能够表达两个或多个同源外源序列的重组痘病毒载体，其中外源序列来源于微生物的不同变种，之间具有50%或更高的同源性。本发明进一步涉及制备这种重组痘病毒的方法以及这种重组痘病毒作为药物或疫苗的应用。此外，本发明还提供一种影响优选为诱导活体动物包括人的免疫反应的方法。

摘要： 本发明涉及能够表达两个或多个同源外源序列的重组痘病毒载体，其中外源序列来源于微生物的不同变种，之间具有50％或更高的同源性。本发明进一步涉及制备这种重组痘病毒的方法以及这种重组痘病毒作为药物或疫苗的应用。此外，本发明还提供一种影响优选为诱导活体动物包括人的免疫反应的方法。

摘要： 本发明涉及能够表达两个或多个同源外源序列的重组痘病毒载体，其中外源序列来源于微生物的不同变种，之间具有50％或更高的同源性。本发明进一步涉及制备这种重组痘病毒的方法以及这种重组痘病毒作为药物或疫苗的应用。此外，本发明还提供一种影响优选为诱导活体动物包括人的免疫反应的方法。

摘要： 本发明涉及一种引物，尤其是涉及一种病毒基因组引物及运用其检测病毒基因组的方法。一种病毒基因组引物，包括如SEQ ID NO:1‑SEQ ID NO:8所示的八条核苷酸序列。采用了本发明所述的病毒基因组的引物，克服了现有技术中采用传统随机引物RP检测灵敏度低的缺点，通过分析NCBI病毒库中所有参考病毒基因组序列，筛选出能够广泛识别参考病毒基因组的寡核苷酸序列，并在该序列的基础上建立了一种病毒基因组检测技术，既满足广泛识别病毒基因组的最基本的需要，又达到提高检测病毒基因组的灵敏度的更高目标。

摘要： 本发明提供了一种适用于矮缩病毒科和双生病毒科病毒基因组拼接的转录组测序方法。该方法包括感染DNA病毒样品的转录组测序，病毒序列的比对和拼接，病毒基因组序列空白区域填补等三个步骤。本发明的方法不仅可以获得香蕉束顶病毒的全基因组序列，还可以通过该方法拼接其他矮缩病毒或双生病毒全基因组，从而获得病毒全基因组序列。本发明在国内外首次报道了利用转录组高通量测序拼接DNA病毒基因组的方法，填补了国内外该领域的空白。本发明还可以应用于DNA病毒鉴定和检测。