准种
准种的相关文献在1986年到2022年内共计207篇,主要集中在内科学、基础医学、临床医学
等领域,其中期刊论文151篇、会议论文6篇、专利文献50篇;相关期刊82种,包括中国病毒学、中华实验和临床病毒学杂志、中华微生物学和免疫学杂志等;
相关会议3种,包括内蒙古医学会感染病学分会第六届一次学术交流会、上海市畜牧兽医学会2011年学术年会、中华医学会第十一次全国病毒性肝炎及肝病学术会议等;准种的相关文献由582位作者贡献,包括成军、董菁、王宇明等。
准种
-研究学者
- 成军
- 董菁
- 王宇明
- 施双双
- 王勤环
- 斯崇文
- 王刚
- 李莉
- 皇甫竞坤
- 洪源
- 谭德明
- 孟庆华
- 兰林
- 魏来
- 侯周华
- 刘妍
- 夏小兵
- 张云
- 张华
- 许可
- 许红梅
- 邓国宏
- 邓小昭
- 陈嵩
- 陈红松
- 黄广宇
- 丁伟良
- 任红
- 刘霖
- 吴月平
- 吴轶群
- 周吉军
- 唐小平
- 喻康
- 孙媛元
- 张欣欣
- 李俊刚
- 李超伦
- 毕胜利
- 温志立
- 王凤
- 王宇
- 王齐欣
- 蒋栋
- 钱可平
- 陶宝鑫
- 高燕
- 黄燕萍
- 丛旭
- 于德敏
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钟抒苡;
刘寿荣
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摘要:
乙型肝炎病毒(HBV)感染仍然是世界范围内的一个主要健康问题,可引起慢性乙型肝炎(CHB)和进行性肝纤维化等肝病,并可能导致肝硬化和肝细胞癌,是慢性肝炎、肝硬化和肝细胞癌的主要原因。虽然抗病毒治疗的目标是长期抑制血清HBV DNA,但任何抗病毒治疗的最大问题是耐药性的选择和潜在的交叉耐药性。准种概念的提出,使我们对抗病毒治疗有了一个全新的方向。这对于慢性乙型肝炎患者的长期治疗和患者管理尤为重要。本文就抗病毒治疗后HBV准种动态变化及不同感染下的演变过程作一综述。
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李任;
余艳芬;
李春林;
黎运;
邱晓颖;
李湖
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摘要:
目的 了解HBV相关慢加急性肝衰竭(HBV-ACLF)患者的病毒S基因准种变异特征,探讨HBV-ACLF可能的发生机制.方法 将2016年1月至2018年10月高州市人民医院收治的HBV-ACLF患者和慢性乙型肝炎(CHB)患者纳入研究,收集患者基本资料以及治疗前血清样本.提取HBV DNA,巢式PCR法扩增HBVS基因,参照相应基因型标准序列,分析两组患者的HBVS基因的准种异质性差异,包括信息熵(Sn)、平均遗传距离(d*)、同义替换率(dS)、非同义替换率(dN)指标.结果 成功扩增HBV S基因的患者共99例,其中HBV-ACLF患者56例,CHB患者43例.HBV S基因准种异质性分析显示,HBV-ACLF组的Sn(核苷酸、氨基酸)、dS、dN 分别为(0.716±0.181)nt、(0.598±0.218)AA、8.259±2.607和7.103±3.081,均高于CHB组,差异均有统计学意义(t=2.579、2.546、8.232和5.297,P均<0.05).S基因MHR区准种变异性分析结果显示,HBV-ACLF组的Sn(核苷酸、氨基酸)、d*(核苷酸、氨基酸)、dS、dN 分别为(0.756±0.184)nt、(0.613±0.229)AA、(7.137±3.074)nt、(8.280±3.194)AA、9.091±2.720和7.429±2.860,明显高于CHB 组,差异均有统计学意义(t=5.332,、5.020、3.599、5.772、4.093和3.857,P均<0.01).结论 HBV-ACLF患者更易发生S基因变异,尤其是MHR区变异,可能与HBV-ACLF产生相关.
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鲁俊锋;
李金娥;
柳雅立;
金怡;
马丽娜;
胡中杰;
陈新月
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摘要:
目的 探讨HBeAg阳性慢性乙型肝炎(eP-CHB)HBV前C/BCP突变/准种及其与HBeAg、HBV DNA水平的关系.方法 采用断面研究对2016年1月至2018年12月就诊于首都医科大学附属北京佑安医院的220例eP-CHB患者进行前C/BCP突变检测,其中24例患者进行前C/BCP区扩增、克隆,同步检测血清HBeAg和HBV DNA水平,分析前C/BCP突变/准种的发生情况及其与HBeAg和HBV DNA水平的关系.结果 220例eP-CHB患者中,HBV前C/BCP总突变率为70.0%(154/220),前C/BCP共同突变率为18.2%(40/220),前C突变率为30.9%(68/220),BCP突变率为57.3%(126/220).HBV DNA≥5 lgIU/ml患者上述4种突变检出率均高于HBV DNA1000 COI共3组患者比较),以上4种突变检出率越高,差异有统计学意义(χ2=31.738、17.291、16.263、22.164,P均<0.001).HBV DNA≥5 lgIU/ml患者中,HBeAg水平越低,以上4种突变检出率越高,差异亦均有统计学意义(χ2=40.503、19.654、16.727、29.119,P<0.001).准种检测中,前C区高突变组患者HBeAg水平低于低突变组,差异有统计学意义(t=2.230、P=0.017),前C、BCP高突变组与低突变组间HBV DNA水平差异无统计学意义(t=0.624、P=0.462,t=0.893、P=0.317).结论 eP-CHB患者中仍存在广泛的前C/BCP突变.高HBV DNA、低HBeAg表达者,前C和BCP突变的发生率较高;前C区突变株在准种中比率高者更影响HBeAg的表达.推测前C/BCP突变可能是eP-CHB出现低HBeAg、高HBV DNA,并导致抗病毒治疗停药后易复发的原因.
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卓丽;
许敏;
邓浩辉
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摘要:
目的 观察应用阿舒瑞韦(ASV)联合达拉他韦(DCV)治疗慢性丙型肝炎(CHC)或代偿期丙型肝炎肝硬化患者的初步疗效,并分析复发患者丙型肝炎病毒(HCV)耐药变异和准种变化特征.方法 27例CHC和13例丙型肝炎肝硬化患者接受ASV联合DCV治疗24周,随访12周.纳入患者均为HCV 1b基因型感染.结果 在随访结束时,38例(95.0%)获得持续病毒学应答(SVR),2例治疗失败的患者基线均存在NS5A抑制剂相关的耐药变异;在治疗过程中有7例(17.5%)患者出现血清谷丙转氨酶或尿酸升高和血小板或血红蛋白下降;1例治疗失败的患者基线和复发时均存L31V+Y93H NS5A抑制剂相关的耐药变异,但复发时血清耐药株的比例显著高于基线时(100.0%+100.0%对2.1%+56.2%),复发血清HCV各基因片段准种复杂度(Sn为0.91±0.02对0.40±0.07,t=19.127,P<0.001)和多样性(d为17.70±6.63对1.65±0.36,t=6.75,P<0.001;dN为3.55±2.18对1.37±0.41,t=2.801,P=0.026;dS为48.11±10.06对2.06±0.90,t=13.598,P<0.001)均显著低于基线血清,Tajima中性检验提示复发时血清HCV各基因片段的D值显著低于基线血清(1.84±1.20对-2.30±0.18,t=10.352,P<0.001).结论 ASV联合DCV治疗HCV 1b基因型感染的CHC和丙型肝炎肝硬化患者具有良好的近期疗效和安全性,存在NS5A抑制剂相关耐药变异者可能导致治疗失败.
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黄丹;
吴璟莉
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摘要:
求解病毒准种单体型有助于了解其基因结构特点,对疫苗的研制及抗病毒治疗具有重要意义.文中通过引入模糊距离,构造一种带权的片段冲突图,并提出了基于彩色编码技术的病毒准种单体型重建算法CWSS.CWSS算法先根据给定阈值对片段冲突图进行预处理;然后根据顶点的边权和及饱和度取值为图中顶点着色,着色遵循相邻顶点颜色相异的原则,直至所有顶点完成着色;最后将相同颜色的顶点片段进行组装,得到准种单体型.CWSS算法的时间复杂度为O(m2 n+mn).采用模拟测序片段数据进行实验测试,对CWSS算法和Dsatur算法的重建性能和质量进行对比分析.实验结果显示,相比于Dsatur算法,CWSS算法能获得更准确的准种单体型,具有更高的重建性能.
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李杰;
王杰;
庄辉;
肖义炜
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摘要:
【据《Gut》2019年8月报道】题:HBV"a"决定簇准种特征是预测母婴传播免疫阻断失败风险的潜在指标-前瞻性巢式病例对照队列研究(作者Xiao Y等)随着乙型肝炎疫苗联合乙型肝炎免疫球蛋白的应用,HBV母婴传播已大为减少。但迄今母婴传播仍然是HBV新发感染的主要来源,目前全球约1/3慢性HBV感染源于母婴传播。尤其在HBV中高流行地区,育龄期女性HBsAg携带率较高,HBV母婴传播的风险增加。如我国育龄期女性中HBsAg流行率仍较高(6.0%~8.0%),40%~50%的新发HBV感染仍来源于HBV母婴传播。
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黄腾达;
周文亭;
曹经瑗;
毕胜利
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摘要:
目的 分析3株甲肝病毒(hepatitis A virus,HAV)流行株全基因组和准种序列特征.方法 收集某地3例急性期甲肝患者血清标本,经病毒核酸提取、逆转录、分段巢式PCR,获得HAV近全长序列,并对全长VP1-2 A区进行克隆测序.结果 VP1-2 A连接区分型结果表明3株HAV均属于IA亚型,3株序列在此区核苷酸和氨基酸同源性为100%;全基因组核苷酸和氨基酸同源性分别为99.9% ~ 100%和100%,与GenBank中日本AH2株同源性最高(核苷酸、氨基酸同源性为98.5%和99.7%);在已发表的抗原中和位点处未出现氨基酸变异.每株流行株全长VP1-2 A区克隆序列内、以及所有克隆序列间,核苷酸和氨基酸同源性分别为99.0% ~ 100%、98.1%~100%和99.0%~100%、97.2% ~ 100%,VP1-2 A连接区的核苷酸和氨基酸变异率高于部分VP1区.结论 3株流行株VP1-2 A连接区分型序列一致,全长基因组及准种序列间核苷酸、氨基酸序列同源性较高,推测可能为同源感染.本研究为甲肝病毒在传播过程中的遗传变异特点及溯源调查提供参考依据.%Objective To analyze the genetic characteristics of whole-genome and quasispecies sequences from three hepatitis A virus (HAV) strains in China.Methods Serum samples from acute hepatitis A patients were collected and viral RNA extraction,transcription,nested PCR,sequencing and assembling were performed to gain near full-length sequences;cloning-based sequencing of the full-length VP1-2 A region was also performed.Results Genotyping showed that the nucleotide and amino acid identities among three strains on VP1-2 A junction region were both 100% and all belonged to subgenotype IA;the nucleotide and amino acid identities on whole-genome region were 99.9%-100% and 100% respectively,and shared the highest identities with AH2 strain from GenBank of 98.5% in nucleotide and 99.7% in amino acid level;no amino acid variation was found among published neutralizing antigenic sites.Within cloning sequences from each strain,the nucleotide and amino acid identities were 99.0%-100% and 98.1%-100%,while among all cloning sequences were 99.0%-100% and 97.2%-100%.The variation rate of nucleotide and amino acid in VP1-2 A junction region were both higher than that of partial VP1 region.Conclusions Sequences among three strains in VP1-2 A region were identical,the nucleotide and amino acid identities in both whole-genome region and among quasispecies sequences were relatively high to deduce that they were from the same outbreak.This study provides new insight for identification of HAV transmissions and tracing investigations.
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任玉莲;
宋修光
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摘要:
由于乙型肝炎病毒(HBV)的逆转录酶缺乏校正活性,在病毒复制过程中产生大量核苷酸错配,故HBV在宿主体内表现为大量在遗传学上高度相关而又有差别的病毒群体,这一群体称为准种,宿主体内的病毒准种在宿主免疫压力和药物的选择压力下不断发生动态变化,因此HBV准种变化在慢性乙型肝炎的抗病毒治疗、耐药检测以及预后等方面均有重要作用.本文对HBV准种变化与慢性乙型肝炎进展的关系作一综述.%HBV reverse transcriptase lacks proof-reading capacity, which lead to mutation and genetic variation during replication. Consequently, HBV circulates in vivo as a viral population with a spectrum of genetically distinct but closely related variants, known as quasispecies. The quasispecies have dynamic change on immune pressure and antiviral treatment, and play an important roal on the antiviral treatment, drug resistance and outcome of chronic hepatitis B. This paper reviews about the quasispeices change on the progress of chronic hepatits B.
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刘斐;
刘寿荣;
傅晓晴;
郭晓凤;
刘春涛;
武瑞;
李春青
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摘要:
目的 探讨恩替卡韦(ETV)初治应答不佳的慢性乙型病毒性肝炎(CHB)患者体内乙型肝炎病毒逆转录区(HBV RT)准种动态变化规律及其临床意义.方法 收集5例2014年11月~2017年12月期间在我院住院及门诊应用ETV初始治疗(0.5 mg/d)应答不佳的患者资料,留取各患者治疗过程中基线、4周、12周、24周、36周和48周血清标本冻存于-70°C备用,并检查生化指标、血清学指标、HBV DNA水平等.提取HBV DNA,PCR法扩增HBV RT区,HBV-DNA≥1E+04 IU/mL的模板直接扩增,HBV DNA<1E+04 IU/mL的模板,应用巢式PCR扩增.回收目的片段并进行T-A克隆,每个标本挑取20~30个克隆,取鉴定为阳性的克隆测序,采用ClustalX 1.81软件和NCBI BLAST工具,将HBV序列进行比对,分析其氨基酸替换形式及准种分布情况.结果 本实验5例ETV应答不佳患者治疗过程中共检出7种病毒株变异形式,分别是rtM204I、rtM204IV、rtT184L、rtM204V+rtL180、rtM204I+rtL180M、rtM204I+rtL180M+rtT184L、rtM204V+rtL180M+rtT184L.各种病毒株所占比例在不断发生变化,抗病毒之前野生株是绝对优势株,出现病毒学突破时,耐药突变株成为种群中优势株.结论 在ETV抗病毒药物压力下,CHB患者HBV RT区准种分布处于动态变化中,准种变化与ETV抗病毒药物敏感性以及耐药性密切相关.rtM204I/V+rtL180M+rtT184L是与ETV耐药相关的主要变异模式.
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欧阳雅博;
孔德生;
王彦;
王琛;
李臻鹏;
焦洋;
殷倩倩;
陈德喜;
马丽英
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摘要:
Objective To investigate quasispecies characteristics of HIV-1 gp120 from AIDS patients with different treatment outcomes.Methods Plasma samples of AIDS patients received AZT+NVP+3TC regimens were retrospectively collected,including 12 virologic suppression (VS) patients and 12 treatment failure (TF) patients.HIV-1 gp120 quasispecies sequences by single genome amplification (SGA) methods were collected to study the characteristics and differences of quasispecies diversity,dS and dN,amino acid length,numbers of potential N-linked glycosylation sites (PNGS) and signature pattern between the two groups.Results A total of 365 gpl20 sequences were obtained,including 168 sequences (6-20) in VS group and 197 sequences (7-28) in TF groups.A higher diversity was noted for the variants in TF group than that VS group (P =0.003).Median dS and dN were higher in TF group (P =0.017,P =0.002).A longer viral peptide in TF group was found (P =0.001).Nine genetic signatures of gp 120 were identified in TF patients,and most of them belonged to V1/V2 region (6/9,66.6%).Conclusions Quasispecies genetic characteristics are found between the two groups with different treatment outcome before antiviral therapy,which exhibit high quasispecies diversity in TF-derived strains.%目的 探讨HIV-1 gp120准种在不同治疗效果的艾滋病患者抗病毒治疗前的特征差异.方法 回顾性收集治疗方案为AZT+NVP+3TC的艾滋病患者在抗病毒治疗前的血浆样本,包括病毒抑制(VS)组12例,治疗失败(TF)组12例.采用单基因组扩增技术获得gp120准种序列,分析比较遗传多样性、氨基酸长度、潜在糖基化位点及特征性氨基酸的特点.结果 本研究共获得gpl20序列365条序列,其中VS组168条(6-20条),TF组197条(7-28条).TF组的gp120准种复杂度高于VS组,差异有统计学意义(P=0.003);TF组的gp120准种dS及dN中位数均高于VS组(P=0.017;P=0.002).TF组HIV-1准种gpl20氨基酸长度长于VS组(P=0.00l).TF与VS组的gpl20准种相比共有9个氨基酸位点存在明显差异,多数分布在V1/V2区(6/9,66.6%).结论 不同治疗效果的艾滋病患者治疗前的HIV-1 gp120准种基因特征存在差异,TF组患者来源的HIV-1准种遗传多样性更高.
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张西营;
朱瑞良;
朱于敏;
董世娟;
于瑞嵩;
沈世缘;
王振勇;
李震
- 《上海市畜牧兽医学会2011年学术年会》
| 2011年
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摘要:
戊型肝炎病毒(HEV)属于肝炎病毒科肝炎病毒属,基因组含3个阅读框。第1阅读框编码RNA依赖的RNA聚合酶、甲基转移酶等,第2阅读框编码病毒外壳蛋白,第3阅读框与第2阅读框相重叠,编码与病毒释放有关的蛋白。越来越多的证据表明,戊型肝炎(HE)是一种人兽共患病,猪是HEV最主要的动物贮存宿主。为研究猪戊肝病毒准种存在情况,采用逆转录-巢式聚合酶链反应法(RT-nested-PCR)对四株猪戊肝病毒(Hepatitis E virus)第2开放阅读框(ORF2)部分序列进行PCR扩增,将产物克隆后,每个毒株分别随机挑取20个阳性克隆测序,进行DNA序列分析。结果显示4株HEV不同克隆间的ORF2核苷酸序列同源性分别为96.8%~99.7%,98.8%~99.7%,98.8%~99.7%和100%,有变异的克隆株核苷酸序列与上海株(SAAS-JDY5) 同源性为96.8%~100%。由此证实了感染戊肝病毒的猪个体内有HEV准种的存在。
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许红梅;
任红;
彭明利;
凌宁;
卿玉玲
- 《中华医学会第十一次全国病毒性肝炎及肝病学术会议》
| 2002年
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摘要:
HBV感染有明显慢性化现象,一般认为其主要原因是母婴传播致使特异性免疫耐受或免疫低下.近年来有研究显示感染慢性化可能与HBV准种有关,因为机体清除准种较清除单一的、无变异的病毒困难得多.PreS/S编码的五种外膜蛋白在病毒的生命周期中有十分重要的作用,具有附着和侵入细胞、促使病毒的装配和分泌、阻断宿主的免疫应答使感染持续等功能,另一方面该段基因又携带有B-淋巴细胞和T-淋马细胞表位.对该序列准种的研究对了解HBV准种及其意义至关重要.本实验拟对经母婴传播获得HBV感染儿童及其母亲体内HBV PreS/S基因序列准种以及变异特点进行研究,以明确机体内HBV是否存在准种以及在不同年龄期、不同程度病毒血症病人体内HBV准种特点.
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唐小平;
袁小珍;
钱可平;
Johnson YN Lau
- 《中华医学会第十一次全国病毒性肝炎及肝病学术会议》
| 2002年
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摘要:
HCV是一种RNA病毒,需要RNA依赖的RNA多聚酶进行复制.由于RNA复制酶对复制的RNA产物缺乏校正功能,致RNA产物常出现高频率的核苷酸替换,产生变异性复制体,因此在同一丙型肝炎患者体内存在具有不同核苷酸序列的多种HCV毒株.这种由一种母序列和来自该序列的大量相关突变体所组成的病毒基因组被称为"准种"(Quasispecies).关于准种的临床意义,近年来国外进行了大量的研究,但国内报道极少.我们已报告HCV准种多样性与丙型肝炎慢性化、疾病进展及基因型有关.本文进一步对慢性丙型肝炎中HCV准种数量与病毒血症水平、疾病活动度及干扰素治疗的关系进行研究.
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