mtDNA D-loop

摘要： 【目的】为了确定争议小牛的生物学母亲,利用mtDNA(mitochondrial DNA)和短串联重复序列(STR,short tandem repeats)技术对送测牛样本进行亲子鉴定。【方法】以送测牛外周血液样本为研究材料,利用PCR扩增、胶回收测序、Sry雄性特异性基因扩增、STR微卫星标记分型等方法对送测样品雌雄个体检测、母系来源检测。【结果】①牛B mtDNA D-loop区的47个位点与牛C突变方式完全一致,证明来源于同一母系个体。②Sry雄性特异性基因检测,牛C可见Sry雄性特异性基因条带。证明牛A、牛B为雌性个体,牛C为雄性个体,与送检样品标注相符。③牛B与牛C的13个STR位点基因型全部符合孟德尔遗传规律,牛A与牛C的13个STR位点基因型中有7个位点不符合孟德尔遗传规律。【结论】根据mtDNA D-loop基因分型结果,确定牛B与牛C具有母系血缘关系;根据DNA遗传标记分型结果确定牛B是牛C的生物学母亲。

摘要： [目的]阐明腾冲雪鸡群体遗传背景信息.[方法]采用PCR产物直接测序技术对144只腾冲雪鸡样品的mtDNA D-loop区序列变异进行检测,在此基础上结合已发表的云南其他地方鸡数据进行群体遗传学分析.[结果]在所检测的腾冲雪鸡序列中,碱基T、C、A和G平均含量分别为30.2％、29.8％、27.3％和12.6％,序列A+T平均含量为57.6％;共检测到33个核苷酸多态位点,占检测核苷酸位点总数的6.35％,其中4个为单一信息位点,29个为简约信息位点,数据突变形式主要为转换.在该群体中共发现21种单倍型,单倍型多样度(H)为0.890±0.011,核苷酸多样度(r值)为0.01641±0.00028,序列间平均核苷酸差异数和整个群体平均遗传多样性分别为8.534和0.017±0.004.系统发育分析显示:腾冲雪鸡包含A、B、E、F和G5个母系世系,各世系所占的比例分别为25.00％、20.83％、15.28％、30.56％和8.33％.[结论]揭示腾冲雪鸡遗传多样性丰富,在世系组成比例上有别于云南其他地方鸡,且与它们有一定遗传分化.

摘要： 该研究旨在探究西林水牛和富钟水牛mtDNA的遗传多样性和母系起源.采用PCR扩增、测序及生物信息学方法,测定了 60头西林水牛和富钟水牛的mtDNA D-loop序列.结合GenBank数据库已公布的25条西林水牛和富钟水牛的mtDNA D-loop序列联合进行多态性分析,共检测到60个多态位点,定义了 38种mtDNA单倍型.西林水牛和富钟水牛的单倍型多样度分别为0.909±0.028和0.913±0.035,核苷酸多样度分别为0.019±0.004和0.013±0.005,这一结果表明西林水牛和富钟水牛具有丰富的遗传多样性.NJ系统发育树显示,西林水牛和富钟水牛均属于沼泽型水牛,且有A支系和B支系两个母系起源.

摘要： 为阐明一个大约克猪群体的遗传多样性,本实验用Chelex-100方法从来自四川省凉山州的30头大约克猪乳中提取基因组DNA,并用PCR方法扩增mtDNA D-loop区部分序列.结果 显示,通过优化PCR循环数等参数,可以扩增出乳源基因组DNA的mtDNA D-loop区,产物可直接测序,获得364 bp的序列.30个大约克猪mtDNA D-loop区单倍型多样度(Hd)为0.618;核苷酸多样度(Pi)为0.00860,显示了较丰富的遗传多样性;检测到11个多态位点,界定了7种单倍型,其中具有Hap3单倍型的个体比例占50％以上.结果 表明,乳源基因组DNA可用于mtDNA D-loop区的PCR扩增及直接测序,试验大约克猪母系遗传多样性较高.

摘要： [目的]了解河南省绵羊品种河南大尾羊、小尾寒羊和豫西脂尾羊遗传资源现状和群体遗传关系.[方法]对河南大尾羊、小尾寒羊和豫西脂尾羊线粒体DNA D-loop区全序列遗传多态性和遗传分化进行分析.[结果]本研究共发现50个单倍型,其中小尾寒羊共定义23个单倍型,单倍型多样度为0.975,核苷酸多样度为0.0230;豫西脂尾羊共定义25个单倍型,单倍型多样度为0.936,核苷酸多样度为0.0129;河南大尾羊定义2个单倍型,单倍型多样度为0.667,核苷酸多样度为0.0270,说明小尾寒羊和豫西脂尾羊D-loop序列遗传多样性丰富.系统发育树将3个绵羊品种聚为三大支(lineage A ～C),3个品种在3个分支中均有分布.遗传距离分析表明小尾寒羊和豫西脂尾羊遗传距离最远(0.0303),河南大尾羊和小尾寒羊间遗传距离最近(0.0260).中性检验表明小尾寒羊和豫西脂尾羊群体保持稳定,河南大尾羊群体近期经历瓶颈效应.Network图结果表明河南省绵羊存在3个母系起源.[结论]河南省3个绵羊品种遗传多样性较为丰富,各品种间达到亚种间遗传距离,小尾寒羊和豫西脂尾羊间遗传关系最远,与河南大尾羊遗传关系最近.河南省绵羊存在3个母系起源.本研究结果对河南省绵羊的遗传关系和群体历史以及遗传资源的保护和开发提供理论依据.

摘要： [目的]探究郏县红牛的mtDNA D-loop遗传多样性与母系起源.[方法]采用生物信息学方法.[结果]在46头郏县红牛mtDNA D-loop区全序列共检测到60个变异位点,定义20种mtDNA D-loop单倍型,平均单倍型多样度(Hd)为0.8530,平均核苷酸多样度(Pi)为0.0254,表明郏县红牛有丰富的母系遗传多样性.构建的IQ系统发育树表明郏县红牛具有瘤牛和普通牛两个母系支系.[结论]郏县红牛具有丰富的母系遗传多样性,有普通牛和瘤牛两个母系起源.

摘要： 利用线粒体DNA D-loop高变区为标记,研究云南六个小型猪之间的亲缘关系,以期从分子水平揭示它们的遗传多样性及其分布规律,为其遗传资源的保护及开发利用提供参考.采集滇南小耳猪(版纳、盈江、金平、芒市)、迪庆藏猪、明光小耳猪的耳组织,进行DNA提取及扩增、测序、拼接,并利用MEGA软件构建系统树,分析云南六个小型猪之间的亲缘关系.结果 表明六个小型猪群中,版纳小耳猪(BN)与迪庆藏猪(DQ)遗传距离最远;版纳小耳猪(BN)、盈江小耳猪(YJ)、金平小耳猪(JP)与芒市小耳猪(MS)聚为一类,其中,盈江小耳猪(YJ)与芒市小耳猪(MS)聚为一小类,版纳小耳猪(BN)与金平小耳猪(JP)聚为一小类;明光小耳猪(MG)与迪庆藏猪(TP)聚为一类.研究证明云南六个小型猪群体遗传距离的大小与其相对地理距离的远近、生活环境及猪种类型吻合.

摘要： 为明确喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛遗传多样性水平、遗传分化和系统进化地位,本研究选择mtDNAD-loop区序列作为分子标记,采用PCR直接测序和生物信息学方法分析喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛mtDNA D-loop区序列特征和遗传多样性,利用GenBank中牦牛序列,采用最大似然法构建系统发育树和中介网络关系.结果 显示,喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛mtDNA D-loop序列富含A、T碱基,AT含量为61.2％,存在63个多态位点,占核苷酸总数的7.04％,平均单倍型多样性(Hd)为0.806,平均核苷酸多样性(π)为0.01528,平均核苷酸差异数(K)为13.509,表明喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛遗传多样性丰富;系统发育分析显示,中国境内牦牛形成两大分支,细分为6个小进化支,存在两个母系起源,表明喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛拥有两个不同的母系起源;中介网络关系分析显示,喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛与其他品种牦牛单倍型共享较少,在分支C中喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛群体所占比例较大,且与野牦牛共享.喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛群体具有较独特的遗传背景,推测可能是从早期野牦牛驯化而来.建议加大该区域牦牛品种的认定和品种标准的制定,加强对该区域牦牛遗传资源的保护;根据群体现状,引入野血牦牛进行提纯复壮,防止品种退化和遗传多样性降低;减少外来牦牛品种的引进而无序杂交,以确保优质牦牛品种资源的本品种特性.

摘要： 西南地区气候温和，雨量充沛，山区和丘陵面积大，历史上由于交通闭塞，形成了具有浓郁地方特色的山羊品种，但这些山羊品种起源关系至今还不明确。

摘要： 西南地区气候温和，雨量充沛，山区和丘陵面积大，历史上由于交通闭塞，形成了具有浓郁地方特色的山羊品种，但这些山羊品种起源关系至今还不明确。

摘要： 西南地区气候温和，雨量充沛，山区和丘陵面积大，历史上由于交通闭塞，形成了具有浓郁地方特色的山羊品种，但这些山羊品种起源关系至今还不明确。

摘要： 西南地区气候温和，雨量充沛，山区和丘陵面积大，历史上由于交通闭塞，形成了具有浓郁地方特色的山羊品种，但这些山羊品种起源关系至今还不明确。

摘要： 西南地区气候温和，雨量充沛，山区和丘陵面积大，历史上由于交通闭塞，形成了具有浓郁地方特色的山羊品种，但这些山羊品种起源关系至今还不明确。

摘要： 目的：研究封闭群滇南小耳猪与广西巴马小型猪线粒体DNA(mtDNA)的多态性,探索小型猪遗传监测的方法。rn 方法：用18种限制性内切酶对23头滇南小耳猪和21头广西巴马小型猪mtDNA D-loop的PCR产物进行RFLP分析。rn 结果：滇南小耳猪和广西巴马小型猪的mtDNA D-loop在品种内和品种间均表现出相同的酶切图谱,未见多态性。rn 结论：滇南小耳猪与广西巴马小型猪mtDNA的遗传多样性贫乏,mtDNA PCR-RFLP技术在其遗传监测中不具应用价值。

摘要： 目的：研究封闭群滇南小耳猪与广西巴马小型猪线粒体DNA(mtDNA)的多态性,探索小型猪遗传监测的方法。rn 方法：用18种限制性内切酶对23头滇南小耳猪和21头广西巴马小型猪mtDNA D-loop的PCR产物进行RFLP分析。rn 结果：滇南小耳猪和广西巴马小型猪的mtDNA D-loop在品种内和品种间均表现出相同的酶切图谱,未见多态性。rn 结论：滇南小耳猪与广西巴马小型猪mtDNA的遗传多样性贫乏,mtDNA PCR-RFLP技术在其遗传监测中不具应用价值。

摘要： 目的：研究封闭群滇南小耳猪与广西巴马小型猪线粒体DNA(mtDNA)的多态性,探索小型猪遗传监测的方法。rn 方法：用18种限制性内切酶对23头滇南小耳猪和21头广西巴马小型猪mtDNA D-loop的PCR产物进行RFLP分析。rn 结果：滇南小耳猪和广西巴马小型猪的mtDNA D-loop在品种内和品种间均表现出相同的酶切图谱,未见多态性。rn 结论：滇南小耳猪与广西巴马小型猪mtDNA的遗传多样性贫乏,mtDNA PCR-RFLP技术在其遗传监测中不具应用价值。

摘要： 目的：研究封闭群滇南小耳猪与广西巴马小型猪线粒体DNA(mtDNA)的多态性,探索小型猪遗传监测的方法。rn 方法：用18种限制性内切酶对23头滇南小耳猪和21头广西巴马小型猪mtDNA D-loop的PCR产物进行RFLP分析。rn 结果：滇南小耳猪和广西巴马小型猪的mtDNA D-loop在品种内和品种间均表现出相同的酶切图谱,未见多态性。rn 结论：滇南小耳猪与广西巴马小型猪mtDNA的遗传多样性贫乏,mtDNA PCR-RFLP技术在其遗传监测中不具应用价值。

摘要： 目的：研究封闭群滇南小耳猪与广西巴马小型猪线粒体DNA(mtDNA)的多态性,探索小型猪遗传监测的方法。rn 方法：用18种限制性内切酶对23头滇南小耳猪和21头广西巴马小型猪mtDNA D-loop的PCR产物进行RFLP分析。rn 结果：滇南小耳猪和广西巴马小型猪的mtDNA D-loop在品种内和品种间均表现出相同的酶切图谱,未见多态性。rn 结论：滇南小耳猪与广西巴马小型猪mtDNA的遗传多样性贫乏,mtDNA PCR-RFLP技术在其遗传监测中不具应用价值。