同源基因

摘要： 大多数感音神经性聋与基因突变相关(Morton等,2006),基因靶向治疗似乎是一种更精确的治疗方式。CrispR/cas9系统已经超越锌指或TALLEN成为基因编辑首选[1],但是会切除引导RNA配对的双链基因序列,剪切产生的双链DNA粘性断端诱导被编辑的细胞启动基因修复程序来修补这一缺损。然而诸如非同源断端连接或者同源基因引导修复均不能完美地将单碱基突变序列修复为野生型序列[2-5]。

摘要： WOX基因家族是植物特有的转录因子,参与调节植物的生长与发育,WUSCHEL(WUS)是该家族中与作物产量相关的基因。研究通过对普通油茶(Camellia oleifera)基因组、转录组数据的挖掘,鉴别出18个WOX基因,其中,CoWUS来自油茶基因组三代测序数据。CoWOX11A与CoWOX11B在种仁中高水平表达,可能对种仁发育具有重要作用;CoWUS在柱头中高水平表达,经与WOX基因家族的蛋白质序列进行比对分析并构建进化树,结果表明,CoWUS是WUS的同源基因,表明CoWUS可能参与油茶果实心皮数的调控,影响油茶的产量。

摘要： 拟南芥(Arabidopsis thaliana)CYP78A亚基因家族基因参与种子大小的遗传控制.对普通油茶(Camellia oleifera)转录组数据进行挖掘,从花蕾和根转录组数据中分别得到1条CYP78A10的同源基因,再从油茶基因组三代测序数据中鉴别出其基因组DNA序列,最后,得到2条油茶CYP78A10同源基因全长CDS序列,分别命名为CoCYP78A10a、CoCYP78A10b.用植物CYP78A亚基因家族基因的蛋白质序列构建进化树,结果表明,CoCYP78A10a、CoCYP78A10b与CYP78A10、GmCYP78A10在一个分支,可能参与油茶种子大小的调控.通过SSR位点信息分析,在CoCYP78A10a第1外显子5'端非翻译区、CoCYP78A10b的启动子区分别发现1个适宜进行SSR分子标记开发的多态性位点.

摘要： 转录因子是一类能够通过与基因特异性序列进行结合,从而调控基因转录与表达的蛋白质,对细胞的生物学活性具有重要的调节作用.RHR(Rel-homology region,RHR)转录因子家族属于IF(immunoglobulin fold)转录因子超家族最主要的成员,其成员含有保守的Rel结构域和IPT(immunoglobulin-like fold)结构域.作为古老的转录因子家族,RHR家族成员随着物种演化,通过基因的复制、突变和沉默,不断分化出新型同源基因的同时也伴随着基因的丢失.自然选择导致了各家族成员不同的进化速率,并且在一些功能结构域上展现出了特殊的进化机制.然而,目前有关RHR家族起源和分化的综述比较少见.本文综述了RHR家族各成员的分布、分类、功能及家族进化等方面的研究成果,以期为研究整个转录因子家族的演化机制和物种之间的进化关系提供参考和新的思路.

摘要： 拟南芥(Arabidopsis thaliana)CYP78A亚基因家族基因参与种子大小的遗传控制。对普通油茶(Camellia oleifera)转录组数据进行挖掘,从花蕾和根转录组数据中分别得到1条CYP78A10的同源基因,再从油茶基因组三代测序数据中鉴别出其基因组DNA序列,最后,得到2条油茶CYP78A10同源基因全长CDS序列,分别命名为CoCYP78A10a、CoCYP78A10b。用植物CYP78A亚基因家族基因的蛋白质序列构建进化树,结果表明,CoCYP78A10a、CoCYP78A10b与CYP78A10、GmCYP78A10在一个分支,可能参与油茶种子大小的调控。通过SSR位点信息分析,在CoCYP78A10a第1外显子5’端非翻译区、CoCYP78A10b的启动子区分别发现1个适宜进行SSR分子标记开发的多态性位点。

摘要： 拟南芥(Arabidopsis thaliana)AtEPFL2基因属于EPF/EPFL基因家族中的EPFL1/2/3亚家族,与种子数量有关。对普通油茶(Camellia oleifera)幼叶、未成熟种仁、花蕾、根的转录组数据进行挖掘,得到3条油茶EPFL2基因序列;从油茶基因组3代测序数据中鉴别出含有前述3条序列的基因组DNA序列;最后,得到3条油茶EPFL2基因全长CDS序列,分别命名为CoEPFL2a、CoEPFL2b、CoEPFL2c。用MEGA7构建EPFL1/2/3亚家族蛋白质系统进化树,结果表明:CoEPFL2a、CoEPFL2b、CoEPFL2c属于EPFL2分支,并且CoEPFL2a、CoEPFL2c与AtEPFL2在同一个亚分支。用SignalP-5.0预测蛋白信号肽与酶切位点,结果表明:AtEPFL2、CoEPFL2c含信号肽与酶切位点,CoEPFL2a、CoEPFL2b不含;CoEPFL2c可能与AtEPFL2具有同样的功能,即通过调节胚珠密度影响种子数量。

摘要： 本刊2021年第25期4799页张博等《Rho同源基因家族成员C在恶性肿瘤中的研究进展》一文因编校过程中沟通问题导致作者单位信息出现错误,作者单位信息“河南省人民医院脊柱脊髓外科,河南大学人民医院,河南郑州450003”应为“河南大学人民医院/河南省人民医院脊柱脊髓外科,河南郑州450003”。特此更正!

摘要： 本文采用同源克隆的方法从孝顺竹(Bambusa multiplex)中克隆到了ID1同源基因，并命名为BmID1。核苷酸序列分析表明：BmID1基因含有4个外显子和3个内含子。氨基酸序列显示：其具有ID-domain基因家族的基本特征，有一个假定的核定位信号和四个锌指单元C末端有一个保守的TRDFLG基序。Blastp比对结果显示：BmID1与多花黑麦草(Lolium multiflorum)中的ID1，日本晴（Oryza sativa）的OsID1，玉米(Zeamays)的ID1，同源性较高，在60-75%之间。RT-PCR结果表明：BmID1的表达不具备昼夜节律。因而推测其功能与OsID1相似。SDS-PAGE结果显示，以pET-28a载体可诱导出25KD的融合蛋白，以pET-GTT可诱导出45KD的融合蛋白。蛋白表达量受到温度和载体等条件影响。

摘要： 大岩桐是苦苣苔科的一种日中性植物,开花无需春化作用,从播种到开花仅需3-4个月。我们在以前的研究中发现赤霉素和细胞分裂素能协同促进离体培养的大岩桐花被直接再生花芽。由大岩桐的特性及花被再生花芽的特点来看,以大岩桐花被切块再生花系统研究GA在花芽分化中的分子机制,可简化环境因素的影响,便于开展单因子试验。SPINDLY(SPY)是赤霉素信号转导的负调控因子,同时又是细胞分裂素信号转导的正调控因子。为了进一步探讨SPY在大岩桐花芽分化中的作用,我们利用RACE方法克隆了大岩桐SPY的同源基因,并对其功能进行了初步研究。

摘要： 本论文通过同源克隆方法克隆了雷竹(Phyllostachys violascens)中FT的同源基因,获得了FT同源基因PvFT-2的编码区序列。基因组DNA序列与cDNA序列比对表明,该基因含4个外显子和3个内含子,该基因在第3外显子的3端发生了选择性剪接,产生了2个转录本L和S,L转录本包含整个第3外显子,长536bp,S转录本缺失第3外显子3端的21bp,长515bp,该基因的剪接模式为供体位点的选择。Blastp分析显示,该基因的氨基酸序列与Hd3a的同源性最高,且含有PEBP保守结构域。对其表达特性的分析表明,该基因仅在开花植株的花芽中高表达,而在开花植株的叶片及未开花植株的叶片中均为检测到表达,这一表达特性与参与雷竹花期转换的PvFT-1基因的表达特性截然不同,两者之间另一显著区别在于PvFT-1基因在开花植株叶片中的高表达出现在17:30,而此时,并未检测到PvFT-2基因的表达。暗示PvFT-1在开花决定过程中发挥作用,而PvFT-2在花发育过程中发挥作用。

摘要： 本文研究证明RPL32的两个同源基因承担不同的功能：RPL32同源基因分别在细胞处于不同生长状态表现出不同表达水平；敲除或过表达显示RPL32同源蛋白对细胞生长有不同的作用；细胞学分析显示RPL32-1抑制细胞分裂，RPL32-2促进细胞分裂；转录组学分析表明RPL32-1和RPL32-2对一系列参与不同细胞生理过程的基因转录具有相反的调控。

摘要： DREB2A基因在植物干旱和热胁迫响应过程中具有重要功能。通过比较基因组学的方法，从大白菜的基因组中鉴定出两个DREB2A的同源基因，并对这两个基因的结构特征、进化关系和顺式元件进行了分析。结果表明，这两个基因为拟南芥DREB2A的直系同源基因，而且含有可对多种激素和逆境响应的顺式元件。为进一步研究这两个基因在热胁迫和干旱胁迫响应中的功能奠定了基础。

摘要： @@授粉受精是植物完成生活周期的重要组成部分，高等植物的受精作为世代的一个转折点，由此开始了孢子体时期的发育，这一过程表达的相关基因组成一个高度复杂的调控网络。

摘要： 为阐明家蚕生殖发育的调控机制，在家蚕基因组、EST数据以及芯片数据分析的基础上，本文对果蝇中已报道的生殖质决定相关基因在家蚕中的同源基因进行了鉴定，从FlyBase下载果蝇生殖质形成相关基因18个，通过与家蚕基因组数据进行BLAST比对分析，发现13个基因在家蚕中均有同源基因，并对其表达模式进行了分析。然后对高度保守的mago nashi基因进行了克隆和原核表达。克隆的mago nashi基因完整的编码区序列为441 bp，编码146个氨基酸残基。该基因位于nscaf2655上，只有一个完整的拷贝，在基因组上有1611bp，共有两个外显子，外显子/内含子边界处均符合GT/AG规则。RT-PCR检测了该基因在发育各时期各组织器官的表达情况，发现该基因在所检测的所有发育时期、组织器官均有表达，是一个非特异表达基因。将家蚕mago nashi基因的编码区序列克隆到原核表达载体pET28-a中，并将构建成的pET-mago nashi重组质粒转化表达宿主菌Escherichia coliBL21(DE3)细胞，IPTG诱导后进行SDS-PAGE检测分析。结果表明，同对照相比，重组质粒在23.5KD处有一条十分明显的新增蛋白带，与预测的蛋白质大小一致，说明该基因体外重组表达成功。

摘要： 与哺乳类一样,免疫细胞也是鱼类免疫系统的基本组成部分.目前已经发现鱼类存在T细胞、B细胞以及NK细胞.因此,从事影响免疫细胞分化、发育和活化的细胞因子的开发研究工作逐渐受到重视.然而,由于其高变异性,传统的基因克隆方法难以获得理想结果.本研究利用比较基因组学技术,通过同线性分析结合分子生物学,克隆得到红鳍东方鲀(Takifugurubripes)、黑斑叉鼻鲀(Tetraodonnigroviridis)以及斑马鱼(DanioRerio)白细胞介素(interleukin,IL)-15以及新型基因IL-15-L,并进行相关功能分析。

摘要： 水稻原产于那些具有季风性气候的地区,水稻是世界上最重要的粮食作物,并将继续成为21世纪人类的主要粮食作物.稻瘟病是水稻最重要的传染性病害,是限制水稻产量的主要因子.据英联邦真菌学协会(CMI,1981)记载,世界上85个国家都有此病的危害.发病严重时,可造成水稻苗期或成株期彻底毁坏.在成株期,穗颈瘟可以造成水稻严重减产.通过研究稻瘟病菌中不同基因可以为探索新的防治方法提供有益的理论依据.S11基因是70-15菌株的假想基因MG00272.4的同源基因,编码蛋白功能未知.构建PBS-S11up-HPH-S11low载体,利用同源重组技术,获得转化子.得到的转化子经PCR以及Southern杂交筛选之后,得到一个单拷贝的敲除突变子.该突变子命名S11-4,经单胞分离纯化.该突变子与野生型GUY11表现的性状有以下不同:1、菌落背面灰色偏向白色.2、菌丝密集,产孢量比野生型低.3、突变子菌丝亲水性良好.虽然该突变体的黑色素明显较野生型减少很多,但是由于黑色素的浓度对于稻瘟病菌产生附着胞并且侵染水稻叶片的影响并不是关键,该突变体的附着胞形成与GUY11无异.经离体水稻叶片(CO-39)和大麦叶片滴定一定浓度的菌丝后,同GUY11一样可以正常形成附着胞和侵染栓,最终使水稻和大麦致病.该突变子的功能需要进一步研究,包括对该突变子进行互补分析,GFP融合蛋白定位表达等继续分析该基因.

摘要： 本文通过用保守的特异引物进行PCR扩增,并结合RACE技术,从大白菜品种黄芽14,萝卜品种'圆白'和诸葛菜三个材料中扩增到三个完整的cDNA全长,分别命名为BCCYP86MF,RSCYP86MF和OVCYP86MF.这三个基因cDNA全长分别为1854bp,1818bp,1876bp,分别编码524,526,534个氨基酸.将所推导的氨基酸序列与从数据库中得到的已知基因进行排序,发现它们与拟南芥CYP86家族所有成员的氨基酸相似性都大于38﹪,将它们均归为细胞色素CYP86基因家族.BCCYP86MF和RSCYP86MF与CYP86C4亚家族氨基酸同源性均大于55﹪,因此归为CYP86C4亚家族,而OVCYP86MF与CYP86C3的同源性最高,为86.5﹪,归为CYP86C3亚家族.根据氨基酸序列的排序结果绘制的系统树表明CYP450基因的氨基酸序列进化与植物进化基本保持一致,这三个基因与拟南芥5个基因的亲缘关系比与水稻、小麦的要近.对其蛋白二级结构预测结果发现它们都具有FxxGxRxCxG这个细胞色素P450典型的保守结构域,而且其氨基酸组成也很相似.

摘要： 本发明提供EG261、EG261同源物、EG261直系同源物、EG261旁系同源物，及其片段和变异的鉴定和使用，以供改变，例如，增加植物中的病原体耐受和/或抗性。

摘要： 本发明公开了一种斑马鱼中比较同源修复和非同源末端连接实现基因置换效率的方法，包括如下步骤：(1)在同一基因中寻找两个核酸酶的特异识别位点；构建非同源末端连接的且含有正向标记基因的敲入质粒，敲入质粒含有左边和右边的同源臂中，并在右臂后插入负向标记基因；(2)在上述敲入质粒的基础上建立同源修复的敲入质粒；(3)利用显微注射将敲入质粒和核酸酶体系到斑马鱼受精卵中，将注射的受精卵培养幼鱼，在特定时间点观察根据不同标记基因的表达情况，比较分析其不同质粒的基因置换效率。本发明可实现比较非同源末端连接和同源修复的效率。

摘要： 本发明提供EG261、EG261同源物、EG261直系同源物、EG261旁系同源物，及其片段和变异的鉴定和使用，以供改变，例如，增加植物中的病原体耐受和/或抗性。

摘要： 本发明公开了使用经优化的ZmME293下调构建体来调节植物的方法。还公开了核苷酸序列、构建体、载体和经修饰的植物细胞，以及表现出种子和／或生物量产量提高、对非生物胁迫如干旱或者高种植密度的耐受性改进、氮利用效率改进、穗数目增加和／或达到衰老的时间减少的转基因植物。

摘要： 本发明属于植物基因工程领域，具体涉及水稻基因LJS1‑1及其同源基因在控制水稻叶枕发育和叶夹角大小中的应用。本发明获得了基因LJS1‑1(GENE ID：Os01g0922800)及其同源基因LJS1‑1L(GENE ID：Os08g0531900，同源性为45.83%)。利用基因敲除技术敲除LJS1‑1基因及其同源基因LJS1‑1L，突变体表现为夹角比野生型明显变小，并且株型直立。通过对叶枕细胞学结构进行观察发现突变体叶枕发育早期的横切面细胞层数比野生型（日本晴）增多，并且在夹角打开的时期，近轴面薄壁细胞比日本晴明显变小。因此通过基因工程技术敲除LJS1‑1基因和LJS1‑1L基因能够改变植物叶枕发育和叶夹角的形成，从而改善植物株型和种植密度，提高产量。

摘要： 本发明属于植物基因工程领域，具体涉及水稻基因LJS1S2‑1及其同源基因在控制水稻叶枕发育和叶夹角大小中的应用。本发明获得了基因LJS1S2‑1（GENE ID：Os06g0181700）及其同源基因LJS1S2‑1L（GENE ID：Os02g0797100，同源性为71.59%）。利用基因敲除技术敲除LJS1S2‑1基因及其同源基因LJS1S2‑1L，突变体表现为夹角比野生型显著变小，且株型直立。而将LJS1S2‑1的启动子和全长CDS克隆到pCAMBIA1300载体上，转入日本晴中，所获得的转基因系表现为叶夹角比野生型大，因此通过基因工程技术提高LJS1S2‑1基因的表达量或敲除LJS1S2‑1能够改变植物叶枕发育和叶夹角的形成，从而改善植物株型提高产量。

摘要： 本发明提供一种能反映大、小鼠过度训练情况的血浆游离DNA水平的定量PCR检测法，该法的扩增引物特别，选用人类基因中表达最丰富Alu基因的同源基因B1重复序列基因，敏感性更高，无需DNA抽提。训练前、后即刻采血，选择静脉血20ml，肝素或EDTA抗凝。离心、收集血浆。将作为标准品的DNA和5倍稀释各样本血浆加入定量PCR反应体系：MaximaSYBRGreen/ROXqPCRMasterMix(2x)，12.5ml；正向、反向引物(50mM)，各0.2ml；标准品或5倍稀释后的样品，各1.0ml；不含DNA酶的水，11.1ml。根据标准品浓度计算样品游离DNA水平。比较训练前、后即刻血浆游离DNA水平，若几倍到数十倍增加强烈提示大、小鼠过度训练可能。我们的定量PCR方法能作为血浆游离DNA水平的检测方法，能反映大、小鼠的过度训练情况。

摘要： 本发明涉及反式激活至少一种目的基因的同源基因以及任选地失活至少一种目的基因的方法，其中由至少一种目的基因编码的mRNA与对照相比包含突变，并且其中该方法包括本申请中描述的步骤。本发明还涉及一种诊断疾病的体外方法，其中该方法包括以下步骤:a)诱导由从受试者获得的细胞或组织样品中的至少一种目的基因编码的mRNA的表达；b)分离步骤a)的mRNA；c)分析步骤b)的分离的mRNA的序列，以及d)从而检测与对照相比mRNA的突变，这表明疾病的存在。

摘要： 本发明涉及植物基因工程技术领域，具体涉及水稻MST6基因及其同源基因MST3在调控植物分枝或分蘖中的应用。本发明发现水稻MST6基因及其同源MST3基因及其编码蛋白能够对水稻分蘖数目、单株穗粒数和产量进行有效调控，利用水稻MST6基因及其同源MST3基因有望对水稻株型的形成进行调控进而对株型进行定向设计，以提高单位面积水稻生产力以及对水稻种质资源进行改良，具有较高的经济和应用价值。

摘要： 水稻激酶基因OsMKKK70及其同源基因在负向调控水稻孕穗期耐冷性中的应用，涉及水稻基因工程领域，特别涉及水稻激酶基因OsMKKK70及其同源基因的新用途。对提高水稻低温胁迫下的产量提供了重要理论依据。本发明发现水稻激酶基因OsMKKK70及其同源基因OsMKKK62、OsMKKK55能够负向调控水稻孕穗期耐冷性。OsMKKK70基因、OsMKKK62基因、OsMKKK55基因共同参与调控水稻孕穗期耐冷。OsMKKK70及其同源基因OsMKKK62、OsMKKK55通过负向调控低温胁迫下GA的生物合成进而影响花药中的GA含量，最终负向调控水稻孕穗期耐冷性。本发明应用于提高水稻低温胁迫下的产量。