后基因组时代

摘要： 近日,从中国科学院遗传与发育生物学研究所获悉,中国科学家在橡胶草基因组序列解析工作上取得重要进展。天然橡胶是重要的工业原料,2015年全球消耗总量达1214万吨。中国是天然橡胶消费大国,目前对外依赖度超80%。这项成果使以橡胶草作为模式植物进行的天然橡胶合成研究进入“后基因组时代”,将大大加速橡胶草从野生植物向经济作物的驯化,推动中国天然橡胶产业发展。

摘要： “3000份水稻基因组”研究是由中国主导的国际间科研大协作项目,近日《自然》杂志发表项目组重大成果.项目组成员、论文第一作者、中国农业科学院作物科学研究所副研究员王文生在接受科技日报记者专访时表示,项目建立了基于水稻基因组信息的数据库和应用平台,将提升规模化优良基因发掘和水稻分子育种效率,开启了“后基因组时代的水稻设计育种”,实现传统“经验育种”向现代“精准育种”的跃升.

摘要： 从中国科学院遗传与发育生物学研究所获悉，中国科学家在橡胶草基因组序列解析工作上取得重要进展。天然橡胶是重要的工业原料，2015年全球消耗总量达1214万吨。中国是天然橡胶消费大国，目前对外依赖度超80％。这项成果使以橡胶草作为模式植物进行的天然橡胶合成研究进入“后基因组时代”，将大大加速橡胶草从野生植物向经济作物的驯化，推动中国天然橡胶产业发展。

摘要： 随着科技的发展进步,实验研究的发展也日新月异.为了顺应时代变化的潮流,及时进行知识更新,与时俱进,本文将根据近年来的文献报道,对当下肝脏外科实验研究的热点——后基因组时代研究、基因编辑技术、肿瘤免疫治疗、循环肿瘤细胞、自噬、肠-肝轴和肝干细胞的研究进展进行简单综述.%As the development and advances in technology,the progress in experimental study is also changing with each passing day.In order to adapt to the advances with the times and update our knowledge timely,we simply review the progress of some hotspots in the current experimental study of hepatic surgery,according to the literature in last two years-postgenomic era,gene editing technology,tumor immunotherapy,circulating tumor cells,autophagy,gut-liver axis and hepatic stem cell.

摘要： Objective: To briefly introduce the role of the toxicologic pathologist in the genomic and post-genomic era, with the purpose to enhance the awareness of the importance of toxicity pathology in the ifeld of nonclinical safety evaluation of drugs and provide some references for toxicity pathologists in the genome era and the post-genomic era to master new technologies and develop fresh perspectives of China. Methods:Firstly, the paper brielfy introduced the method of dividing pre-genomic era, genomic era, and post-genomic era. Secondly, the papers reviewed the biomedical and tocicological events of each era. Finally, the paper also illustrated the role of the toxicologic pathologist during each era. Results:The pre-genomic era began around the year 1900 and ended in 1990. Genomc era started in the year 1990 and will end in 2050. Post-genomic era will begin in 2050. The biomedical and tocicological events of the pre-genomic era were two-year rodent cancer bioassay and its alternative approaches as well as short-term animal models. The biomedical and tocicological events of the genomic era were as follows:the cloning of the sheep, Dolly;completeness of the human genome project;sequencing of the human and the mouse genome;active research using stem cells;transgenic mouse bioassays;establishment of the International Conference on Harmonization (ICH);the“omics”technologies;high throughput screening of chemicals;and the building of predictive toxicology, etc. The biomedical and tocicological events of the post-genomic era will include entire genomes from multiple species, data from thousands of robotic high throughput chemical screenings as well as genetic toxicity and chemical structure-activity relationships in different databases and in silico predictive toxicology;conifrmation in intact mammalian animal models in vivo, etc. The pre-genomic era was a time when toxicologic pathologists played a major role in drug development. Toxicologic pathologists can combine pathology and toxicology with emerging technologies data and play an increasing role in drug discovery, toxicology research and safety assessment team works in the genome era. The toxicologic pathologists in the post-genomic era will be the best scientists to conifrm the data mining and predict the probabilities of safety or adverse consequences. Conclusion:The paper gave a brief introduction to the role of the toxicologic pathologist in the genomic and post-genomic era, with the purpose to enhance the awareness of the importance of toxicity pathology in the ifeld of nonclinical safety evaluation of drugs and provide some references for toxicity pathologists in the genome era and the post-genomic era to master new technologies and develop fresh perspectives of China.%目的：介绍毒性病理学家在基因组和基因组后时代的作用，目的是提高非临床药物安全性评价领域对毒性病理学重要性的认识，并为我国毒性病理学家在基因组和后基因组时代掌握新技术、开拓新视野提供一定参考。方法：首先，介绍了前基因组时代、基因组时代以及后基因组时代的划分方法；其次，介绍了每个时代特征性的生物医学和毒理学事件；最后，介绍了毒性病理学家在每个时代的作用。结果：前基因组时代是指1900-1990年，基因组时代是指1990-2050年，后基因组时代是指2050年以后的时间。前基因组时代特征性的生物医学和毒理学事件是啮齿类动物的致癌实验及替代方法和动物模型；基因组时代特征性的生物医学和毒理学事件是克隆羊多莉的诞生、人类基因组计划的完成、人类基因组和小鼠基因组测序的完成、干细胞研究、利用转基因小鼠进行生物检测、建立国际协调会议、“组学”技术的应用、化学品的高通量筛选技术、预测毒理学的建立；后基因组时代特征性的生物医学和毒理学事件是多个物种的基因组信息、自动化高通量化学筛选数据以及遗传毒性和化学结构-活性关系存在于多个数据库中，并可通过计算机算法进行预测，进一步在完整的哺乳类动物体内模型进行验证。前基因组时代毒性病理学家对药物开发发挥了重要作用；基因组时代毒性病理学家可将病理学和毒理学知识和新兴的技术相结合，并在药物开发、毒理学研究和安全评价的团队工作中发挥越来越大的作用；后基因组时代毒性病理学家是确认数据挖掘和安全性或不良后果的概率预测最适合的科学家。结论：本文介绍了毒性病理学家在基因组时代和基因组后时代的作用，有助于提高非临床药物安全性评价领域对毒性病理学重要性的认识，并为我国毒性病理学家在基因组时代和后基因组时代掌握新技术、开拓新视野提供了一定参考。

摘要： 抗生素是一类具有多种生物活性的微生物次级代谢产物，自然界中60％以上的抗生素由放线菌所产生。克隆抗生素生物合成基因簇可为阐明其生物合成机制，结构改造，产量提高提供重要信息。在后基因组时代，新的抗生素基因簇克隆策略不断涌现，大大提高了微生物重要次级代谢产物生物合成基因簇的克隆效率，并缩短了抗生素的发现周期。本文综述了抗生素生物合成基因簇克隆策略的研究进展，包括近年来发展的后基因组的克隆策略。%Antibiotics are microbial secondary metabolites with diverse bioactivities,and more than 60%of important antibiotics are produced by Actinomycetes. Cloning of antibiotics biosynthetic gene clusters offers pivotal information for elucidating their biosynthetic mechanism, structural modification and yield improvement. In post⁃genomic era,the efficiency for the cloning of important secondary metabolites gene clusters is significantly enhanced,and reduced the time for new antibiotics. We reviewed recent⁃progress in cloning strategies of antibiotics biosynthetic gene clusters, in particular, recently⁃developed cloning technology of the post⁃genomic era.

摘要： 随着生命科学研究进入后基因组时代，人类面临的主要挑战已成为解读基因组这本记载生命奥秘的天书，即了解基因在发育和疾病中的功能并研究基因调控的分子机制。在基因打靶技术诞生之前，人类对高等模式生物中基因功能的认识主要来自于对人类患者和实验动物中随机突变的连锁分析和相关性研究、少量的过表达转基因动物研究，以及大量的体外细胞培养实验。

摘要： 后基因组时代的到来意味着在解读人类基因组的功能﹑意义的基础上，对其进行人工操作和介入的技术手段变得可能。而且随着技术的发展，这种可能性将变得越来越现实。围绕人的发展，正在呈现出两种不同的观点———DNA本质主义和DNA建构主义。在后基因组的社会背景下，“内发还是外铄？”这个围绕人的发展而展开的古老话题将迎来新的语境。在这一语境中重新检视教育功能将成为教育学理论需要面对的一个重要问题。而另一方面，随着基因工程的进展，新的伦理问题也开始呈现在教育活动之中。基于各种先天素质或环境影响将歧视和隔离正当化的主张将有可能冲击已有的伦理观念。这也是对传统教育理念的一个新的挑战。

摘要： 不同学科开展的肿瘤研究在实验设计、所采用的技术和建立的知识体系方面有所不同，分子流行病学采用流行病学的原理，结合肿瘤分子生物学技术和肿瘤遗传学技术，从人群角度分析肿瘤发生发展过程中的分子事件与肿瘤的发生和发展之间的关系，为肿瘤的预防、诊断、治疗和预后判断奠定基础．本文首先根据国际问肿瘤发病率的巨大差异论述了环境因素是癌症发生发展的主要原因；论述了肿瘤发生的遗传基础、基因-环境之间的作用在肿瘤发生发展过程中的决定作用。人类基因组学研究即将进入后基因组时代，破译DNA序列、研究基因表达改变与疾病的关系具有重要的生物学意义．研究环境暴露与基因组遗传学和表观遗传学的关系、基因组顺式序列的改变和基因组生物修饰与基因表达的关系、基因表达与人类疾病的关系是人类基因组计划后最重要的课题．基因组学和蛋白组学工具的发展为肿瘤流行病学的发展提供了更加广阔的发展空间．虽然基因型和表型的确定能更客观地确定暴露史与肿瘤的关系，但是传统流行病学的原理和方法仍然是我们研究肿瘤流行病学的基础．

摘要： 新药发育毒性评价与研究是临床前安全性评价和早期毒理学筛选的重要组成部分.整体动物GLP试验是目前各国新药上市前必须开展的发育毒性评价试验项目.EST、微团培养和着床后全胚培养等体外发育毒性筛选系统具有测试通量高、样品消耗少、实验操作简便等优点,适合在新药发现早期新化学实体的发育毒性初筛、发育毒性的作用机制和结构活性关系研究.近年来,随着人类及多种模式生物基因组测序的完成,新药发现和开发逐步进入后基因组时代;基因组学、蛋白质组学和代谢组学等"组学"技术已逐步应用于药物发育毒理学研究.另一方面,随着发育生物学的蓬勃发展,发育毒理学家开始采用线虫、果蝇、斑马鱼和小鼠等经典模式生物,以及转基因和基因敲除动物等相关实验模型进行发育毒性评价和研究;并逐渐形成一种以分子生物学、分子遗传学、基因组学和毒理基因组学多学科协作的发育毒理学新型研究模式,探讨发育毒物所影响的信号转导过程和途径、病理发生机制和风险评价模式.

摘要： 2000年6月26日,人类基因组计划的科学家公布了人类基因组工作草图,预示着生命科学研究开始进入后基因组(post-genomic)研究时代.如何在新形势下开展医学研究?这是我们面临的巨大挑战,也是医学发展的机会.本文以药理学研究为重点探讨后基因组时代的医学研究趋向,并对中西医结合问题作些思考.

摘要： 本文试图探讨中医药学如何利用后基因组时代的研究成果实现现代化的某些方面,并从复杂性科学角度理解基因组学的"现代性的局限性",论述中西医结合统一医药学成为21世纪复杂性科学一个新前沿的可能性.

摘要： 新药的研究与开发是一项周期长、投资大、高风险的研究项目.据国际上的统计,一种新药的成功上市,平均需要花费10~15年的时间,筛选1.5万~2万种化合物,耗资3亿~5亿美元.新药研发的高成本、高风险、低效率已成为新药创制的重要障碍,因此缩短新药的研发周期、减少研发费用、降低研发风险一直是新药研究人员追求的目标,这对于我国新药创制落后、投入少的现状就显得更为重要.药物分子设计中最具挑战性的研究内容是发展以靶标三维空间结构为基础、筛选或设计与靶标结构互补、具有治疗作用的药物先导物.这种基于机理和结构的药物发现可以选择性地阻断疾病发生和发展过程中最关键的病理环节,从而研发出高效低毒副作用的特异性药物.但实现这一理想目前还需突破三大技术瓶颈,即与疾病相关的靶标生物大分子数目相对不足对新药创制的制约;先导化合物的发现与优化效率低下对新药创制的制约;候选药物分子药代动力学性质及毒性的不可预见性对新药创制的制约.针对这三方面的药物分子设计研究便构成了当前药物分子设计的核心技术.本文对此进行了介绍.

摘要： 人类基因组计划的科学家公布了人类基因工作草图,预示着生命科学研究开始进入后基因组研究时代.如何在进新形势下开展药理学研究这是我们面临的巨大挑战,也是药理学研究发展的机会.文中论述了一般概念;方法学;药效学研究;药动学研究和后基因组学与药理学发展的展望.

摘要： 一种检测紫外照射后基因组损伤的方法，由双通道TaqMan荧光探针定量检测微生物基因组损伤，包括以下制备步骤：用相应培养基培养得到所需微生物培养液；定量取得所述微生物培养液经裂解离心获得上清液分别作为对照组和实验组模板进行荧光定量PCR扩增，其中实验组培养液经一定紫外强度下照射；采集所述第一对照组、第二对照组和实验组各子组的荧光信号CT值；进而得到第二对照组各子组的ΔCTCK值的标准偏差s和检测限L、实验组各子组CT差值（ΔCTuv）和第一对照组各子组的CT差值的平均值（ΔCTCK‑）；ΔΔCT=ΔCTuv‑ΔCTCK‑作为实验组损伤判据。所述荧光探针定量检测微生物基因组损伤的方法具有较强的特异性和较高的灵敏度，能够用于快速检测紫外照射后的微生物基因组损伤的鉴定。

摘要： 一种检测紫外照射后基因组损伤的方法，由双通道TaqMan荧光探针定量检测微生物基因组损伤，包括以下制备步骤：用相应培养基培养得到所需微生物培养液；定量取得所述微生物培养液经裂解离心获得上清液分别作为对照组和实验组模板进行荧光定量PCR扩增，其中实验组培养液经一定紫外强度下照射；采集所述第一对照组、第二对照组和实验组各子组的荧光信号CT值；进而得到第二对照组各子组的ΔCTCK值的标准偏差s和检测限L、实验组各子组CT差值（ΔCTuv）和第一对照组各子组的CT差值的平均值（ΔCTCK‑）；ΔΔCT=ΔCTuv‑ΔCTCK‑作为实验组损伤判据。所述荧光探针定量检测微生物基因组损伤的方法具有较强的特异性和较高的灵敏度，能够用于快速检测紫外照射后的微生物基因组损伤的鉴定。

摘要： 本发明提供一种基因组叠阵组装方法及系统、一种基因组架构组装方法及系统以及一种基因组序列组装方法及系统，属于生物信息技术领域。本发明通过稳健回归技术优化一个全局损失函数来确定测序序列之间的叠落关系，消除假阳性比对的干扰，从而得到更准确的组装叠阵集，避免组装基因组上拷贝数的缺失或者错误拼接；基于回归矩阵计算进行叠阵排列的估计，对异常值的容忍度更高，除非歧义的样本信息数量多于真实样本的数量，不会出现“崩溃”的情形；通过重抽样技术对测序数据进行多次独立地采样、组装、改进、评估，然后整合成最终的组装基因组，可以减少由测序数据中的噪音给组装结果带来的不确定性，降低组装结果对组装参数选择的敏感性。

摘要： 使用来自肿瘤样品和匹配的正常样品的DNA测序数据确定SNV，从而进行改进准确性的基于SNV的基因测试，并且使用来自肿瘤样品的RNA测序数据来确定如此鉴定的SNV的表达。

摘要： 提供来自新型的基因型1b的HCV的、自主复制能力优异的亚基因组复制子RNA(核酸)、以及自主复制能力和感染性HCV颗粒产生能力优异的全基因组复制子RNA(核酸)。特别是，提供来自从急性重症丙型肝炎患者体内分离的新型的基因型1b的HCV即NC1株的HCV基因组的亚基因组复制子RNA(核酸)和全基因组复制子RNA(核酸)。

摘要： 本申请公开了一种宏基因组内参及其制备方法和应用以及宏基因组血流病原体检测方法，所述宏基因组内参为来源于叶绿体基因组的DNA片段，所述DNA片段的长度为166±10bp。需要说明的是，本申请采用来源于叶绿体基因组且长度为166±10bp的核酸片段作为内参基因，能够在血流病原体检测过程中被检出，有效评估整个检测流程的有效性，并且不影响血流病原体检测的结果；避免了采用现有宏基因组内参出现的噬菌体纯化难度高、菌易导致其他病原体检出等问题，相比于人工合成内参基因，还降低了内参基因的制备成本。

摘要： 本发明公开一种在全基因组水平鉴定植物基因组DNA胞嘧啶四联体位点的方法，该方法包括如下步骤：(1)准备植物材料；(2)提取并纯化细胞核；(3)对细胞核内染色质进行片段化并回收基因组DNA；(4)在变复性Buffer中进行变复性反应；(5)iMab‑iM DNA复合物；(6)用Protein G Beads回收过夜反应形成的iMab‑iMDNA复合物；(7)从beads上洗脱iMab‑iM DNA复合物，并回收DNA片段；(8)用qPCR方法检测DNA iM富集程度；(9)建库和Illumina测序，在全基因组水平鉴iM位点。整个方法流程简单，耗时较短，DNA片段化可视化效果强，理论上该方法适应于多种植物。

摘要： 本发明涉及宏基因组技术领域，特别是涉及宏基因组病原微生物基因组数据库及其构建方法，该方法包含数据获取、基因组过滤、基因组分类、基因组去冗余等步骤，即得病原微生物基因组数据库。该数据库的构建方案和目前市场上存在的方案存在较大差异，首先在保证物种的丰富度的前提下，去除污染序列，低重复序列；并且挑选了物种具有代表性的质量高的Assembly序列作为参考基因组，将剩余基因组进行重新分类，剔除了分类错误的序列。然后在参考基因组的基础上对剩余基因组进行去冗余，保留了各个物种的特异性序列。这样即保留了物种基因组的丰富度，又保证了基因组的准确性。

摘要： 本发明公开了SNP位点在评估基因组异常中的应用及评估基因组异常的方法。SNP位点为在染色体上接近均匀分布的双等位基因高多态性位点，各个SNP位点的群体最小等位基因频率均分布于0.05‑0.5之间；各个SNP位点在基因组上的密度为16.5个/百万基因组碱基；以各个SNP位点为中心的250‑350个核苷酸的GC含量为40‑60%；且各个SNP位点符合哈迪‑温伯格平衡定律，同时满足群体分化系数低于0.05。采用本发明提供的技术方案得到的基因组异常评估结果具有更高的精度，能发现更多更全面的基因组异常情况，能处理染色体结构不变的基因组异常情况，更适用于中国人群，更加准确。

摘要： 本发明涉及一种基于宏基因组测序数据组装病原微生物基因组的方法。该方法将原始数据过滤后与宿主数据库进行比对，以达到在数据层面进行去除宿主序列的目的；再使用soapdenovo对去宿主的reads进行组装，得到无参组装的contig序列，将病源数据库作为参考基因组，然后统计去宿主的reads比对情况中每个位点的测序深度，得到有参组装的contig，将无参组装的contig序列和有参组装的contig序列进行整合，得到合并后的contig序列，并进行病原的判别。本发明通过去宿主后，采取无参组装和有参组装相结合的方法进行病原微生物的组装，得到的宏基因组没有宿主的污染，并且在点突变以外加入了结构变异的信息，准确度更高。